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【討論】請教大家?guī)讉�問題，一直理解不透
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我想模擬不同溫度下ｃｕ 的密度，應(yīng)該怎么辦？ １、邊界條件都模擬成 p p p？ 如果那樣的話，模擬的box大小是不變的，盒子里的原子個數(shù)也是不變的，那密度就應(yīng)該沒什么變化。 2、 這個跟熔化是一樣的，但我看見他們用的也是 p p p 3、設(shè)成周期性邊界后，應(yīng)該說一個原子超出了一邊的邊界后就會從另一邊進入box，怎么還會lost atom？怎么理解？ 4、我設(shè)的 dump 1 all xyz 5 c100.xyz 怎么運行中出現(xiàn)了 ERROR: Atom IDs must be consecutive for dump xyz 什么原因？ 5、在并行計算的時候，怎么知道一個任務(wù)適合多少個核才運行最好最有效率？？ 6、怎么設(shè)置才能在丟失原子的情況下，能正常運行完模擬的步數(shù)。 用 thermo_modify lost ignor ?? 那有的也用了 flush yes 這個flush 有什么用，看說明沒看明白 |
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黃隨便(金幣+4): 2010-12-06 09:46:41
ghcacj(金幣+10):謝謝 2010-12-06 12:10:00
黃隨便(金幣+4): 2010-12-06 09:46:41
ghcacj(金幣+10):謝謝 2010-12-06 12:10:00
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字里行間..... 我想模擬不同溫度下ｃｕ 的密度，應(yīng)該怎么辦？ １、邊界條件都模擬成 p p p？ 如果那樣的話，模擬的box大小是不變的，盒子里的原子個數(shù)也是不變的，那密度就應(yīng)該沒什么變化。 盒子的大小, 盒子里面原子數(shù)目的多少與你的周期性邊界條件不沖突的. 盒子是不是可變, 最終模擬盒子里面的原子數(shù)目有多少, 和你的系綜有關(guān). 2、 這個跟熔化是一樣的，但我看見他們用的也是 p p p 同(1), 這個不矛盾. 3、設(shè)成周期性邊界后，應(yīng)該說一個原子超出了一邊的邊界后就會從另一邊進入box，怎么還會lost atom？怎么理解？ 如果你的timestep設(shè)置得不合適, 或者溫度,壓力的控制方法不合適, 那么這個是可能的. 4、我設(shè)的 dump 1 all xyz 5 c100.xyz 怎么運行中出現(xiàn)了 ERROR: Atom IDs must be consecutive for dump xyz 什么原因？ 這個也是和參數(shù)有關(guān), 我也遇到過這個問題. 如果你用NVT, 嘗試調(diào)節(jié) Tdamp這個參數(shù). 將那個參數(shù)調(diào)小一些. 5、在并行計算的時候，怎么知道一個任務(wù)適合多少個核才運行最好最有效率？？ 這就是為什么有這個單詞: benchmark. 在你自己的機器上, 你需要自己找到這個最優(yōu)并行效率. 6、怎么設(shè)置才能在丟失原子的情況下，能正常運行完模擬的步數(shù)。 用 thermo_modify lost ignor ?? 那有的也用了 flush yes 這個flush 有什么用，看說明沒看明白 丟失原子, 本來就不是很合理了. 還是盡量解決丟失的問題吧. 至于flush, 手冊上說得很明白, 很直白了. "The flush keyword invokes a flush operation after thermodynamic info is written to the log file. This insures the output in that file is current (no buffering by the OS), even if LAMMPS halts before the simulation completes." |
2樓2010-12-05 03:17:57
3樓2010-12-06 09:53:11
4樓2010-12-06 10:27:28
5樓2010-12-06 10:28:34
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