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stractor金蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助】VASP正則系綜模擬問題
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我從來沒做過第一性原理分子動(dòng)力學(xué)模擬。最近想在這方面嘗試一下。我模擬的是NVT系綜。現(xiàn)在對(duì)SMASS這個(gè)關(guān)鍵字的設(shè)置不是很清楚。 手冊(cè)上說了，對(duì)于SMASS>=0，就是選擇正則系綜，而且模擬采用Nose質(zhì)量控制溫度波動(dòng)。SMASS的值就對(duì)應(yīng)Nose質(zhì)量。 手冊(cè)上這樣描述的：The Nose massshould be set so that the induced temperature fluctuation show approximately the same frequencies as the typical phono frequencies …… The frequency of the approximate temperature fluctuations induced by the Nose thermostat is written to the OUTCAR file. 我的問題是，這個(gè)質(zhì)量應(yīng)該設(shè)置多少？ 是不是需要嘗試以些SMASS的值，再在OUTCAR中找溫度波動(dòng)的頻率？ OUTCAR中這個(gè)波動(dòng)頻率在什么位置？ [ Last edited by stractor on 2010-9-2 at 14:33 ] |
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aylayl08(金幣+3):謝謝分享 2010-09-08 08:38:29
aylayl08(金幣+3):謝謝分享 2010-09-08 08:38:29
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我發(fā)郵件問了我所看的一篇做BOMD模擬的老外，很快他就回答了我的問題， 下面是他的回答： The nose mass is related to the average vibrational frequency in the system (at least the way that VASP implements it). The reason for this is you are trying to make the 'frequency' of the thermostat match that of the system you are simulating. If the frequency is too large, you will get unphysical excitations, if it is too low your system will take a very long time to equilibrate. Unfortunately, in the case of something like Li4BN3H10, there is a wide range of vibrational frequencies (from the heavy nitrogen to the very light hydrogen). So, what I ended up doing is taking a system average vibrational frequency based on some earlier phonon calculations (I forget what this frequency was, though) then doing a series of shortruns with VASP to see what the nose frequency was based on its output (it prints out the nose frequency). Since the mass is related to the frequency by f ~ sqrt(1/m), I was able to zero in on a 'close enough' value (it ended up being 5.0 for my calculations). You can probably also go into the source code to see how they set up the default SMASS to make this process even easier. Hope that helps, |
5樓2010-09-08 08:21:48
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