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[交流] 【求助】md跑幾百步之后out文件出現(xiàn)NaN（無(wú)報(bào)錯(cuò)）

做了一個(gè)周期性的模擬，一直困擾我的問(wèn)題，wavefunction optimize與geometry optimize都做了，而且都收斂了，為了實(shí)驗(yàn)收斂條件降低了兩三個(gè)數(shù)量級(jí)，為什么跑md時(shí)，跑了200，300步之后總是出現(xiàn)NaN的字樣，這大概是什么問(wèn)題，NaN代表什么？？

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1樓 2010-11-12 10:51:12

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coolrainbow

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xk6891(金幣+2):謝謝專家，哈哈，能給列出一些可能出問(wèn)題項(xiàng)目么 2010-11-12 18:37:07
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-11-13 12:06:05

NaN是IEEE中非數(shù)的意思，表明體系的能量過(guò)高或者某些設(shè)置不合理

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2樓2010-11-12 17:38:41

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baoer3808

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我也遇到的是這個(gè)問(wèn)題

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3樓2010-11-19 09:46:27

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Originally posted by baoer3808 at 2010-11-19 09:46:27:
我也遇到的是這個(gè)問(wèn)題

個(gè)人感覺還是優(yōu)化做的不好或者md的輸入文件寫的不合理，現(xiàn)在我的已經(jīng)不NaN了～～但是結(jié)果還是不合理

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4樓2010-11-19 12:59:14

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我的也不NaN了，可是md過(guò)程中溫度飆升·····

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5樓2010-11-19 18:59:00

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Originally posted by baoer3808 at 2010-11-19 18:59:00:
我的也不NaN了，可是md過(guò)程中溫度飆升·····

快好了加油呵呵我溫度也飆升

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6樓2010-11-19 19:37:42

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hooge

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xk6891(金幣+1): 2010-11-21 15:20:11

選用的是什么系綜阿？溫度是否沒有控制呢

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7樓2010-11-21 14:37:34

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引用回帖:

Originally posted by hooge at 2010-11-21 14:37:34:
選用的是什么系綜阿？溫度是否沒有控制呢

用的是PARRINELLO－RAHMAN的關(guān)鍵詞，msst沖擊加載。找到下面對(duì)應(yīng)的是NPT的系綜，是因?yàn)闇囟葲]有設(shè)定。但是這個(gè)溫度的設(shè)定不能設(shè)為一個(gè)定值吧，應(yīng)該定一個(gè)初始溫度，這樣想對(duì)么？？

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8樓2010-11-21 15:23:47

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引用回帖:

Originally posted by xk6891 at 2010-11-21 15:23:47:

用的是PARRINELLO－RAHMAN的關(guān)鍵詞，msst沖擊加載。找到下面對(duì)應(yīng)的是NPT的系綜，是因?yàn)闇囟葲]有設(shè)定。但是這個(gè)溫度的設(shè)定不能設(shè)為一個(gè)定值吧，應(yīng)該定一個(gè)初始溫度，這樣想對(duì)么？？

系綜的意思就是調(diào)整外界條件阿，所以壓力和溫度都需要設(shè)定的，除非你用nve系綜（等能量），不用調(diào)整，溫度升高是一定的。但是npt溫度不變的，否則不符號(hào)統(tǒng)計(jì)系綜阿。PR好像是調(diào)節(jié)壓力的吧。

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9樓2010-11-22 08:33:05

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zh1987hs(金幣+2):鼓勵(lì)交流 2010-11-22 14:31:45

引用回帖:

Originally posted by hooge at 2010-11-22 08:33:05:

系綜的意思就是調(diào)整外界條件阿，所以壓力和溫度都需要設(shè)定的，除非你用nve系綜（等能量），不用調(diào)整，溫度升高是一定的。但是npt溫度不變的，否則不符號(hào)統(tǒng)計(jì)系綜阿。PR好像是調(diào)節(jié)壓力的吧。

先請(qǐng)教一下這個(gè)NVE系綜，N不用說(shuō)了應(yīng)該是不變的，V這個(gè)應(yīng)該也需要限定吧。還有這個(gè)能量感覺如何設(shè)定啊，這個(gè)不變的能量在input文件中應(yīng)該設(shè)定什么不變�。�
PR后面這個(gè)好像是常壓但是msst技術(shù)應(yīng)當(dāng)是變壓的，稍等我今天再看一看再來(lái)。

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10樓2010-11-22 11:19:23

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引用回帖:

5樓: Originally posted by baoer3808 at 2010-11-19 18:59:00:
我的也不NaN了，可是md過(guò)程中溫度飆升·····

你好大俠，你是怎么處理的，我的也出現(xiàn)NaN，始終不知道怎么解決，想請(qǐng)教一下大俠，謝謝

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11樓2011-12-28 21:20:23

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御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-12-31 17:59:18

多半是數(shù)值溢出。
原因：
1.結(jié)構(gòu)不合理。
2.步長(zhǎng)過(guò)大。
辦法：
1.先做最小化
2.減小步長(zhǎng)
如果還不行，那么你的參數(shù)設(shè)置有問(wèn)題。

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12樓2011-12-29 18:49:53

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