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maqihx金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【請(qǐng)教】請(qǐng)教一個(gè)問(wèn)題
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| 想在cif文件中出現(xiàn)氫鍵信息,但是不知道氫鍵的對(duì)稱(chēng)代碼給如何尋找,所以在ins文件中就不能通過(guò)命令在cif文件中產(chǎn)生,請(qǐng)問(wèn)哪位能指點(diǎn)指點(diǎn)?謝謝! |
銀蟲(chóng) (小有名氣)
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教你個(gè)詳細(xì)點(diǎn)的: 1. 先在.ins中加 HTAB (加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方) 2. 從.lst中 查看可能的氫鍵, 一般會(huì)看到如下 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O19-H3 0.864 2.168 154.00 2.969 O4 [ -x, -y, -z ] O21-H6 0.857 1.949 144.74 2.695 O27 [ -x, -y, -z+1 ] 3. 在 .ins中, 加以下行 ACTA BOND $H HTAB HTAB O25 O21 EQIV $1 -x, -y, -z EQIV $2 -x, -y, 1-z HTAB O19 O4_$1 HTAB O21 O27_$2 (加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方) 4. 精修n輪到收斂 5. 那么, 在.lst中 你會(huì)看到 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.90 2.34 3.151(8) 149.0 O25-H13...O21 0.86(2) 2.17(4) 2.969(8) 154(8) O19-H3...O4_$1 0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) O21-H6...O27_$2 5. 而在 .cif中, 你會(huì)看到以下信息. 注意一下 symmtry code的對(duì)應(yīng)關(guān)系. 比如3556 表示 -x, -y, 1-z _symmetry_cell_setting monoclinic _symmetry_space_group_name_H-M P2(1)/n loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz 'x, y, z' '-x+1/2, y+1/2, -z+1/2' '-x, -y, -z' 'x-1/2, -y-1/2, z-1/2' (這是P21/n空間群相對(duì)應(yīng)的四個(gè)symmetry operations) loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O25 H13 O21 0.90 2.34 3.151(8) 149.0 . O19 H3 O4 0.86(2) 2.17(4) 2.969(8) 154(8) 3 O21 H6 O27 0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) 3_556 |
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