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【求助】MD、quech、Anneal有什么區(qū)別 已有1人參與
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| 最近在用分子動力學(xué)，不知道MD、quech、Anneal有什么區(qū)別 ，可以得到什么不同的信息？ |
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estellalzy
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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我在別的地方找到的，引用一下： 我咨詢過創(chuàng)騰的工程師，Quench的大概原理是這樣（不知道理解和描述是否準(zhǔn)確）：讓體系在設(shè)定溫度下運動設(shè)定長的時間，然后快速降溫至0K。也就是凍結(jié)高溫下的分子狀態(tài)，目的是尋找更低能量的構(gòu)象。分子在低溫下運動，由于局部能壘的存在，一般不能尋找到全局最低能量的構(gòu)象。讓分子在高溫運動，體系的熱能可以使分子越過能壘，尋找到能量最低的構(gòu)象。 Aneal：即退火，從幫助文件可以看出，設(shè)定幾個升溫、降溫的循環(huán)，每次循環(huán)中溫度是按一定步長升高或降低，這樣做是為了模擬現(xiàn)實中的退火過程——慢慢升溫使體系松弛，消除局部應(yīng)力，慢慢降溫則使體系在回復(fù)到室溫狀態(tài)的過程中，體系有充足的時間來運動以達到熱力學(xué)平衡狀態(tài)。 Quench: 高速降溫 Aneal: 緩慢降溫 究竟多快算高速,多慢算緩慢? -- 你說了算. 你要記住現(xiàn)在的模擬時間尺度距實驗還差10個數(shù)量級,嚴(yán)格說來所有的模擬相對于實驗來說都是Quenching. 但通常地,如果降溫你花了一個月的計算時間,你就可以理直氣壯地聲稱Anealing了. |
2樓2019-02-26 09:28:55
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