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zhangguangping木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[交流]
【求助】有哪位高手能夠在這兒給大家講解一下siesta中如何通過(guò)simplex去優(yōu)化基組！ 已有3人參與
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如題，在siesta的/Util/Optimizer目錄下有一個(gè)代碼叫simplex,它能夠?qū)w系優(yōu)化基組，哪位高手在此給大家詳細(xì)講解一下他的原理和使用方法啊。里面自帶的文檔比較少，自己看起來(lái)比較費(fèi)勁。 在此謝謝高手了! |
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corbin
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2樓2010-10-14 08:40:36
zhangguangping
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正如下面的帖子： http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2485045&fpage=1 會(huì)發(fā)現(xiàn)，使用的基組會(huì)使結(jié)果影響較大。 使用程序給出的DZP參數(shù)產(chǎn)生的基組計(jì)算的結(jié)果不令人滿意的話，就需要自己手動(dòng)調(diào)整基組。調(diào)整基組的zeta數(shù)目和rc的大小。所以應(yīng)該得到一個(gè)最優(yōu)化的數(shù)值。但是自己憑空設(shè)想是不可能的。而程序自己產(chǎn)生的那個(gè)參數(shù)肯定不是一個(gè)最優(yōu)化的參數(shù)。所以出來(lái)這個(gè)問(wèn)題。 怎么樣使用simplex來(lái)優(yōu)化這個(gè)基組。 %block PAO.Basis H 1 n=1 0 2 P 1 5.471 3.953 1.000 1.000 %endblock PAO.Basis 上面的這個(gè)rc是使用DZP參數(shù)程序給出的結(jié)果。 我想在這個(gè)附近對(duì)這個(gè)四個(gè)參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化一下，得到最好的結(jié)果。 想知道simplex使用的什么方法做這件事情的，還有就是具體怎么做去找到最優(yōu)化的rc. 謝謝你的討論。 [ Last edited by zhangguangping on 2010-10-14 at 11:58 ] |
3樓2010-10-14 09:39:25
corbin
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+2):謝謝討論 2010-10-14 10:07:09
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+2):謝謝討論 2010-10-14 10:07:09
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我知道你的問(wèn)題了，因?yàn)槲以?jīng)也想針對(duì)不同的體系，優(yōu)化具體原子軌道的rc 就我所知道的，以及看到simplex文件夾下給出的例子，參考其中的TEMPLATE輸入文件，將其中要優(yōu)化的rc，改成參數(shù)的形式$s_z1_rc_O之類的，然后再看另一個(gè)文件VARS，設(shè)置對(duì)應(yīng)參數(shù)的取值范圍，第三個(gè)輸入文件就是PARAMS，這里面給出的應(yīng)該是優(yōu)化方法的參量，類似步長(zhǎng)，判斷收斂的標(biāo)準(zhǔn)之類，設(shè)置好輸入文件后，修改run_script.sh腳本，SIESTA=$HOME/bin/siesta，類似這種執(zhí)行文件的位置，name=$1應(yīng)該是你執(zhí)行該腳本時(shí)輸入的任務(wù)名字吧，設(shè)置好后，直接執(zhí)行simplex應(yīng)該就可以運(yùn)行了，當(dāng)然如果是queuing-system，你需要寫(xiě)個(gè)提交腳本 至此，就是我的理解 |
4樓2010-10-14 10:03:25
zhangguangping
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5樓2010-10-14 19:23:05
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