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futing1229木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】heme中三價(jià)鐵的力場參數(shù) 已有4人參與
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最近遇到一個(gè)問題，在處理heme時(shí) ，其中的鐵為正三價(jià)時(shí)，力場參數(shù)怎么確定？ amber 里的鐵是二價(jià)。不知道其他哪些軟件里包含三價(jià)鐵？ 謝謝！ [ Last edited by futing1229 on 2010-10-8 at 16:35 ] |
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4樓2010-10-30 10:41:36
z5476t4508
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futing1229(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-10-21 17:04:39
futing1229(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-10-21 17:04:39
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可不可以這樣呢？ 然后把heme中的鐵拿掉，然后加個(gè)背景電荷（3+）在gaussian中優(yōu)化，單點(diǎn)并用 resp 得到參數(shù)，把Fe和拿掉Fe的heme看成兩個(gè)殘基load到leap里面，生成prmtop文件 如果跑動(dòng)力學(xué)有問題的話可以先把整個(gè)分子（含F(xiàn)E3+）放到gaussian里優(yōu)化、單點(diǎn)，然后用resp擬合出電荷 然后把prmtop文件中的電荷換掉... |
2樓2010-10-21 16:34:32
nkyx
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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3樓2010-10-22 21:47:23
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futing1229(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+3): 謝謝 2010-11-23 20:32:46
futing1229(金幣+3):謝謝 2010-11-23 21:15:57
futing1229(金幣+1):謝謝參與
zh1987hs(金幣+3): 謝謝 2010-11-23 20:32:46
futing1229(金幣+3):謝謝 2010-11-23 21:15:57
| 這是個(gè)比較專業(yè)的問題，不是簡單的參數(shù)處理。需要重新計(jì)算整個(gè)血紅素的幾何優(yōu)化和點(diǎn)電荷，再用resp產(chǎn)生amber力場識別的文件。建議你如果不精于這種量化計(jì)算的話，用前人文獻(xiàn)提供的數(shù)據(jù)吧，我印象里JPCB、proteins和JCC里有公布他們血紅素參數(shù)的文章。二價(jià)、三價(jià)，活化態(tài)的都有 |
5樓2010-11-23 19:31:14
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