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hunter3401新蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助/交流】如何構(gòu)建系統(tǒng)更發(fā)育樹 已有12人參與
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| 本人做了一株菌的16S，現(xiàn)在想構(gòu)建它系統(tǒng)發(fā)育樹，請(qǐng)蟲友們幫忙看下，這樣做是否合理，首先Clustx進(jìn)行多序列比對(duì)，將比對(duì)的結(jié)果MEGA分析——N-Jtree.如果合理的話該如何選擇用來進(jìn)行比對(duì)的菌的序列？假如說我的菌與枯草芽孢桿菌有99%的相似性，那么我是在這些結(jié)果里來找序列進(jìn)行Clustx比對(duì)嗎? |
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fanta911
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好像大家都不大精通這方面，我曾經(jīng)發(fā)帖子希望大家討論一下可惜回復(fù)的也太少。 我沒做過細(xì)菌的，但是通過做真菌的its也多少了解些，把我的想法說說。做樹，首先要在genbank上搜索相似序列，但是上面提交的序列也很多很亂，你要把握的原則是，一要ident那個(gè)值要高，二要具體看那條序列的詳細(xì)信息（序列是否完整，是否可信，這一點(diǎn)主要看信息里的文章是否已經(jīng)發(fā)表）。選幾條值高的那個(gè)屬，然后再選個(gè)外類群，做樹就可以了，具體的還需要具體摸索。一般百分之99以上可能就是那個(gè)種了，不過我這些都是自己摸索，希望辯證的來看。 |
2樓2010-08-08 10:29:38
xp198766
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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我認(rèn)為可以直接將你的16s序列放入blast比對(duì)，找到2樓所說的，相似的序列，就是比對(duì)的前面的一些結(jié)果，還有，你想通過比對(duì)來鑒定你的細(xì)菌是吧，這樣的話，可以盡量選擇一些不同的種，相同的種一般不超過2個(gè)…… http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome |
3樓2010-08-08 13:17:32
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8樓2010-08-23 09:57:54
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