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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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piaoxue001

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[交流] 【求助】vasp優(yōu)化團(tuán)簇出錯(cuò) 求Pd的INCAR文件已有2人參與

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1樓 2010-09-16 20:52:53

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2樓2010-09-17 21:00:21

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calos818

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引用回帖:

Originally posted by piaoxue001 at 2010-09-16 20:52:53:
exit status of rank 1：killed by signal 11 。
請(qǐng)問(wèn)這是怎么回事？

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-9-17 at 16:28 ]

貼出INCAR 和KPOINTS ，負(fù)載過(guò)大造成的

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3樓2010-09-17 21:30:55

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優(yōu)化大團(tuán)簇時(shí)，我也認(rèn)為是超負(fù)載了  后來(lái)試了一下Pd5的還是這個(gè)問(wèn)題。
以下是INCAR KPOINTS  POSCAR文件
SYSTEM=Pd38
ENCUT=270
ISTART=0
ICHARG=2
NSW=100
IBRION=2
PREC=Accurate

Automatic mesh
0
G
1  1  1
0  0  0

system=Pd38
1
   30.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    30.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000       0.000000000000000    30.000000000000000
38
direct
  0.4629252752788721 0.5616948352295882 0.6707640444643583
  0.5465478230122054 0.4338832067629213 0.4702994818976922
  0.5744990819455389 0.5270870873629213 0.6032497969976918
  0.4333739811455388 0.6570604710962547 0.4401341109976922
  0.5695184941122056 0.5634122973629214 0.4427157540643589
  0.3875017984455368 0.3981881124629214 0.4955416194976921
  0.3234987950455368 0.5028416448295880 0.6057023985643583
  0.5055142131788722 0.6680635790962546 0.5528767217643588
  0.3464696868455368 0.6323701602629214 0.5781183763310255
  0.4596422018788721 0.4091916519629213 0.6082844518976917
  0.3185168440788701 0.5391670510962549 0.4451679270643589
  0.3860815941122035 0.5866617314629214 0.3974834738643589
  0.3711649247455368 0.5732640625629214 0.6486546802310249
  0.3626766025122035 0.4570132671962546 0.4252400405310255
  0.4300908432122055 0.5045592110962547 0.3776530817310255
  0.4792755621788722 0.3865528478962547 0.5177661992976922
  0.2989744700122035 0.5618478034962547 0.5352518273976922
  0.5254212019788722 0.6452839937629213 0.4625508496310256
  0.4137408404788722 0.6796988835629215 0.5306521936310256
  0.5940428412122055 0.5044061944629213 0.5131662928976922
  0.3675948343455368 0.4209682859962546 0.5858675995643589
  0.5303392110122055 0.6092403495295881 0.6231772772310249
  0.5069342795122056 0.4795922053962546 0.6509339520976917
  0.5218527893788723 0.4929897573962547 0.3997628979643588
  0.3303522946455368 0.4733050464629213 0.5143288412976922
  0.4556354204122055 0.4347023867629213 0.4382560826310256
  0.5367401792122054 0.4473725137295880 0.5652252058310255
  0.5626643156122054 0.5929483212629214 0.5340892992976922
  0.3562760611455368 0.6188810467295881 0.4831926858310255
  0.4114083680122035 0.4860719879629213 0.6412749697643584
  0.4816085300788721 0.5801813999962547 0.4071423618643589
  0.4373812376455389 0.6315508087295879 0.6101617868310250
  0.5016337307122055 0.5158925480295881 0.4905155699643589
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  0.4824206038455388 0.5387922195295881 0.5799823551310255
  0.4351576879788722 0.4691198259295880 0.5380669846976922

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4樓2010-09-18 08:18:33

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Originally posted by calos818 at 2010-09-17 21:30:55:

貼出INCAR 和KPOINTS ，負(fù)載過(guò)大造成的

貼出來(lái)了。請(qǐng)指教
4核的電腦4G內(nèi)存運(yùn)行過(guò)程中我看了一下，在reading WAVECAR之前CPU100%
在Reading WAVECAR 時(shí)CPU降下來(lái)了，但是用戶內(nèi)存98% 有一臺(tái)在跑表面。內(nèi)存也是98%-99% 請(qǐng)問(wèn)這個(gè)問(wèn)題如何解決？

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-9-18 at 08:25 ]

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5樓2010-09-18 08:19:20

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引用回帖:

Originally posted by piaoxue001 at 2010-09-18 08:19:20:

貼出來(lái)了。請(qǐng)指教
4核的電腦4G內(nèi)存運(yùn)行過(guò)程中我看了一下，在reading WAVECAR之前CPU100%
在Reading WAVECAR 時(shí)CPU降下來(lái)了，但是用戶內(nèi)存98% 有一臺(tái)在跑表面。內(nèi)存也是98%-99% 請(qǐng)問(wèn)這個(gè)問(wèn)題如何解決？ ...

reading WAVECAR確實(shí)很占資源，但4G的內(nèi)存有些小，我覺(jué)得，還有個(gè)原因就是結(jié)構(gòu)不合理，很不穩(wěn)定，造成負(fù)載越來(lái)越大，最后節(jié)點(diǎn)自動(dòng)down了

[ Last edited by calos818 on 2010-9-18 at 08:31 ]

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6樓2010-09-18 08:29:30

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引用回帖:

Originally posted by calos818 at 2010-09-18 08:29:30:

reading WAVECAR確實(shí)很占資源，但4G的內(nèi)存有些小，我覺(jué)得，還有個(gè)原因就是結(jié)構(gòu)不合理，很不穩(wěn)定，造成負(fù)載越來(lái)越大，最后節(jié)點(diǎn)自動(dòng)down了

[ Last edited by calos818 on 2010-9-18 at 08:31 ]

你好，我找了個(gè)優(yōu)化好的9個(gè)原子的算結(jié)果還是這樣  如下：
running on 4 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 4 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and 9 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(          1 )
reading WAVECAR
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
rank 1 in job 2  localhost.localdomain_36068 caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: killed by signal 11

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7樓2010-09-18 09:25:24

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163.com(金幣+1):謝謝回帖交流…… 2010-09-18 14:59:36
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引用回帖:

Originally posted by piaoxue001 at 2010-09-18 09:25:24:

你好，我找了個(gè)優(yōu)化好的9個(gè)原子的算結(jié)果還是這樣  如下：
running on 4 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 4 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and 9 ions
  ...

對(duì)于這種情況，常常換一個(gè)節(jié)點(diǎn)就可以了。
其實(shí)正確的操作是先看看要計(jì)算的節(jié)點(diǎn)的cpu使用的情況，有時(shí)候即使沒(méi)有程序在運(yùn)行但是cpu卻沒(méi)有完全的釋放。這個(gè)時(shí)候如果你提交了作業(yè)，常常會(huì)出現(xiàn)你說(shuō)的情況。重啟這個(gè)單節(jié)點(diǎn)，就可以正常使用了。
最后，計(jì)算模擬是在速度和精度間找一個(gè)平衡點(diǎn)，poscar，incar需要再三確認(rèn)合理性。

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要有幸福感！

8樓2010-09-18 09:39:44

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Originally posted by 原子修補(bǔ)匠 at 2010-09-18 09:39:44:

對(duì)于這種情況，常常換一個(gè)節(jié)點(diǎn)就可以了。
其實(shí)正確的操作是先看看要計(jì)算的節(jié)點(diǎn)的cpu使用的情況，有時(shí)候即使沒(méi)有程序在運(yùn)行但是cpu卻沒(méi)有完全的釋放。這個(gè)時(shí)候如果你提交了作業(yè)，常常會(huì)出現(xiàn)你說(shuō)的情況。重啟這 ...

非常感謝我降低一下精度試試請(qǐng)問(wèn)怎么重啟節(jié)點(diǎn)？我看了計(jì)算完之后CPU幾乎被完全釋放

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9樓2010-09-18 09:45:12

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現(xiàn)在貌似是機(jī)器問(wèn)題嘿嘿

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回復(fù)此樓

10樓2010-09-18 09:48:43

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