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astrolia

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ym23(金幣+1):感謝參與討論 2010-11-30 20:34:05

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11樓2010-08-23 10:30:13

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yindeqiang

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Originally posted by astrolia at 2010-08-23 10:30:13:

我總覺(jué)得測(cè)試就是要把所有可能的條件都計(jì)算一遍，不理解這樣怎么減少計(jì)算量，不知道我理解的是不是有問(wèn)題？

一般需要測(cè)試的就是cutoff energy and k-points,其他的參數(shù)，比如勢(shì)函數(shù)的選擇等等可以根據(jù)文獻(xiàn)，計(jì)算量不大

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12樓2010-08-23 16:11:16

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astrolia

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13樓2010-11-30 15:29:50

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yindeqiang

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ym23(金幣+1):感謝答疑 2010-11-30 20:35:53

引用回帖:

Originally posted by astrolia at 2010-11-30 15:29:50:

你好，我計(jì)算的體系是缺陷體系，而且缺陷還比較大，計(jì)算時(shí)需要對(duì)晶胞進(jìn)行優(yōu)化。用能量來(lái)做收斂測(cè)試的話(huà)，是不能選擇晶胞優(yōu)化的。這樣的話(huà)，收斂測(cè)試結(jié)果是否可信呢？

我的理解是，收斂測(cè)試是針對(duì)你計(jì)算所用參數(shù)的，因此在測(cè)試的時(shí)候，不能選擇晶格優(yōu)化(排除晶格的影響)，只考慮參數(shù)的誤差。一般對(duì)于體系的參數(shù)測(cè)試，都會(huì)選擇常用的體材料等等，參數(shù)收斂后，在利用前計(jì)算得到的常見(jiàn)材料參數(shù)，比如晶格常數(shù)等，可以與已有的結(jié)果進(jìn)行比較，說(shuō)明計(jì)算及參數(shù)的可信度，然后可以應(yīng)用到含缺陷的體系的計(jì)算之中

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14樓2010-11-30 20:18:41

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ym23

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引用回帖:

Originally posted by cenwanglai at 2010-08-03 13:23:24:
需要測(cè)試一下.特別是計(jì)算自己不熟悉的東西.大體系的模型是從小體系開(kāi)始建模型的.就從小體系開(kāi)始測(cè)試,比如k點(diǎn)密度,截?cái)嗄苁裁吹?這些有移植性的.小體系下測(cè)試了,在大體系下可以用.

大體要測(cè)試的,是真空層厚度,原 ...

為什么說(shuō)有移植性呢？結(jié)構(gòu)都變了，K點(diǎn)和階段能不用變嗎？

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博觀約取、厚積薄發(fā)---壁立千仞、無(wú)欲則剛

15樓2010-11-30 20:37:54

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yindeqiang

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ym23(金幣+1):沒(méi)事，我就是問(wèn)問(wèn)，我也不是很懂的 2010-11-30 22:17:08

引用回帖:

Originally posted by ym23 at 2010-11-30 20:37:54:

為什么說(shuō)有移植性呢？結(jié)構(gòu)都變了，K點(diǎn)和階段能不用變嗎？

感謝版主的糾正，的確對(duì)不同的結(jié)構(gòu)，所用的k-points和截?cái)嗄苁遣煌�，每一部分都要�?dú)立測(cè)試。
在我的計(jì)算中，剛剛說(shuō)的移植性，指的是其他的參數(shù)，GGA/PW91的選取，等等。
希望不要對(duì)樓主引起誤導(dǎo)

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16樓2010-11-30 22:14:38

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xiaohunhun

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珊瑚島混混,小元家老末

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Originally posted by yindeqiang at 2010-11-30 20:18:41:

我的理解是，收斂測(cè)試是針對(duì)你計(jì)算所用參數(shù)的，因此在測(cè)試的時(shí)候，不能選擇晶格優(yōu)化(排除晶格的影響)，只考慮參數(shù)的誤差。一般對(duì)于體系的參數(shù)測(cè)試，都會(huì)選擇常用的體材料等等，參數(shù)收斂后，在利用前計(jì)算得到的常 ...

請(qǐng)教一下，
（1）您所說(shuō)的晶格優(yōu)化是指優(yōu)化整個(gè)晶胞使晶格參數(shù)變化（超胞結(jié)構(gòu)改變），還是在優(yōu)化晶格參數(shù)的同時(shí)優(yōu)化內(nèi)坐標(biāo)？
（2）您的意思是不幾何優(yōu)化結(jié)構(gòu)直接計(jì)算能量，只要能收斂就可以了？通過(guò)比較參數(shù)找出最優(yōu)結(jié)果？這樣就是完成了收斂性測(cè)試？
（3）對(duì)于收斂性測(cè)試我一直很迷惑，不知道具體原因。可不可以這樣理解：有多數(shù)文獻(xiàn)指導(dǎo)的類(lèi)似結(jié)構(gòu)，就可以采用公認(rèn)的參數(shù)，要是一個(gè)新的結(jié)構(gòu)，就要采用收斂性測(cè)試。
（4）提到收斂性測(cè)試的人我認(rèn)識(shí)的都是做VASP或者QE的，而在MS中我個(gè)人一般是設(shè)好參數(shù)（來(lái)自文獻(xiàn)），逐步提高結(jié)構(gòu)優(yōu)化精度，粗糙-中等-fine，只要結(jié)構(gòu)能優(yōu)化我就認(rèn)為該結(jié)構(gòu)可行。如果幾何優(yōu)化不收斂我就認(rèn)為該結(jié)構(gòu)不存在，由于我做的東西很常見(jiàn)（方法&參數(shù)），一般沒(méi)有出現(xiàn)過(guò)要求收斂性測(cè)試的問(wèn)題。不知道這個(gè)流程對(duì)不對(duì)。
（5）請(qǐng)教一下您最早看見(jiàn)關(guān)于收斂性測(cè)試的要求來(lái)自哪里，包括軟件的manual, user guide等等都可以，說(shuō)一下出處，我想查看一下啊，謝謝。

[ Last edited by xiaohunhun on 2010-12-1 at 09:41 ]

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1.天天大腦風(fēng)暴很重要。2.這個(gè)世界最可怕的不是很多人比你牛逼，而是比你牛逼的人還比你努力！3.If you don't run fast,you will get trampled

17樓2010-12-01 09:39:39

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astrolia

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18樓2010-12-01 09:56:27

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zzy870720z(金幣+5):謝謝指教 2010-12-02 23:16:50

引用回帖:

Originally posted by xiaohunhun at 2010-12-01 09:39:39:

請(qǐng)教一下，
（1）您所說(shuō)的晶格優(yōu)化是指優(yōu)化整個(gè)晶胞使晶格參數(shù)變化（超胞結(jié)構(gòu)改變），還是在優(yōu)化晶格參數(shù)的同時(shí)優(yōu)化內(nèi)坐標(biāo)？
（2）您的意思是不幾何優(yōu)化結(jié)構(gòu)直接計(jì)算能量，只要能收斂就可以了？通過(guò)比較參數(shù)找 ...

xiaohunhun 太客氣了，談不上請(qǐng)教，相互交流一下，我只是說(shuō)一下自己的看法，如果有不對(duì)的地方，還希望像版主一樣指出
(1). 我所說(shuō)的幾何優(yōu)化，具體到castep中為Geometry Optimization，幾何優(yōu)化時(shí)，castep通過(guò)微調(diào)原子坐標(biāo)使能量最低，當(dāng)然你可以選擇是否優(yōu)化晶格，但對(duì)于計(jì)算參數(shù)(主要是cut off energy and k-points)的收斂測(cè)試，主要是測(cè)試計(jì)算參數(shù)對(duì)能量計(jì)算的影響，因此不需要優(yōu)化結(jié)構(gòu)；
(2).參數(shù)收斂測(cè)試的目的是：既能準(zhǔn)確的計(jì)算能量，又使計(jì)算量最低。從這個(gè)目的出發(fā)，在收斂測(cè)試時(shí)，根據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)，比如測(cè)試k-points，先選取一較大的cut-off，然后把k-points依次從低到高，將計(jì)算的結(jié)果與k-points最高的值進(jìn)行比較(一般認(rèn)為k-points等越高，越接近于真實(shí)情況，但計(jì)算量相對(duì)也增加)，如果能量收斂了——符合收斂標(biāo)準(zhǔn)，那就認(rèn)為測(cè)試完成；
(3).對(duì)于收斂性測(cè)試的原因，除了為了上面的目的外，個(gè)人覺(jué)得，還在于，對(duì)于不同的計(jì)算環(huán)境(機(jī)器等)，就算相同的設(shè)置，計(jì)算結(jié)果也會(huì)有些許差異(當(dāng)然差異肯定不大)，但自己測(cè)試下放心一點(diǎn)�？梢圆捎霉J(rèn)的參數(shù)，但多數(shù)文獻(xiàn)，在介紹計(jì)算方法的時(shí)候都會(huì)提到，參數(shù)經(jīng)過(guò)收斂測(cè)試。
(4).雖然我是用ms計(jì)算，但指導(dǎo)我的導(dǎo)師是用vasp的，因此我用的計(jì)算過(guò)程還是符合vasp，但都是第一原理的計(jì)算，自己測(cè)試一下參數(shù)，既能達(dá)到收斂，又能把計(jì)算量降到最小，文獻(xiàn)的內(nèi)容可以作為自己選取參數(shù)的依據(jù)，對(duì)于你提到的方法，還請(qǐng)其他蟲(chóng)友說(shuō)說(shuō)
(5).對(duì)于收斂測(cè)試在文獻(xiàn) 介紹計(jì)算方法或者什么的時(shí)候，會(huì)提到測(cè)試通過(guò)收斂測(cè)試，對(duì)于你說(shuō)的要求指的是？收斂標(biāo)準(zhǔn)的話(huà)，文獻(xiàn)中都會(huì)給出，至于是否必須測(cè)試，這個(gè)也不一定吧，像你做的東西常見(jiàn)，那么參數(shù)都是測(cè)試過(guò)的，可以直接用。
以上的回答，還請(qǐng)兄弟姐妹們，多指正。

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19樓2010-12-01 18:29:09

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yindeqiang

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zzy870720z(金幣+1):謝謝交流 2010-12-02 23:17:02

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Originally posted by astrolia at 2010-12-01 09:56:27:

也就是說(shuō)對(duì)于k點(diǎn)和截?cái)嗄�，其�?shí)不能用完整晶格的參數(shù)，這個(gè)我明白，畢竟有了缺陷，體系結(jié)構(gòu)不同�？墒俏医ǖ哪Ｐ托枰M(jìn)行晶胞的優(yōu)化。那么該怎么做收斂性測(cè)試呢？

測(cè)試完了，再用測(cè)試的參數(shù)優(yōu)化，這個(gè)不沖突吧

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20樓2010-12-01 18:30:16

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