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bbslover金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】sybyl畫分子的一個問題，什么叫 carboxyl O-protonated ？ 已有2人參與
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下面是文獻(xiàn)中的一句話： DOCK6.0 (51,52) b was employed to dock all the inhibitors into the P-selectin binding pocket, which the carboxyl O-protonated forms of the molecules were used in the calculations. 什么叫carboxyl O-protonated ，使用sybyl畫完分子怎么操作呢，才能質(zhì)子化，有的文獻(xiàn)還經(jīng)常說把 N 原子 質(zhì)子和，這樣做的依據(jù)是什么呢？ 還有質(zhì)子化是不是就是更改一下 原子的類型就好了？ 估計(jì)質(zhì)子化與否應(yīng)該影響靜電效應(yīng)，可是我們怎么知道什么時候要進(jìn)行質(zhì)子化處理呢？ 謝謝！ |
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tripos
鐵蟲 (初入文壇)
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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| SYBYL中針對小分子質(zhì)子化只需要修改相關(guān)原子的原子類型即可，例如將N原子修改成N.4的類型即為質(zhì)子化，重新加H和計(jì)算電荷后優(yōu)化即可準(zhǔn)備完畢，如果判斷分子需要質(zhì)子化需要根據(jù)模擬體系的酸堿環(huán)境，默認(rèn)均為中性，另一方面要看小分子本身的pka值，也就是結(jié)合體系的PH值和小分子本身的pka值來確定小分子的質(zhì)子化狀態(tài)。如果完全未知的話，也不妨多做幾次嘗試，質(zhì)子化的與非質(zhì)子化的均做出來進(jìn)行對比分析，從而倒推哪種環(huán)境更有利于活性的提高。 |
3樓2016-08-10 09:13:08
xwnail2003
禁蟲 (著名寫手)
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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2樓2016-08-05 09:48:01
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