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shuangyang金蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
【求助】急�。�！請(qǐng)教高手看一下perl程序里的循環(huán)問(wèn)題？
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為什么my $scafmatch =$allterm[7] - $allterm[6]不循環(huán)？之前的程序測(cè)試都對(duì)！急啊�。≈x謝！ #!/usr/bin/perl -w 2 use strict; 3 unless (@ARGV == 3) { 4 die "please check your input files and output files"; 5 } 6 open IN,$ARGV[0] or die "$!\n"; 7 open FILE,$ARGV[1] or die "$!\n"; 8 open OUT,">$ARGV[2]" or die "$!\n"; 9 our @array; 10 $/ = ">"; 11 12 while( 13 chomp; 14 my @all = split /\n/,$_; 15 my $name = shift(@all); 16 my @term = split /\s+/,$name; 17 my $scafname = shift (@term); 18 my $scaf = join "",@all; 19 my @base = split //,$scaf; 20 my $num = 0; 21 for my $i(@base) { 22 if ($i =~/[ATGCN]/) { 23 $num++; 24 } 25 } 26 # print OUT $scafname,"\t",$num,"\n"; 27 my @quary = ($scafname,$num); 28 push @array,[@quary]; 29 } 30 close IN; 31 LABLE: while ( 32 chomp; 33 my @allterm = split /\s+/,$_; 34 my $a = ""; 35 my $rate = 0; 36 next LABLE if ($a eq $allterm[0]); 37 my $scafmatch = $allterm[7] - $allterm[6]; 38 for my $i(0 ..$#array) { 39 if ($array[$i][0] eq $allterm[0] ) { 40 $rate = ( $scafmatch / $array[$i][1]); 41 } 42 print OUT $array[$i][0],"\t",$array[$i][1],"\t","the rate 0f match:\t",$rate,"\n"; 43 $a = $allterm[0]; } 45 } 46 close FILE; 47 close OUT; [ Last edited by nono2009 on 2010-8-19 at 07:07 ] |
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caucast
鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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nono2009(金幣+1):鼓勵(lì)應(yīng)助。 2010-08-19 07:07:26
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shuangyang(金幣+2): 2010-08-19 09:09:48
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有個(gè)錯(cuò)誤蠻明顯的。 你在while（ 不知這個(gè)和你說(shuō)的那個(gè)錯(cuò)誤有沒(méi)有關(guān)系。 ps：你貌似是先處理一個(gè)fasta文件，那個(gè)計(jì)數(shù)的循環(huán)是不是可以用length（）函數(shù)代替，可以的話速度會(huì)提高很多。 |
2樓2010-08-19 01:30:36
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