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【求助】較大分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化問題
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自己合成的一個(gè)枝狀物大分子，是把六個(gè)染料通過一個(gè)中心核連接在一起，總共有470個(gè)原子（C,H,O,N,S）�，F(xiàn)在想對(duì)其進(jìn)行簡(jiǎn)單的結(jié)構(gòu)優(yōu)化，以評(píng)估其空間構(gòu)象。 在chem3D忠進(jìn)行MM2優(yōu)化，總是顯示說Iteration 25: Minimization terminated in error because of repeated or severe errors from the line search。 在gaussian09中分別進(jìn)行AM1優(yōu)化和PM6優(yōu)化，在計(jì)算過程中總是出錯(cuò)，說是不能收斂。打開out文件總是顯示有兩個(gè)染料基團(tuán)的尾部繞在一起成一團(tuán)了。本來預(yù)期的結(jié)果應(yīng)該是在空間中分的很開的。我用chem3D建的輸入文件，還特意把結(jié)構(gòu)調(diào)整的看起來合理一些，但幾次都是出現(xiàn)同樣的問題。 請(qǐng)問，對(duì)于這種幾百個(gè)原子的大分子有沒有什么好的優(yōu)化方法？我的要求也不是很高，只是需要一個(gè)三維的空間分布圖。一篇文章需要補(bǔ)上一個(gè)構(gòu)型圖。 怎么去避免在這兩種半經(jīng)驗(yàn)方法中本應(yīng)該離得很遠(yuǎn)的兩個(gè)基團(tuán)結(jié)在一起而導(dǎo)致計(jì)算終止的問題？ 非常感謝。 |
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小紅豆(金幣+5):感謝參與交流，常來哦。 2010-12-01 08:36:42
heyo_123(金幣+1):鼓勵(lì)交流！ 2010-12-01 08:49:42
zhugezilong(金幣+5):謝謝指導(dǎo) 2010-12-02 04:35:28
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zhugezilong(金幣+5):謝謝指導(dǎo) 2010-12-02 04:35:28
| 很可能是因?yàn)槟愕姆肿犹�，可能的�?gòu)象太多，且初始結(jié)構(gòu)又遠(yuǎn)離最優(yōu)結(jié)構(gòu)所致。一種可能的解決辦法是：先把分子分成幾個(gè)小的片段（切斷處補(bǔ)氫）分別進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化；再將片段分子兩兩組合(去掉前面所加的氫原子)，進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化。最后合成一個(gè)大分子，再優(yōu)化一次。如果你有足夠的經(jīng)驗(yàn)，按這種方法可以很快找到最優(yōu)結(jié)構(gòu)，并可避免所述問題。 |
2樓2010-12-01 08:11:13
3樓2010-12-01 20:17:48
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