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[交流] 【求助】單晶測不出來，如何畫晶體結構

本人做了一個MOF晶體，但是晶體內(nèi)可能含有一些溶劑，做了XRD，但是單晶解析不完全，只能解出一些比較重的元素
我想通過高斯計算下我這個結構的穩(wěn)定結構，但是沒有坐標數(shù)據(jù)，請問如何用軟件畫出我的分子（晶體）結構
目前有一些類似的MOF，我的結構和已有的有些類似，所以猜測了一個結構，求助如何能畫出

主要是想知道如何畫結構，得到對稱性很好的晶體結構的坐標數(shù)據(jù)
沒人知道嗎？能幫忙的，另送100金幣~~

[ Last edited by boylc789 on 2010-12-1 at 10:49 ]

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1樓 2010-11-29 16:44:22

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hjh509

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單晶解析不完全？是晶體本身不好還是？如果是那樣的話，可以再培養(yǎng)單晶，在低溫下測試數(shù)據(jù)試試！祝好運！

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2樓2010-11-29 17:55:39

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秦淶

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那樣好嗎，不會被人認為造假嗎，你的晶體就不能培養(yǎng)成能夠符合XRD的嗎

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3樓2010-11-29 17:56:21

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Originally posted by hjh509 at 2010-11-29 17:55:39:
單晶解析不完全？是晶體本身不好還是？如果是那樣的話，可以再培養(yǎng)單晶，在低溫下測試數(shù)據(jù)試試！祝好運！

是因為mof晶體大孔中可能有溶劑，所以只有金屬結點等重元素能借出來，而配體解不出來
所以猜了個結構（這個有類似的合成出來），想優(yōu)化下看看穩(wěn)不穩(wěn)定

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4樓2010-11-30 09:18:10

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Originally posted by 秦淶 at 2010-11-29 17:56:21:
那樣好嗎，不會被人認為造假嗎，你的晶體就不能培養(yǎng)成能夠符合XRD的嗎

我不是做實驗的，師兄的結構就說只能解析出30%左右，所以想用這個試試

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5樓2010-11-30 09:23:20

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lanmao20

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呃，是否可以采用元素等方法定出溶劑呢？

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6樓2010-11-30 16:01:58

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guochi

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這樣子不好吧！就算那樣子可以，那么結果也還是不可靠嘛，所以還是在培養(yǎng)新的，并可用于X-射線單晶衍射分析的單晶樣品吧！

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7樓2010-11-30 17:26:02

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Originally posted by lanmao20 at 2010-11-30 16:01:58:
呃，是否可以采用元素等方法定出溶劑呢？

單晶解析我不是很明白，不過你說的這個方法是定量吧，我要的是原子坐標

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9樓2010-11-30 23:09:01

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Originally posted by guochi at 2010-11-30 17:26:02:
這樣子不好吧！就算那樣子可以，那么結果也還是不可靠嘛，所以還是在培養(yǎng)新的，并可用于X-射線單晶衍射分析的單晶樣品吧！

猜測是溶解除不出來造成的，所以想看看沒有溶劑的會不會大孔坍塌

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10樓2010-11-30 23:10:33

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guochi

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Originally posted by boylc789 at 2010-11-30 23:10:33:

猜測是溶解除不出來造成的，所以想看看沒有溶劑的會不會大孔坍塌

哦，這樣子啊！樓主加油啊，祝一切順利。。。。

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11樓2010-12-01 08:42:15

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lanmao20

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boylc789(金幣+2):謝謝回答 2010-12-02 19:29:06

當你已經(jīng)能夠確定分子式之后（做完元素分析之后），你不就可以使用platon命令去掉溶劑分子嗎？你所謂的定原子坐標是什么意思？你很關心溶劑分子？最起碼這個數(shù)據(jù)應該可以在解析的時候可以看到有溶劑分子團，但是可能無法準確定出相應原子才對。。這樣才有討論下去的意義。。。

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12樓2010-12-02 15:16:00

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Originally posted by lanmao20 at 2010-12-02 15:16:00:
當你已經(jīng)能夠確定分子式之后（做完元素分析之后），你不就可以使用platon命令去掉溶劑分子嗎？你所謂的定原子坐標是什么意思？你很關心溶劑分子？最起碼這個數(shù)據(jù)應該可以在解析的時候可以看到有溶劑分子團，但是可 ...

我這個是空洞太大，溶劑分子太多所以對測單晶有影響，但是測單晶時還必須不能除去溶劑分子，我就是想在空間畫出我的晶體結構
不知道如何畫，分子式知道，空間形狀大概也知道，因為有報道類似的，就是按照文獻的方法合成的

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13樓2010-12-02 19:32:11

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yurenan

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boylc789(金幣+1):晶胞尺寸能得到，就是到不到一些輕元素的位置坐標 2010-12-04 17:04:14

做電子衍射花樣圖譜，單晶的花樣圖譜為斑點花樣，可直接測出晶包尺寸

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14樓2010-12-04 16:58:00

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britney9938

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boylc789(金幣+5):謝謝交流，能否說的更具體一點 2010-12-05 16:09:02

試試用另一種不溶解晶體的溶劑，置換原來反應中殘留的溶劑。
具體方法是把晶體靜置浸泡在置換溶劑中，三天，每天換一次新溶劑，
然后過慮，烘干后，再打XRD

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15樓2010-12-04 23:55:01

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Originally posted by britney9938 at 2010-12-04 23:55:01:
試試用另一種不溶解晶體的溶劑，置換原來反應中殘留的溶劑。
具體方法是把晶體靜置浸泡在置換溶劑中，三天，每天換一次新溶劑，
然后過慮，烘干后，再打XRD

謝謝你的回答，因為我沒測過XRD，師兄說測XRD時必須要有溶劑，要不也測不出來，就是不能把晶體內(nèi)的溶劑除去，根據(jù)經(jīng)驗，這個是因為孔太大，孔內(nèi)的溶劑干擾所致，只能解出30%-40%

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16樓2010-12-05 16:11:16

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