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墮凡塵

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[交流] 【求助】autodock中PDB轉(zhuǎn)pdbqt格式問(wèn)題？

我在sybyl以及處理好受體，但是轉(zhuǎn)換時(shí)總會(huì)出現(xiàn)

error:cannot create the pdbqt file,all atoms do not have an autodock_element field

另外，我在www.pdb.org下載的ER受體pdb格式里面是否都相應(yīng)有一個(gè)配體，我看了論壇里面一些資料，好像都有這個(gè)配體，那個(gè)在準(zhǔn)備對(duì)接中是否也要?jiǎng)h除。

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1樓 2010-11-28 14:20:37

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沒(méi)人知道嗎

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2樓2010-11-30 17:28:16

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墮凡塵(金幣+1):謝謝參與

在使用ADT的時(shí)候把所有原子類(lèi)型轉(zhuǎn)換為 Autdock4的原子類(lèi)型就不會(huì)報(bào)錯(cuò)了！

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3樓2010-12-10 00:46:01

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cxl墻頭草

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★
墮凡塵(金幣+1): 謝謝參與

希望知道具體的“把所有原子類(lèi)型轉(zhuǎn)換為 Autdock4的原子類(lèi)型”的操作步驟。謝謝您的幫助，非常感謝，困惑了我一個(gè)月了

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4樓2012-06-14 22:51:22

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archiehcd

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我也想問(wèn)這個(gè)問(wèn)題的，一直解決不了

[ Last edited by archiehcd on 2012-6-15 at 19:42 ]

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5樓2012-06-15 19:40:55

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6樓2012-06-16 00:06:33

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demitrii

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本帖內(nèi)容被屏蔽

7樓2012-06-21 09:27:45

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說(shuō)話(huà)說(shuō)一半，還不如不回答，如何轉(zhuǎn)換？

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8樓2014-06-24 19:39:57

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1.你在SYBYL里處理好的蛋白，并不能直接在Autodock中對(duì)接使用。在Autodock中蛋白需要重新處理一下，pdbqt的意思是帶坐標(biāo)的形式。也就是說(shuō)，你按照教程，蛋白

處理過(guò)后保存為pdbqt就可以。
2.配體的話(huà)，有的結(jié)晶蛋白里有原始配體，你可以在sybyl中先提取出來(lái)，也可以在Autodock中刪除。當(dāng)然也有沒(méi)有配體的蛋白，這就需要你自己在打盒子的時(shí)候找好活性口袋。
我也是自己按照教程做出來(lái)的。相互學(xué)習(xí)

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9樓2014-06-25 10:56:33

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加氫，除水，加電子之后，輸出，是在下面一行輸出，不是在第一行文件那里另存為。

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10樓2014-07-01 23:40:46

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