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lvyanni金蟲 (初入文壇)
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[交流]
【求助】【求助同源模建用ram圖分析后達(dá)到多少值優(yōu)化才有意義？】
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各位好： 我想請問下我是swiss prot同源模建后，馬上用ram圖分析后，值為77.1，這個(gè)值并不高，請問接著就馬上優(yōu)化是否有意義，還是說這樣子的值說明了結(jié)構(gòu)本身有問題了，要優(yōu)化到90以上可能嗎？ |
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★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-11-01 18:38:24
lvyanni(金幣+6): 2010-11-05 08:41:40
lvyanni(金幣+12): 2010-11-23 16:37:00
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-11-01 18:38:24
lvyanni(金幣+6): 2010-11-05 08:41:40
lvyanni(金幣+12): 2010-11-23 16:37:00
| 首先要看你的蛋白序列和模板蛋白序列的一致性，如果大于35%用同源模建才能達(dá)到比較好的效果，在此基礎(chǔ)上，序列一致性越大越好。通過能量最小化或者分子動(dòng)力學(xué)有可能能達(dá)到更大的RAM值，但是能提高多少不好說，此外，RAM只是一個(gè)指標(biāo)，高的話未必代表結(jié)構(gòu)接近真實(shí)結(jié)構(gòu)，而只能說二面角符合統(tǒng)計(jì)學(xué)標(biāo)準(zhǔn) |
2樓2010-11-01 09:44:52
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