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yylww至尊木蟲(chóng) (知名作家)
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[交流]
【求助】NAMD進(jìn)行恒溫壓縮的過(guò)程中，原子速度過(guò)大，怎么解決？
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請(qǐng)問(wèn)，在進(jìn)行恒溫壓縮的過(guò)程中，由于原子速度過(guò)大而無(wú)法進(jìn)行壓縮的情況，怎么解決這個(gè)問(wèn)題呢？ 通過(guò)減少原子的數(shù)目這些都不行。 ERROR: Atom 32833 velocity is 1.53393e+006 9.6171e+006 -1.24048e+006 (limit is 12000) ERROR: Atom 32869 velocity is -862137 -160590 -1.08782e+006 (limit is 12000) ERROR: Atom 32887 velocity is 3697.81 13841.1 7305.32 (limit is 12000) ERROR: Atom 32888 velocity is -7854.45 15767.2 -2453.33 (limit is 12000) ERROR: Atoms moving too fast; simulation has become unstable. ERROR: Atom 30757 velocity is 5.07685e+007 479918 -1.66144e+007 (limit is 12000) ERROR: Atom 31470 velocity is 1.51503e+007 411299 -7.33521e+006 (limit is 12000) ERROR: Atom 31579 velocity is -3254.53 -14790.6 -7047.76 (limit is 12000) ERROR: Atoms moving too fast; simulation has become unstable. |
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yylww
至尊木蟲(chóng) (知名作家)
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2樓2010-09-05 16:30:27
manutdhk
木蟲(chóng) (小有名氣)
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ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-09-05 20:06:59
yylww(金幣+5):謝謝，已經(jīng)設(shè)置為1fs了。結(jié)果還是不行 2010-09-06 08:28:43
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-09-05 20:06:59
yylww(金幣+5):謝謝，已經(jīng)設(shè)置為1fs了。結(jié)果還是不行 2010-09-06 08:28:43
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原則上，速度是與溫度正相關(guān)的，沒(méi)有辦法強(qiáng)行減低速度吧？！ 試一下將步長(zhǎng)時(shí)間改小一點(diǎn)，就能控制原子位移。 一般來(lái)說(shuō)，原子振動(dòng)的頻率在 10THz左右，所以MD的步長(zhǎng)一般是 以飛秒為單位的。 我是自由編程者，所列之意見(jiàn)乃我經(jīng)驗(yàn)之談，僅有參考價(jià)值。 |
3樓2010-09-05 19:11:12
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