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bjwang

鐵桿木蟲 (正式寫手)

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[交流] 【求助】含時(shí)密度泛函計(jì)算金團(tuán)簇的激發(fā)態(tài)輸出出錯(cuò) 已有5人參與

我計(jì)算的是兩個(gè)金原子的二聚體，計(jì)劃利用含時(shí)密度泛函算它激發(fā)態(tài)的能量和振蕩強(qiáng)度（重復(fù)別人的工作練習(xí)gaussian），運(yùn)行后，輸出文件有錯(cuò)誤信息，沒有正常結(jié)束！運(yùn)行在服務(wù)器上的，g09-linux版。
      哪位同學(xué)幫忙看看，可能比較低級(jí)，還望指點(diǎn)一二呀！謝謝！

附輸入文件：

%chk=au2.chk
%rwf=au2.rwf
%mem=2GB
#p pw91/LANL2DZ  td(Triplets,nstates=5)

The TD calc of au2

0  1
Au 0.00 0.00 0.00
Au 2.55 0.00 0.00

附輸出文件如下：

Gaussian 09:  EM64L-G09RevA.01  8-May-2009
            28-Nov-2010
******************************************
%chk=au2.chk
%rwf=au2.rwf
%mem=2GB
--------------------------------------
#p pw91/LANL2DZ td(Triplets,nstates=5)
--------------------------------------
QPErr --- An ambiguous keyword was detected.
#p pw91/LANL2DZ td(Triplets,nstates=5)
'
Last state="DFT"
TCursr=19940 LCursr= 3
Error termination via Lnk1e in /home/bjwang/g09/l1.exe at Sun Nov 28 15:55:44 2010.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

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It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.

1樓 2010-11-28 16:43:25

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lihb734

鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)

站在計(jì)算化學(xué)入門的門檻上

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QPErr --- An ambiguous keyword was detected.
#p pw91/LANL2DZ td(Triplets,nstates=5)
錯(cuò)誤在此，樓主查查手冊(cè)有這個(gè)泛函組合嗎？

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前途光明，出路難覓！

2樓2010-11-28 17:27:00

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bjwang

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我是看文獻(xiàn)上采用的這個(gè)組合的：
“To assess the quality of the method, we calculate the five
lowest excitation energies of gold dimer at the level of PW91
with the LANL2DZ basis set”

我在手冊(cè)上確實(shí)沒見到過這個(gè)組合，但我在網(wǎng)上搜了一下，也有好多人用呀
http://www.google.com.hk/search? ... p;q=pw91%2FLANL2DZ+

pw91是DFT 方法的關(guān)鍵字，Gaussian內(nèi)置的Lanl2dz基組是使用最廣泛的ECP基組之一，廣泛用于包含過渡金屬體系的計(jì)算。

[ Last edited by bjwang on 2010-11-28 at 18:01 ]

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3樓2010-11-28 17:57:46

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qzhaosdu

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lanl2dz 不能直接寫，要gen，pesudo=read...

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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.

4樓2010-11-28 18:15:27

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bjwang

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樓主說的有些麻煩呀，我參考例子test405.com（#p pw91PW91 6-31g(d,p) opt=tight freq test）和例子test588.com（#p pbepbe/lanl2dz opt=(modred,expert) test
），把上面的改為：
#p pw91pw91/LANL2DZ  td(Singlets,nstates=25)
可以正常運(yùn)行了，但結(jié)果和文獻(xiàn)的好像不太一致。

我把一部分結(jié)果貼出來(lái)，還望大家?guī)兔χ更c(diǎn)一二,謝謝！

附計(jì)算結(jié)果：
Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State 1:    Singlet-SGG 2.4542 eV  505.20 nm  f=0.0000  =0.000
   19 -> 20       0.70804
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -270.944678611
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 2:    Singlet-?Sym 2.4692 eV  502.12 nm  f=0.0068  =0.000
   16 -> 20       0.54652
   17 -> 20       0.44957

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 3:    Singlet-?Sym 2.4692 eV  502.12 nm  f=0.0068  =0.000
   16 -> 20       -0.44957
   17 -> 20       0.54652

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 4:    Singlet-?Sym 2.5208 eV  491.85 nm  f=0.0000  =0.000
   15 -> 20       0.70723

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 5:    Singlet-?Sym 2.5208 eV  491.84 nm  f=0.0000  =0.000
   14 -> 20       0.70723

Excited State 6:    Singlet-SGU 2.8115 eV  440.99 nm  f=0.1547  =0.000
   9 -> 20       -0.13683
   18 -> 20       0.69666
Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 7:    Singlet-?Sym 2.8126 eV  440.81 nm  f=0.0000  =0.000
   13 -> 20       0.70718

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 8:    Singlet-?Sym 2.8127 eV  440.80 nm  f=0.0000  =0.000
   12 -> 20       0.70718

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 9:    Singlet-?Sym 3.8587 eV  321.31 nm  f=0.0000  =0.000
   11 -> 20       0.70619

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State  10:    Singlet-?Sym 3.8587 eV  321.31 nm  f=0.0000  =0.000
   10 -> 20       0.70619

Excited State  11:    Singlet-SGU 5.2842 eV  234.63 nm  f=0.0181  =0.000
   9 -> 20       0.47641
   16 -> 21       -0.36704
   17 -> 22       -0.36704

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State  12:    Singlet-?Sym 5.4335 eV  228.19 nm  f=0.0000  =0.000
   19 -> 22       0.68975
symmetry could not be determined.
Excited State  13:    Singlet-?Sym 5.4335 eV  228.19 nm  f=0.0000  =0.000
   19 -> 21       0.68975

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State  14:    Singlet-?Sym 5.4625 eV  226.98 nm  f=0.0000  =0.000
   16 -> 21       0.49989
   17 -> 22       -0.49989

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State  15:    Singlet-?Sym 5.4625 eV  226.97 nm  f=0.0000  =0.000
   16 -> 22       0.49989
   17 -> 21       0.49989

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State  16:    Singlet-?Sym 5.4661 eV  226.82 nm  f=0.0000  =0.000
   16 -> 22       -0.50000
   17 -> 21       0.50000

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State  17:    Singlet-?Sym 5.6570 eV  219.17 nm  f=0.0000  =0.000
   14 -> 22       -0.49989
   15 -> 21       0.50005

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State  18:    Singlet-?Sym 5.6570 eV  219.17 nm  f=0.0000  =0.000
   14 -> 21       0.49989
   15 -> 22       0.50005

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State  19:    Singlet-?Sym 5.7361 eV  216.15 nm  f=0.1459  =0.000
   12 -> 22       -0.26016
   13 -> 21       -0.26020
   18 -> 21       0.53933
   18 -> 22       -0.20694

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State  20:    Singlet-?Sym 5.7361 eV  216.15 nm  f=0.1459  =0.000
   12 -> 21       -0.26016

.................................................................

文獻(xiàn)上給的五個(gè)最低的the energies of excited states 分別為：2.47,2.82，3.87，
5.28,5.74。振子強(qiáng)度分別為：0.01,0.15,0.00,0.02,0.15

   看結(jié)果里面第2激發(fā)態(tài)（激發(fā)能2.469，振子強(qiáng)度0.0068）；
                                       6（2.8115,0.1547）；
                                    9（3.8587,0.000）；
                                       11（5.2842,0.118）；
                                       19（5.7361,0.1459）。
這五個(gè)無(wú)論是能量還是強(qiáng)度和文獻(xiàn)上的基本完全符合，但是文獻(xiàn)上說是五個(gè)最低的the energies of excited states，這是里面跳出來(lái)的，還有更低的，算法有問題還是結(jié)果分析有問題呢？

現(xiàn)在我還有點(diǎn)疑惑就是文獻(xiàn)上的the energies of excited states和計(jì)算輸出中的Excitation energies 是一樣的嗎？激發(fā)態(tài)的能量和激發(fā)能量？感覺激發(fā)態(tài)的能量應(yīng)該等于基態(tài)的能量加上激發(fā)能量，還望各位兄弟給予指導(dǎo)呀��！

[ Last edited by bjwang on 2010-11-29 at 11:25 ]

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5樓2010-11-28 20:59:57

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renxingye

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#p pw91/LANL2DZ td(Triplets,nstates=5)
--------------------------------------
QPErr --- An ambiguous keyword was detected.
#p pw91/LANL2DZ td(Triplets,nstates=5)
'
輸出文件已經(jīng)告訴你錯(cuò)在哪里

' 前面的部分就是出錯(cuò)的地方。

Lanldz 不是這樣用的

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6樓2010-11-29 13:04:06

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bjwang

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謝謝兄弟回復(fù)，我是參考test588練習(xí)寫的：
#p pbepbe/lanl2dz opt=(modred,expert) test

Gaussian Test Job 588:
Al 2D lattice

0,1
Al,0,-1.0562022822,-1.0562022822,0.
Al,0,1.0562022822,1.0562022822,0.
-2,0,4.2245914921,0.,0.
-2,0,0.,4.2245914921,0.

* * * * K

正確的寫法是這樣嗎？
#p pw91/Genecp pseudo=read td(Triplets,nstates=5)

The TD calc of au2

0 1
Au 0.00 0.00 0.00
Au 2.55 0.00 0.00

Au 0
Lanl2DZ
****

Au 0
Lanl2DZ

但是有人說如果所有的分子都是LANL2DZ 的話，直接就用LANL2DZ 關(guān)鍵字就好了 http://www.mdbbs.org/archiver/tid-10319.html

這兩種寫法有區(qū)別嗎？還是我那種寫法就不對(duì)？
謝謝，才開始看高斯，好多地方不懂，麻煩大家了！

[ Last edited by bjwang on 2010-11-29 at 13:54 ]

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7樓2010-11-29 13:34:02

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問題不在LanL2DZ的寫法是否正確，而是出在PW91上。因?yàn)镻W91既可以指交換泛函也可以指相關(guān)泛函，故單獨(dú)寫PW91含義不明確。而PW91PW91的含義是明確的，即交換和相關(guān)均為PW91。

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Nothing_Is_Impossible!

8樓2010-11-29 14:13:15

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關(guān)于pw91的問題，我看手冊(cè)也知道了交換泛函和相關(guān)泛函的結(jié)合使用。
但是如果這些都正確的話（#p pw91pw91/LANL2DZ td(Singlets,nstates=25)

兄弟能否幫忙解釋一下5樓的相關(guān)問題，我是按照文獻(xiàn)的參數(shù)設(shè)置的，但結(jié)果差別比較大呀，原因有可能出在哪？能否解釋或指點(diǎn)一下，謝謝！

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9樓2010-11-29 15:17:53

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