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maomao-666木蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】siesta的fdf文件的編輯問(wèn)題
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siesta的fdf文件中先前我做的都是單壁碳納米管，原子坐標(biāo)考進(jìn)去就好了，那么請(qǐng)問(wèn)各位高手，雙壁碳管的坐標(biāo)怎么編輯在fdf怎么見(jiàn)中啊，急求，請(qǐng)各位指教。 [ Last edited by maomao-666 on 2010-10-22 at 08:50 ] |
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zhangguangping
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3樓2010-10-22 08:47:45
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maomao-666(金幣+5): 2010-10-22 21:33:39
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是的。直接放進(jìn)去就行。不分先后順序。但是如果你要對(duì)邊界限制或者修飾的話，你自己要知道哪些是邊界原子就行。你可以在你的fdf中加入這么一個(gè)項(xiàng)目：WriteCoorXmol T,在任務(wù)結(jié)束的時(shí)候就會(huì)產(chǎn)生一個(gè)*.xyz文件,這個(gè)文件很多軟件都能直接看的。http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/en/vesta.html 這個(gè)網(wǎng)站上的VESTA可以看。并且免安裝你看一下程序讀進(jìn)去的結(jié)構(gòu)是不是你要的。（為了快，MD.NumCGsteps 0， MaxSCFIterations 1只進(jìn)行一個(gè)電子結(jié)構(gòu)自洽就完成任務(wù)） [ Last edited by zhangguangping on 2010-10-22 at 02:28 ] |
4樓2010-10-22 09:24:06
maomao-666
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ym23(金幣+2):非常感謝答復(fù) 2010-10-25 21:01:27
ym23(金幣+2):非常感謝答復(fù) 2010-10-25 21:01:27
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坐標(biāo)是不分先后的，所以直接拷進(jìn)去就行。程序會(huì)根據(jù)坐標(biāo)而構(gòu)建模型。有點(diǎn)不是很明白你的說(shuō)的編輯？先編輯什么？ 其中一個(gè)注意問(wèn)題是一維的cnt的周期性選取問(wèn)題。假如你選取的是同一種charity，比如cnt(10,10)@cnt(5,5),它們的周期性是一致的，但是比如是cnt(10,10)@cnt(5,0)那就不一樣了。 cnt的生成程序可以在網(wǎng)上在線生成。google一下就可以了（carbon nanotube generate）。 |
6樓2010-10-25 18:06:44
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