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【求助】solvating the protein出現(xiàn)問(wèn)題 已有2人參與
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在01-BUILD目錄下，打開(kāi)vmd，然后里Tk輸入package require solvate以調(diào)用solvate。然后在Tk里輸入solvate -t 3 -n 8 -w kcsav solkcsa后沒(méi)有任何文件在01-BUILD目錄里產(chǎn)生。當(dāng)我在Tk里source make_solv.tcl后出現(xiàn)了問(wèn)題： 大家?guī)臀曳治鲆幌逻@是什么問(wèn)題��？？ 萬(wàn)分感謝 [ Last edited by nufang19a on 2010-11-11 at 22:28 ] |
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2樓2010-11-11 22:51:24
3樓2010-11-11 23:11:02
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-11-16 13:55:50
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-11-16 13:55:50
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你可以在TK窗口輸入命令：package require solvate 如果有輸出如1.3,那么就說(shuō)明你安裝了solvate這個(gè)plugin.而且solvate -t 3 -n 8 -w ksca solksca 這行命令用該是solvate1.0的用法,因?yàn)樵趍em-tutorial的附屬文件mem-tutorial-files中給出的solkcsa.pdb寫(xiě)明了是1.0的版本,而且你的版本如果是1.3的話(huà),輸入solvate,出來(lái)的usage里面根本沒(méi)有-n 和-w選項(xiàng),所以我懷疑是版本變了,輸入的方式也變了,你可以看一下這個(gè)網(wǎng)站: http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ial-html/node7.html 或者用: select all [atomselect top all] measure minmax $all solvate -t 3 -minmax {上一步的得到的值} -o solkcsa 希望對(duì)你有幫助! |
4樓2010-11-15 19:54:23
5樓2010-11-16 13:18:07
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