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[交流] 【求助】NWCHEM6.0編譯出錯(cuò) 已有2人參與

在集群上，NWCHEM6.0編譯出錯(cuò)如下

/usr/bin/ld: cannot find -lnwctask
child process exit status 1: /usr/bin/ld
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1樓 2010-11-05 15:21:51

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pwzhou

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quantum999(金幣+1): 2010-11-05 23:34:14

給點(diǎn)詳細(xì)的信息啊，什么操作系統(tǒng)？什么編譯器？你是按照怎樣的步驟安裝的，這一步是在什么地方出錯(cuò)的？

引用回帖:

Originally posted by quantum999 at 2010-11-05 15:21:51:
在集群上，NWCHEM6.0編譯出錯(cuò)如下

/usr/bin/ld: cannot find -lnwctask
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2樓2010-11-05 16:26:34

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coolrainbow

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quantum999(金幣+1):謝謝參與
quantum999(金幣+1): 2010-11-05 23:34:46

缺少庫nwctask
你編譯的不完備

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技術(shù)博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog

3樓2010-11-05 17:54:26

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quantum999(金幣+1): 2010-11-05 23:34:41

難道你用的是g77？

引用回帖:

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4樓2010-11-05 20:01:26

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linux64不支持g77

用pgi編譯器
非并行
從網(wǎng)上搜得腳本修改為
#! /bin/sh
# NWChem installation enviorment setting

export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=3221225472"
export LARGE_FILES=TRUE
export NWCHEM_TOP=/public/home/users/XXXXXX/soft/nwchem-6.0
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64
export NWCHEM_MODULES=qm
export FC=pgf90
export CC=gcc
#export USE_INTEGER4=y
export OPTIMIZE=y

#export USE_MPI=y
#export MPI_LOC=/public/software/mpich-1.2.5.2-gcc
#export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib
#export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include
#export LIBMPI="-lmpich"
#export ARMCI_NETWORK=VIA

cd $NWCHEM_TOP/src
make nwchem_config
make FC=pgf90 CC=gcc | tee make.log &

打開 src/tools/config/makefile.h 文件，把第16,17行的FC/CC設(shè)置為與環(huán)境變量中相同的編譯器，或者也可以把這兩行注釋掉。同樣，打開 src/tools/armci/config/makefile.h 文件，修改第2,3行的FC/CC設(shè)置。

運(yùn)行腳本
報(bào)錯(cuò)

請(qǐng)教指點(diǎn)��！

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5樓2010-11-05 23:44:56

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quantum999(金幣+1): 2010-11-07 22:39:22

沒用pgi編譯器編譯過，也沒編譯過非并行的，我一直用的是icc和ifort，從來沒遇到過問題，如果方便的話，把你的.bashrc和make.log貼上來看看。

引用回帖:

Originally posted by quantum999 at 2010-11-05 23:44:56:
linux64不支持g77

用pgi編譯器
非并行
從網(wǎng)上搜得腳本修改為
#! /bin/sh
# NWChem installation enviorment setting

export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=3221225472"
export LARGE_FILES=T ...

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6樓2010-11-06 13:04:40

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環(huán)境變量中只添加了pgi
PGI=/public1/software/pgi
export PGI
MANPATH=$MANPATH:$PGI/linux86-64/7.1/man
export MANPATH
LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat
export LM_LICENSE_FILE
PATH=$PGI/linux86-64/7.1/bin:$PATH
export PATH

編譯腳本如下
export LARGE_FILES=TRUE
export NWCHEM_TOP=/home/users/XXXX/soft/nwchem-6.0
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64
#export NWCHEM_TARGET_CPU=x86
export NWCHEM_MODULES=qm
export FC=pgf90
#export USE_INTEGER4=y
export OPTIMIZE=y

#export USE_MPI=y
#export MPI_LOC=/public1/software/pgi/linux86-64/7.1/mpi/mpich/
#export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib
#export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include
#export LIBMPI="-lmpich -lpthread"
#export LIBMPI="-lmpich"
#export ARMCI_NETWORK=VIA

cd $NWCHEM_TOP/src
make nwchem_config
make FC=pgf90 CC=gcc > make.log

報(bào)錯(cuò)如下
gcc: unrecognized option '-Mnomain'
../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a(cluster.o): In function `InitGlobal':
cluster.c

.text+0x467): undefined reference to `__c_mzero8'
../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a(sema.o): In function `InitSemSetList':
sema.c

.text+0x16): undefined reference to `__c_mset4'
collect2: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [test.x] Error 1
make[2]: *** [test.x] Error 2
make[1]: *** [tools] Error 2
make: *** [libraries] Error 1

make。log如下
test -d /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/lib/LINUX64_x86_64 || mkdir -p /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/lib/LINUX64_x86_64
Making libraries in tools
test -d /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/bin/LINUX64_x86_64 || mkdir -p /home/users/xxxxx/soft/nwchem-6.0/bin/LINUX64_x86_64

*** Building Parallel Tools ****

>>> making Memory Allocator (MA) library <<<
(cd ./ma; make CC=gcc FC=pgf90)
echo ../lib/LINUX64/libma.a
../lib/LINUX64/libma.a
>>> making TCGMSG library <<<
(cd ./tcgmsg; make CC=gcc FC=pgf90 MACHINE=LINUX64)
(cd ipcv4.0; make test.x)
echo ../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a
../../lib/LINUX64/libtcgmsg.a
gcc -DLINUX64 -DLINUX -DEXT_INT -DPGLINUX -DNOUSE_MMAP -DTIMINGS -DNOSPIN -DSYSV -DSHMEM -O2 -funroll-loops -Mnomain -o test.x test.c ../../li
b/LINUX64/libtcgmsg.a

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7樓2010-11-07 11:12:52

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8樓2010-11-07 18:25:51

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quantum999(金幣+1):謝謝參與

NWCHEM6.0編譯出錯(cuò)，找不到-lnwctask文件

--------------------------------------------------------------------------------
應(yīng)該是編譯過程中某部分庫文件出錯(cuò)，你檢查一下log，之前應(yīng)該還會(huì)有別的錯(cuò)誤信息

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Wair

9樓2010-12-25 09:58:39

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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流

引用回帖:

/usr/bin/ld: cannot find -lnwctask

是由于libwctask等一系列的庫沒有編譯。可能是由于“export OPTIMIZE=y

”這一選項(xiàng)造成的。我在編譯時(shí)取消這個(gè)選項(xiàng)，然后編譯能夠通過。Good luck！

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Wair

10樓2010-12-27 20:01:25

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