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tmj523397981金蟲 (初入文壇)
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【求助】利用MS建模
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各位大俠，小弟急需用MS建模，請(qǐng)各位大俠指點(diǎn)指點(diǎn)，小弟不勝感激！ *data for ICSD #40277CopyRight ?2008 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of Commerce on behalf of the United States. All rights reserved. Coll Code 40277 Rec Date 1999/11/30 Mod Date 2007/08/01 Chem Name Magnesium Catena-silicate Structured Mg (Si O3) Sum Mg1 O3 Si1 ANX ABX3 Min Name Garnet D(calc) 3.51 Title Structure and twinning of single-crystal Mg Si O3 garnet synthetsized at 17 GPa and 1800 C Author(s) Angel, R.J.;Finger, L.W.;Hazen, R.M.;Kanzaki, M.;Weidner, D.J.;Liebermann, R.C.;Veblen, D.R. Reference American Mineralogist (1989), 74, 509-512 Unit Cell 11.501(1) 11.501(1) 11.480(2) 90. 90. 90. Vol 1518.49 Z 32 Space Group I 41/a Z SG Number 88 Cryst Sys tetragonal Pearson tI160 Wyckoff f8 e d c b a R Value .043 Red Cell I 9.954 9.954 9.954 109.421 109.421 109.569 759.247 Trans Red -0.500 0.500 0.500 / 0.500 -0.500 0.500 / 0.500 0.500 -0.500 Comments Sign of z-values reversed to fit space group setting Compound with mineral name: Garnet The structure has been assigned a PDF number (experimental powder diffraction data): 47-1750 Structure type : CdGeO3 X-ray diffraction from single crystal Atom # OX SITE x y z SOF H ITF(B) Mg 1 +2 16 f 0.1253(4) 0.0112(4) 0.7413(8) 1. 0 1.33(8) Mg 2 +2 8 e 0 0.25 0.3742(6) 1. 0 1.54(9) Mg 3 +2 8 d 0 0 0.5 0.80(6) 0 0.22(3) Si 1 +4 8 d 0 0 0.5 0.20(6) 0 0.22(3) Mg 4 +2 8 c 0 0 0 0.20(6) 0 0.22(3) Si 2 +4 8 c 0 0 0 0.80(6) 0 0.22(3) Si 3 +4 4 b 0 0.25 0.625 1. 0 1.03(12) Si 4 +4 4 a 0 0.25 0.125 1. 0 0.37(10) Si 5 +4 16 f 0.1249(3) 0.0065(3) 0.2456(3) 1. 0 0.53(5) O 1 -2 16 f 0.0282(6) 0.0550(6) 0.3367(6) 1. 0 0.88(12) O 2 -2 16 f 0.0380(6) -.0471(6) 0.1438(6) 1. 0 1.31(14) O 3 -2 16 f 0.2195(7) 0.1023(6) 0.1979(6) 1. 0 1.28(14) O 4 -2 16 f 0.2150(6) -.0894(6) 0.3000(6) 1. 0 0.99(12) O 5 -2 16 f -.0588(6) 0.1617(6) 0.5320(6) 1. 0 0.89(12) O 6 -2 16 f -.1040(6) 0.2080(6) 0.2149(6) 1. 0 1.01(12) *end for ICSD #40277  |
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zxzj05
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tmj523397981(金幣+3):謝謝參與
tmj523397981(金幣+3): 2010-10-10 14:53:55
tmj523397981(金幣+3):謝謝參與
tmj523397981(金幣+3): 2010-10-10 14:53:55
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很多cif文件里面的模型都無(wú)法建立， 其原因在于那是XRD精修時(shí)候建立的模型，沒有嚴(yán)格地考慮空間群的原子對(duì)稱性問題， 導(dǎo)入到MS這樣的計(jì)算軟件中就很容易出現(xiàn)原子的重疊， 比如：O 1 -2 16 f 0.0282(6) 0.0550(6) 0.3367(6)，在建模的時(shí)候，括號(hào)里面的誤差將會(huì)影響其對(duì)稱性，正確的情況應(yīng)該是一個(gè)具體的、準(zhǔn)確的數(shù)值。 這時(shí)候要么：判斷那些原子是重疊的，正確的坐標(biāo)位置應(yīng)該是多少。 要么，就是查找文獻(xiàn)，看看別人建的理論模型的正確原子占位坐標(biāo)。 [ Last edited by zxzj05 on 2010-10-10 at 13:37 ] |
16樓2010-10-10 13:35:26
cash_ms
木蟲 (正式寫手)
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2樓2010-10-09 21:51:17
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3樓2010-10-09 21:52:16
tmj523397981
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Mg 3 +2 8 d 0 0 0.5 0.80(6) 0 0.22(3) Si 1 +4 8 d 0 0 0.5 0.20(6) 0 0.22(3) Mg 4 +2 8 c 0 0 0 0.20(6) 0 0.22(3) Si 2 +4 8 c 0 0 0 0.80(6) 0 0.22(3) 本文來(lái)自: 小木蟲論壇 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2471475&pid=966535&page=1#pid966535 主要就是這塊不清楚 |
4樓2010-10-09 22:36:55
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