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dagonghong新蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】towhee_template 已有1人參與
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我知道一個(gè)離子液體的分子的坐標(biāo)，想用towhee_template做輸入文件。大家能不能幫忙看一下towhee_template的格式呢？說明書中沒有怎么介紹，我在example中看到compass_methanol中有一個(gè)，格式如下： methanol for compass from david at accelrys 3.885679583 0.656627250 -8.424467283 c4o C 0.001 3.825948769 1.695271615 -8.074693836 h1 H 0.053 3.365162009 0.582682775 -9.394534597 h1 H 0.053 3.379610623 0.008917560 -7.688418725 h1 H 0.053 5.260310973 0.337051867 -8.543473123 o2h O -0.580 5.306500476 -0.563325617 -8.846176523 h1o H 0.420 我照著寫了一個(gè)，前三列為坐標(biāo)，第四列為在力場(chǎng)中的名字，第五列為元素名稱，第六列為電荷。 但是總說格式錯(cuò)誤。 后來我覺得應(yīng)該和towhee_coords文件格式相同，就將分子坐標(biāo)寫成xyz文件，并用utils中fortran程序轉(zhuǎn)化，該程序并沒有直接轉(zhuǎn)化為towhee_coords文件，而是轉(zhuǎn)化成可一系列的坐標(biāo)文件. 這些文件只是給出了轉(zhuǎn)化后的坐標(biāo)。請(qǐng)問怎么才能得到towhee_coords文件中除了三列坐標(biāo)外，其他的后兩列的東西呢？ |
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2樓2010-12-17 14:27:12
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