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北京石油化工學院2026年研究生招生接收調劑公告

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冼亮淀粉酶

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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
lstt09nk(金幣+2):再加分~呵呵 2010-10-12 10:21:26

論文中設計過實驗，說明G1和G2對生玉米淀粉的降解速率不同，G2和G2+SBD對生玉米淀粉的降解速率不同，假如用Collision theory 來解釋，相同摩爾數(shù)的G1和G2在同樣反應體系下對同一底物的降解速率應該是相同的，但事實上不一樣，兩者相差幾十倍，這是因為G2缺少了SBD（淀粉結合功能域）。而樓主想要討論的是吸附和降解是否成正相關，這應該涉及到SBD。SBD對于生淀粉酶來說是重要的，所以我的意見是，Collision theory 是可以解釋生淀粉酶降解生淀粉的，但同時應該把SBD考慮進去，還要從結構生物學的角度去思考問題，去豐富降解生淀粉的Collision theory 理論，這與H2+Cl2——2HCl這種沒有吸附的反應不同。

對了，差點忘記說了，淀粉酶是一個group，是能降解淀粉的酶的統(tǒng)稱，包括很多種酶，里面有3.2.1.1 3.2.1.2 3.2.1.3等等。而生淀粉酶也是一個group，是能降解生淀粉的酶的統(tǒng)稱，也包括很多種酶。淀粉這個定義包括生淀粉和非生淀粉，所以淀粉酶包括生淀粉酶。關于我的背景，其實也沒什么背景，科研剛入門而已。我現(xiàn)在正在純化來自一株真菌的淀粉酶，依據(jù)已有數(shù)據(jù)來推斷可能是3.2.1.3。有一篇文章在投一個IF1.8的雜志，依據(jù)已有數(shù)據(jù)來推斷該酶是3.2.1.3，來自另一株真菌的生淀粉酶，可降解木薯、玉米、大米等幾種生淀粉，用于降解生淀粉，與酵母聯(lián)用于同步糖化發(fā)酵產(chǎn)酒精。

[ Last edited by 冼亮淀粉酶 on 2010-10-4 at 14:16 ]

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流星來時我許了個愿，愿我有吃有喝還有舒服的豬圈。討厭發(fā)帖前不搜索論壇重復發(fā)帖和僅把論壇當解決問題工具，久不看論壇一來就提問者，寧棄EPI和VIP也不回帖。

11樓2010-10-04 14:04:33

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lwiaanngg

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引用回帖:

Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2010-10-04 14:04:33:
論文中設計過實驗，說明G1和G2對生玉米淀粉的降解速率不同，G2和G2+SBD對生玉米淀粉的降解速率不同，假如用Collision theory 來解釋，相同摩爾數(shù)的G1和G2在同樣反應體系下對同一底物的降解速率應該是相同的，但事 ...

我的意見是你的假設可以值得商榷�！跋嗤枖�(shù)的G1和G2在同樣反應體系下對同一底物的降解速率應該是相同的”。
這個是不一樣的。因為你有了SBD，你的SBD對steric factor和collision frequency是有影響，也就是你的G1/G2的steric factor和collision frequency是否相同？畢竟有了SBD，兩者的結構上已經(jīng)不能在同一個平面上比較。畢竟速率不只是和濃度相關。

“而樓主想要討論的是吸附和降解是否成正相關” 我認為這是典型的化工問題，解釋應該從reaction engineering的角度來看。吸附是一個廣的概念，不只在固體中有的。

你提到的你的所做，我不知道你做的東西的目的了。不過，酵母在國外這邊，尤其是美國，興趣已經(jīng)大大的降低了。畢竟單酒精來說，能量儲備還是偏低。而且對于多糖的酶降解，更多的是在cellulose上。畢竟這個的應用前景更廣而且成本更低，不過相當難做。有機會可以繼續(xù)討論。

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12樓2010-10-04 16:07:58

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冼亮淀粉酶

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引用回帖:

Originally posted by lwiaanngg at 2010-10-04 16:07:58:
我的意見是你的假設可以值得商榷�！跋嗤枖�(shù)的G1和G2在同樣反應體系下對同一底物的降解速率應該是相同的”。
這個是不一樣的。因為你有了SBD，你的SBD對steric factor和collision frequency是有影響，也就是你的G1/G2的steric factor和collision frequency是否相同？畢竟有了SBD，兩者的結構上已經(jīng)不能在同一個平面上比較。畢竟速率不只是和濃度相關。

“而樓主想要討論的是吸附和降解是否成正相關” 我認為這是典型的化工問題，解釋應該從reaction engineering的角度來看。吸附是一個廣的概念，不只在固體中有的。

你提到的你的所做，我不知道你做的東西的目的了。不過，酵母在國外這邊，尤其是美國，興趣已經(jīng)大大的降低了。畢竟單酒精來說，能量儲備還是偏低。而且對于多糖的酶降解，更多的是在cellulose上。畢竟這個的應用前景更廣而且成本更低，不過相當難做。有機會可以繼續(xù)討論。
本文來自: 小木蟲論壇 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2427046&pid=817181&page=2#pid817181

1、�！跋嗤枖�(shù)的G1和G2在同樣反應體系下對同一底物的降解速率應該是相同的”。
回答：有文獻報道結果G1和G2在同樣反應體系下對可溶性淀粉的降解速率相似。

2、因為你有了SBD，你的SBD對steric factor和collision frequency是有影響，也就是你的G1/G2的steric factor和collision frequency是否相同？畢竟有了SBD，兩者的結構上已經(jīng)不能在同一個平面上比較。
回答：你的意思是G1和G2的結構上已經(jīng)不能在同一個平面上比較，這個可以看它們的結構圖，SBD與催化中心折疊后的結構圖。而且，如果結構有所改變以至于影響steric factor和collision frequency，那么G1和G2在同樣反應體系下對可溶性淀粉的降解速率應該迥異。

3、“而樓主想要討論的是吸附和降解是否成正相關” 我認為這是典型的化工問題，解釋應該從reaction engineering的角度來看。
回答：假如不能吸附也能降解，那么不能依靠SBD的結合位點來結合生淀粉的G2也能以同樣的速度來降解生淀粉，但事實上速度多為不同。至于是否應該從反應能的角度來看，或者從這個角度來看會有什么新看法，我覺得我們可以查找一些文獻來學習一下，不過樓主這些天去哪里了，拋一個帖子出來讓我們兩個在鬧，自己連個泡泡都不冒，不厚道。

4、你提到的你的所做，我不知道你做的東西的目的了。
回答：用生淀粉來生產(chǎn)酒精可以免去蒸煮這一步，降低能耗，但目前這個工藝大規(guī)模應用仍遇到問題，所以生淀粉酶方面的研究還是可以做的。我現(xiàn)在正在純化的一個淀粉酶可以降解生淀粉，也可以降解非生淀粉，還沒純化出來，基因也還沒克隆，所以在這里不好說。

5、酵母在國外這邊，尤其是美國，興趣已經(jīng)大大的降低了。
回答：我不做酵母，只是做淀粉酶，而這個淀粉酶是想要用來生產(chǎn)酒精，在生產(chǎn)酒精的工藝中需要酵母，我用的酵母為安琪酵母。雖然我們實驗室也有好酵母，但還是用被外界所廣為接受的酵母有說服力。至于在哪個國家熱不熱，我覺得還是去國外交流一下更好，可惜我沒有被聯(lián)合培養(yǎng)的福分。

6、畢竟單酒精來說，能量儲備還是偏低。
回答：將淀粉和纖維素降解成為葡萄糖之后都可以生產(chǎn)乙醇的，美國已經(jīng)用玉米淀粉來生產(chǎn)酒精很久了，只是遇到過一些阻力，有人反對用糧食來做酒精。作為一種可再生能源，姑且不論能量儲備是否偏低，酒精還是可以作為備選燃料之一的，不論未來怎樣，未雨綢繆總是好的。

7、而且對于多糖的酶降解，更多的是在cellulose上。畢竟這個的應用前景更廣而且成本更低，不過相當難做。
回答：不是相當難做，是相當相當?shù)碾y做。不過這個材料也是很受關注的，來源極其廣，儲備量極其多，這兩點比淀粉多多了。但這東西極其難降解，因為植物細胞壁的結構復雜，纖維素的結構也很復雜，具體可以看看丁士友的文章（似乎是中國人，后來留在美國，他兒子已經(jīng)不會說中文了，跟他兒子說米粉要說noodle的）他在美國做這個，提出了一個纖維素結構的新看法。對于纖維素酶來說，固相反應是限速步驟，預處理很麻煩的，我導師去年去過瑞典大學做過一個月的預處理。應用前景是好，但成本剛好相反，目前不是一般的高。我對纖維素酶的了解不多，只是以第二作者的身份發(fā)表了一篇IF2.6的文章。具體就是從水牛瘤胃內容物里拿到了5個比較新的纖維素酶基因，粗略的在E.coli BL21里表達了一下，宏基因組文庫在那時候有點熱。

8、交流是好的，只是樓主甘心被54？做實驗去了。

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13樓2010-10-04 19:45:43

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[quote]Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2010-10-04 19:45:43:

1、"回答：有文獻報道結果G1和G2在同樣反應體系下對可溶性淀粉的降解速率相似�！� 文獻報道的一定真實么？

2、“回答：你的意思是G1和G2的結構上已經(jīng)不能在同一個平面上比較，這個可以看它們的結構圖，SBD與催化中心折疊后的結構圖。而且，如果結構有所改變以至于影響steric factor和collision frequency，那么G1和G2在同樣反應體系下對可溶性淀粉的降解速率應該迥異�！�
G2+SBD后，你的effective collision和G2 必然是不同的。SBD 對 effective collision 應該有影響。如果沒有，G2和G2+SBD 的反應速率應該相同，甚至于G2+SBD應該更慢，因為你增加了steric hindrance。但事實是增加了，所以其effective collision是不一樣的。所以你更應該質疑那篇paper所講G1和G2是否一樣。不一定是作者有意，但有可能是作者實驗設計不合理造成的。

3、“回答：我不做酵母，只是做淀粉酶，而這個淀粉酶是想要用來生產(chǎn)酒精，在生產(chǎn)酒精的工藝中需要酵母，我用的酵母為安琪酵母。雖然我們實驗室也有好酵母，但還是用被外界所廣為接受的酵母有說服力。至于在哪個國家熱不熱，我覺得還是去國外交流一下更好，可惜我沒有被聯(lián)合培養(yǎng)的福分�！�
你不需要去國外看看，多看看paper就好。在biofuel，酵母正在被 algae 取代，看看大牛Jame Liao的文章就好。在Biodiesel，E.COLI更適應，看看另一位大牛Jay Kealsing的Nature了。酵母更多地是在于 volatile ester 的生產(chǎn)上，不過歐洲做的較多，例如Kevin Verstrepen。Yeast的代謝也是焦點，大牛huimin zhao在這方面很強的。

4、“回答：將淀粉和纖維素降解成為葡萄糖之后都可以生產(chǎn)乙醇的，美國已經(jīng)用玉米淀粉來生產(chǎn)酒精很久了，只是遇到過一些阻力，有人反對用糧食來做酒精。作為一種可再生能源，姑且不論能量儲備是否偏低，酒精還是可以作為備選燃料之一的，不論未來怎樣，未雨綢繆總是好的。 ”
美國現(xiàn)在更多地在研究的是第三代的biofuel，不過工業(yè)目前ethanol還是主體。而且ethanol目前的產(chǎn)能/耗能比只有1.3：1，還是比較低的。所以butanol/isobutanol更加的熱

5、“回答：不是相當難做，是相當相當?shù)碾y做。不過這個材料也是很受關注的，來源極其廣，儲備量極其多，這兩點比淀粉多多了。但這東西極其難降解，因為植物細胞壁的結構復雜，纖維素的結構也很復雜，具體可以看看丁士友的文章（似乎是中國人，后來留在美國，他兒子已經(jīng)不會說中文了，跟他兒子說米粉要說noodle 的）他在美國做這個，提出了一個纖維素結構的新看法。對于纖維素酶來說，固相反應是限速步驟，預處理很麻煩的，我導師去年去過瑞典大學做過一個月的預處理。應用前景是好，但成本剛好相反，目前不是一般的高。我對纖維素酶的了解不多，只是以第二作者的身份發(fā)表了一篇IF2.6的文章。具體就是從水牛瘤胃內容物里拿到了5個比較新的纖維素酶基因，粗略的在E.coli BL21里表達了一下，宏基因組文庫在那時候有點熱�！�
我也不直接做這個東西，只不過幫別人的忙了。也不算太太太難做了，畢竟現(xiàn)在很多已經(jīng)被使用在biofuel/biodiesel生產(chǎn)當中了。例如Jay Kealsing。而且，很多的directed-evolution的重點都在這里，例如Francis Arnold, 我記得至少一篇PNAS談論這個。BTW，10月1號的SCIENCE上有一篇關于用yeast降解cellulose的。

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14樓2010-10-05 09:04:08

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leiyinwill

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想請教一下吸附是否是降解的必要前提？

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好好做實驗！

15樓2010-10-12 10:05:04

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Originally posted by leiyinwill at 2010-10-12 10:05:04:
想請教一下吸附是否是降解的必要前提？

不能吸附也能降解的，這就單純是靠碰撞了，碰中了就降解，沒有SBD的G2也是能降解生淀粉的。只不過挺慢。

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16樓2010-10-12 17:22:30

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zhouqihanshu

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815041樓: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2010-10-04 14:04:33:
論文中設計過實驗，說明G1和G2對生玉米淀粉的降解速率不同，G2和G2+SBD對生玉米淀粉的降解速率不同，假如用Collision theory 來解釋，相同摩爾數(shù)的G1和G2在同樣反應體系下對同一底物的降解速率應該是相同的，但事 ...

你好！請問一下淀粉酶在何種緩沖液中能達到最佳的酶解效果呢？

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Whether the weather is fine or not!

17樓2012-04-26 17:28:00

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2395575樓: Originally posted by zhouqihanshu at 2012-04-26 17:28:00:
你好！請問一下淀粉酶在何種緩沖液中能達到最佳的酶解效果呢？

沒有定論的，各人的酶都不同。

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18樓2012-04-26 19:18:44

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