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[交流]
【討論】生成立方水體前后中心位置有變化,什么原因??謝謝 已有2人參與
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在生成立方水體前后發(fā)現(xiàn)體系的中心位置有變化,是不是加水后在蛋白質(zhì)內(nèi)部有的地方水加的不合理啊?? package require solvate solvate 1kimz.psf 1kimz.pdb -t 8 -o 1kimz_wb 生成立方體前如圖: ![]() 生成立方水體后: |
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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自己頂后,自己回答: 貼子中的差別不大且是正常的,因?yàn)榧铀笆堑鞍椎模铀笫撬凶拥,所以有差別。另外,我這個(gè)蛋白是二聚體,一開始我以為是因?yàn)榧铀螅械目涨徊辉摷铀乃舆M(jìn)去了,一開始一位是這個(gè)原因造成的,后來經(jīng)別人提醒才想到,水是游離的,即使加水時(shí)在某個(gè)空腔不加水,加水后水分子也會(huì)游離進(jìn)去的,除非在特別的位置加結(jié)晶水。這又是一個(gè)問題啊,自己根本沒想到過還有加結(jié)晶水這一回事。學(xué)要努力學(xué)習(xí)啊 |
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