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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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gtolv8688

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我在CCDC中查詢了MOF-1的結(jié)構(gòu)并將其導(dǎo)出，導(dǎo)出的文件格式是cif，用MS打開后發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)非常亂，化學(xué)式與文獻(xiàn)上的不同，多出了一些C原子，沒有成鍵，沒有加氫，請問給為高人你們遇到這種情況是如何處理的？為什么CCDC中給出的結(jié)構(gòu)這么亂而且與文獻(xiàn)不一致呢？要怎么處理呢？

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在CCDC里面的cif結(jié)構(gòu)文件是XRD方法確定出來的機(jī)構(gòu)，其對稱性、原子占位并非完全準(zhǔn)確，
到了MS后，根據(jù)對稱性就會反演出很多個原本并不存在的原子。
比如原子位置應(yīng)該在（0.33333，0.666667，0），而在在cif結(jié)構(gòu)文件里面可能是（0.332，0.666，0），就這點(diǎn)的誤差就足夠?qū)е聦ΨQ性的不一致。

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儲氫家族歡迎儲氫研究者！

4樓2010-09-24 13:01:44

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qphll

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zxzj05(金幣+1):謝謝回帖交流 2010-09-24 12:56:29

沒有導(dǎo)出過MOF-1結(jié)構(gòu), 但是大致這樣理解, 實(shí)驗推導(dǎo)出來的結(jié)構(gòu), 有的時候還有部分雜質(zhì), 比如水. 如果將結(jié)構(gòu)dehydrated以后, 那些游離的離子/原子就會除去.

多看看人家MOF-1的結(jié)構(gòu)是怎樣, 然后看看人家這樣使用是否有道理. 我覺得骨架是主要的, 某些游離在孔中的原子, 大概可以忽略.

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2樓2010-09-24 08:48:43

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引用回帖:

Originally posted by qphll at 2010-09-24 08:48:43:
沒有導(dǎo)出過MOF-1結(jié)構(gòu), 但是大致這樣理解, 實(shí)驗推導(dǎo)出來的結(jié)構(gòu), 有的時候還有部分雜質(zhì), 比如水. 如果將結(jié)構(gòu)dehydrated以后, 那些游離的離子/原子就會除去.

多看看人家MOF-1的結(jié)構(gòu)是怎樣, 然后看看人家這樣使用 ...

CCDC里給出的結(jié)構(gòu)還包括雜質(zhì)�。�？這些結(jié)構(gòu)按理說應(yīng)該是根據(jù)實(shí)驗測量構(gòu)建的模型，怎么會把雜質(zhì)包含進(jìn)去呢？關(guān)鍵是這樣直接做吸附的話，不知道會不會對結(jié)果有影響。連吸附質(zhì)量百分比都沒法算了，唉

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3樓2010-09-24 10:20:37

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物質(zhì)在形成單晶時，往往與其它成份結(jié)合在一起共同形成單晶。因此CCDC許多結(jié)構(gòu)中，并非只有一種化合物，而是由多種化合物構(gòu)成的單晶結(jié)構(gòu)。并不叫雜質(zhì)。

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5樓2010-09-24 14:35:13

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Originally posted by zxzj05 at 2010-09-24 13:01:44:
在CCDC里面的cif結(jié)構(gòu)文件是XRD方法確定出來的機(jī)構(gòu)，其對稱性、原子占位并非完全準(zhǔn)確，
到了MS后，根據(jù)對稱性就會反演出很多個原本并不存在的原子。
比如原子位置應(yīng)該在（0.33333，0.666667，0），而在在cif結(jié)構(gòu) ...

謝謝回復(fù)！我基本上理解了你的意思，我還有一個疑問，如何去掉由于反演生成的那些本身并不存在的原子呢？還有優(yōu)化之后要如何加氫呢？現(xiàn)在加氫結(jié)構(gòu)就變得更亂了

謝謝！~

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6樓2010-09-24 14:44:52

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Originally posted by zhaojy008 at 2010-09-24 14:35:13:
物質(zhì)在形成單晶時，往往與其它成份結(jié)合在一起共同形成單晶。因此CCDC許多結(jié)構(gòu)中，并非只有一種化合物，而是由多種化合物構(gòu)成的單晶結(jié)構(gòu)。并不叫雜質(zhì)。

謝謝回復(fù)！按照你所說的如何從中提取需要的結(jié)構(gòu)呢？我下載的原子亂七八糟的，都不知道要刪除那些了。。。

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7樓2010-09-24 14:47:16

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一般CCDC結(jié)構(gòu)中除氫原子外其它原子均很好確定，氫原子是由理論加氫所得，并非實(shí)驗所得，因此再由CCDC結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成晶體結(jié)構(gòu)就會存在氫原子位置不正確或雜亂無章的現(xiàn)象，這個問題暫時還無法處理。

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8樓2010-09-24 16:09:54

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不好意思，還沒說完。如果把其它所謂的雜質(zhì)去掉的話，就不是原來的晶體結(jié)構(gòu)了。晶胞參數(shù)就不能用原來的。

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9樓2010-09-24 16:14:11

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Originally posted by zhaojy008 at 2010-09-24 16:14:11:
不好意思，還沒說完。如果把其它所謂的雜質(zhì)去掉的話，就不是原來的晶體結(jié)構(gòu)了。晶胞參數(shù)就不能用原來的。

那這么說“雜質(zhì)”是與我想要的結(jié)構(gòu)不能分開，一旦分開我想要的結(jié)構(gòu)也發(fā)生變化了？那為什么在文獻(xiàn)中沒有給出“雜質(zhì)”的信息呢？CCDC給出的結(jié)構(gòu)單元的化學(xué)式與文獻(xiàn)上的不一致，那CCDC給出的這個結(jié)構(gòu)還有什么意義呢？比如我要選擇某個MOF結(jié)構(gòu)作儲氫，可是這個MOF結(jié)構(gòu)總是包含“雜質(zhì)”，這還怎么做呢？越來越迷惑了

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10樓2010-09-24 16:46:41

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