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[交流] 【求助】Gaussian09作業(yè)中斷，可否接著斷點繼續(xù)計算？已有6人參與

如題。
正在用td-b3lyp優(yōu)化perylene的激發(fā)態(tài)，分子是C20H12，基組是6-311+g**，跑頻率分析跑了四五天還沒有跑出來，恰好又遇到服務(wù)器死機。。。
哪位知道Gaussian09的作業(yè)中間斷掉可不可以接著斷點計算��？小弟裸膝跪拜，不勝感激~

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1樓 2010-10-15 12:50:51

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manson1998

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引用回帖:

Originally posted by xmdxn at 2010-10-15 12:50:51:
如題。
正在用td-b3lyp優(yōu)化perylene的激發(fā)態(tài)，分子是C20H12，基組是6-311+g**，跑頻率分析跑了四五天還沒有跑出來，恰好又遇到服務(wù)器死機。。。
哪位知道Gaussian09的作業(yè)中間斷掉可不可以接著斷點計算啊？小弟 ...

perhaps not

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惺惺相惜情不自禁

2樓2010-10-15 13:22:06

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Originally posted by manson1998 at 2010-10-15 13:22:06:

perhaps not

what a pity...
不知道大家有沒有用td優(yōu)化激發(fā)態(tài)幾何構(gòu)型的經(jīng)驗，做頻率分析的速度是不是對基組大小很敏感？我正在考慮換小基組做下去了。。。

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3樓2010-10-15 16:08:05

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gougaozhan

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zhou2009(金幣+1): 2010-10-16 15:59:58

基組6-311+g**太大了，難怪跑不過去

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^_^不要生氣||要爭氣，不要看破||要突破，不要嫉妒||要欣賞，不要托延||要積極，不要心動||要行動^_^

4樓2010-10-15 17:37:57

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Originally posted by gougaozhan at 2010-10-15 17:37:57:
基組6-311+g**太大了，難怪跑不過去

我現(xiàn)在又換了6-31+g*和6-31g*繼續(xù)優(yōu)化和頻率分析，激發(fā)態(tài)的優(yōu)化很快，一般兩個小時就可以做出來，但是頻率分析還是要跑很久，目前跑了兩千五百分鐘還是沒有跑出來，不停地出現(xiàn)

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.28021897D+03


**** Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is  0.95046157D-01

這樣的循環(huán)，the largest alpha MO coefficient is 后面的值基本上在0.28D+03上下浮動，我在想這是進入了無法跑出結(jié)果來的循環(huán)么？
之前做激發(fā)態(tài)大家都是用casscf，老師讓我用td，也沒人有經(jīng)驗，用過的蟲友幫幫忙解答一下唄~~

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5樓2010-10-16 14:27:36

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頻率沒法接著算，死了就自認倒霉吧！

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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.

6樓2010-10-16 15:10:13

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pwzhou

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zhou2009(金幣+3): 2010-10-16 16:07:10

激發(fā)態(tài)優(yōu)化頻率用的是數(shù)值梯度，計算過程總共需要計算6N＋1次SCF和TD。
N為原子個數(shù)，你看看你的輸出文件里有多少次SCF Done了？用6N＋1減去這個數(shù)字就是還需要跑的次數(shù)，大致應(yīng)該能估算出時間的。

提供一個腳本，可以用來檢查激發(fā)態(tài)頻率已經(jīng)跑了多少步，還需要跑多少步。

CODE:

#!/bin/sh

if [ $# -ne 1 ]

then

        echo "Usage: $0 Gaussian output file"

        exit 1

fi

if [ ! -e $1 ]

then

        echo "$1 not existed!"

        exit 1

fi

scf_iters=`grep "SCF Done" $1 | wc -l`

natoms=`grep "NAtoms" $1 | awk '{print $2}'| head -1`

left_iters=$(($natoms*6+1-$scf_iters))

echo ""

echo "The SCF has runned for $scf_iters cycles"

echo -e "Still need \033[45m\033[5m $left_iters \033[0m cycles"

echo ""

順便提一下，G09的頻率計算絕對可以接著算，前提是保存了rwf文件，具體如何做，請參考說明書上restart關(guān)鍵詞的說明。

引用回帖:

Originally posted by xmdxn at 2010-10-16 14:27:36:

我現(xiàn)在又換了6-31+g*和6-31g*繼續(xù)優(yōu)化和頻率分析，激發(fā)態(tài)的優(yōu)化很快，一般兩個小時就可以做出來，但是頻率分析還是要跑很久，目前跑了兩千五百分鐘還是沒有跑出來，不停地出現(xiàn)
...

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7樓2010-10-16 15:11:09

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Originally posted by pwzhou at 2010-10-16 15:11:09:
激發(fā)態(tài)優(yōu)化頻率用的是數(shù)值梯度，計算過程總共需要計算6N＋1次SCF和TD。
N為原子個數(shù)，你看看你的輸出文件里有多少次SCF Done了？用6N＋1減去這個數(shù)字就是還需要跑的次數(shù)，大致應(yīng)該能估算出時間的。

提供一個腳 ...

原來是數(shù)值梯度哦。Gaussian09說明書上寫的應(yīng)該是說一階導(dǎo)為積分的。
謝謝這位蟲友，應(yīng)該可以接著算，利用rwf文件可以的，似乎chk文件也可以。
用ultraedit搜索字符串也可以看出來scf done了幾次O(∩_∩)O~編程序的東西我就不大靈光啦

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8樓2010-10-16 18:18:47

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zhou2009(金幣+1): 2010-10-16 18:36:21

要斷點續(xù)算，rwf和chk都必須要，缺一不可。

引用回帖:

Originally posted by xmdxn at 2010-10-16 18:18:47:

原來是數(shù)值梯度哦。Gaussian09說明書上寫的應(yīng)該是說一階導(dǎo)為積分的。
謝謝這位蟲友，應(yīng)該可以接著算，利用rwf文件可以的，似乎chk文件也可以。
用ultraedit搜索字符串也可以看出來scf done了幾次O(∩_∩)O~ ...

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9樓2010-10-16 18:21:01

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ls這位蟲友，我用6-31g*重新做頻率分析，終于跑出來了。我的體系是C20H12，32個原子，但是scf迭代了44次。照6N+1來算，不止44次啊。。。又困惑了，G09的TD頻率分析的梯度到底是什么狀況哦。。。

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10樓2010-10-18 15:00:11

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