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xiaowu787木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
【討論】lammps-怪異的group溫度 已有4人參與
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說(shuō)明一下，雙金屬體系，時(shí)間設(shè)為1fs，體系整體從0.05到300K升溫，發(fā)現(xiàn)group的溫度與體系的溫度對(duì)不上，并且處于模型最外端的group的溫度更是異常，比其他group的溫度高幾十度。 原來(lái)不小心把時(shí)間步長(zhǎng)取為10fs，進(jìn)行模擬同樣的模擬也沒(méi)有出現(xiàn)類(lèi)似的問(wèn)題。并且可以認(rèn)定的是勢(shì)函數(shù)是可靠的。不知是哪里的問(wèn)題？ 下面是數(shù)據(jù)： 時(shí)間步長(zhǎng)為0.001 單位為metal fix 2 all nvt temp 0.05 300.0 0.05 第一個(gè)數(shù)是整個(gè)體系的溫度，后面五個(gè)數(shù)據(jù)分別是五個(gè)group的溫度（把長(zhǎng)方體模型均分為9個(gè)部分,取的五個(gè)group分別是從模型中心到模型一邊的邊界---相當(dāng)于中心對(duì)稱(chēng)） 體系溫度 group1 group2 group3 group4 group5 0.32223265 0.35672397 0.35130176 0.43155934 0.49054604 0.59470303 14.681225 17.707719 18.038659 19.401222 18.578224 23.696852 17.908917 22.595134 22.381331 22.859198 22.735383 29.888281 21.236465 26.594786 27.373716 27.549981 25.78319 33.537153 24.658653 32.005349 29.70771 29.110636 29.385247 40.579523 28.866911 35.896002 36.528466 36.668734 37.459447 45.291189 33.150806 40.469357 40.669588 40.651187 42.624405 55.096068 38.69363 47.161347 47.656391 48.248048 49.56008 65.557493 43.565413 57.637558 52.837027 55.77367 52.481708 71.654626 295.43779 314.76351 305.85202 324.41969 308.7731 386.26485 299.80219 313.80556 316.32717 320.05518 311.6842 389.04083 [ Last edited by xiaowu787 on 2010-10-31 at 09:16 ] |
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2樓2010-10-30 19:31:54
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3樓2010-10-31 09:28:07
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你的九個(gè)部分原子數(shù)相等么？ A 如果原子數(shù)相等，且溫度是對(duì)稱(chēng)的，那就意味著九個(gè)部分的平均溫度都高于總平均溫度。這個(gè)情況應(yīng)是不可能出現(xiàn)的。所以溫度可能不是對(duì)稱(chēng)的。 B 假如你九個(gè)部分原子數(shù)不相等，則情況比較復(fù)雜。 實(shí)際上，你在MD當(dāng)中，分成九個(gè)部分，即使原子數(shù)相等，且初始結(jié)構(gòu)對(duì)稱(chēng)，但你的初速度的方向和大小都是隨機(jī)的，尤其是元胞中的中間部分經(jīng)過(guò)運(yùn)動(dòng)變化后，也不會(huì)是完全不偏不倚的，所以溫度一般不會(huì)完全對(duì)稱(chēng)。一邊高一邊低的可能性不能排除，這與你的邊界條件也有關(guān)系。 [ Last edited by 老虎大王 on 2010-10-31 at 12:16 ] |
4樓2010-10-31 12:12:26
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group temp0 region temp0 47528 atoms in group temp0 group temp1 region temp1 47534 atoms in group temp1 group temp2 region temp2 47525 atoms in group temp2 group temp3 region temp3 47518 atoms in group temp3 group temp4 region temp4 48582 atoms in group temp4 謝謝您的答復(fù)，現(xiàn)在還有一點(diǎn)不明白，溫度不是統(tǒng)計(jì)平均值嗎？為什么還與group原子數(shù)目有關(guān)？希望您能再指點(diǎn)一下？ |
5樓2010-11-02 17:44:29
老虎大王
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我的意思不是說(shuō)溫度與原子數(shù)目有關(guān)，而是當(dāng)你考慮總平均溫度（即所有原子的總動(dòng)能對(duì)總原子數(shù)的商 Ek(tot)/N），與各部分平均溫度的平均（1/9*(Ek1/N1+Ek2/N2+...)），它們兩個(gè)之間的關(guān)系時(shí)，這個(gè)關(guān)系（是相等，還是大于，還是小于，這個(gè)應(yīng)該是與各部分原子數(shù)是否相等有關(guān)的 （上述兩式是個(gè)大致的意思，不是溫度的確切表達(dá)，沒(méi)有寫(xiě)上有關(guān)的系數(shù)） 總之我基本上斷定你兩邊的溫度不會(huì)是對(duì)稱(chēng)的。 [ Last edited by 老虎大王 on 2010-11-2 at 19:32 ] |
6樓2010-11-02 19:23:22
xiaowu787
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模型結(jié)構(gòu)本來(lái)是均勻的，不過(guò)分成九個(gè)部分時(shí)人為造成group原子數(shù)目的不同，原來(lái)想當(dāng)然的認(rèn)為各部分動(dòng)能平均是一樣，那么溫度也應(yīng)該一樣。 下面是分為7個(gè)部分（模型小了一些）的結(jié)果（注：時(shí)間步長(zhǎng)不小心設(shè)成了10fs--主要區(qū)別) group temp0 region temp0 55180 atoms in group temp group temp1 region temp1 55177 atoms in group temp1 group temp2 region temp2 55124 atoms in group temp2 group temp3 region temp3 56290 atoms in group temp3 可惜沒(méi)有記錄之前的，第一行數(shù)據(jù)是在300K下馳豫后的結(jié)果，溫度倒是沒(méi)有表現(xiàn)出很大的波動(dòng) 體系溫度 group1 group2 group3 group4 300.69665 302.18029 301.84022 301.07516 298.5104 313.3621 393.59714 302.1085 300.1085 297.70397 334.20323 497.64952 306.07788 300.52586 298.067 359.62189 603.66492 316.23812 303.46189 298.99988 387.76138 707.79523 330.64041 304.5327 299.22969 417.99158 816.07707 349.605 311.21851 301.95479 450.30771 918.12848 372.49825 318.89365 306.08764 483.03501 1026.523 397.37457 328.27153 307.04527 517.06064 1128.7104 426.83542 338.56959 311.56416 553.46222 1235.7885 455.4556 352.70137 320.88119 590.08605 1335.7681 488.29725 366.44313 327.79355 627.75478 1448.4179 520.09948 386.86076 336.64048 667.25754 1549.6889 551.42325 402.66075 347.6617 707.2067 1653.0293 578.8763 420.80881 360.50564 748.4945 1769.3749 617.00291 442.83465 374.4264 788.56642 1877.2389 658.98013 461.85488 390.24975 [ Last edited by xiaowu787 on 2010-11-2 at 22:32 ] |
7樓2010-11-02 22:22:30
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10樓2015-10-11 11:13:38
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