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paladinlee

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[交流] 【求助】dlpoly算CO2 已有4人參與

現(xiàn)在用dlpoly算CO2，我用類似水的模型，不過(guò)角度為180.類似水的sample里Constrain C-O，C-O，O-O。出現(xiàn)error105：shake algorithm failed to converage。
請(qǐng)問(wèn)怎么解決？或者誰(shuí)有更好的模型。
field文件如下：
UNITS K
MOLECULES       1
CO2
NUMMOLS    4000
ATOMS    3
C       12.01115    0.5888
O1       15.9994    -0.2944
O1       15.9994    -0.2944
CONSTRAINTS  3
1    2    1.163
1    3    1.163
2    3    2.326
FINISH
VDW    3
O1    O1    lj  82.656 3.000
C    C    lj  28.845 2.7918
C    O1    lj  48.8284  2.8959
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1樓 2010-12-17 14:49:55

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zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-12-17 19:53:34

由于你鍵長(zhǎng)鍵角都固定了，可以使用rigid body，不需要使用constraint。具體設(shè)置可以查看說(shuō)明書(shū)。
出現(xiàn)error 105，一般是時(shí)間步長(zhǎng)設(shè)置太大了，可以減小時(shí)間步試試。

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2樓2010-12-17 16:50:02

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paladinlee

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改小了試算，還是有問(wèn)題，我感覺(jué)是CO2力場(chǎng)模型的問(wèn)題。O-O鍵該怎么考慮？

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我是胖人，不是粗人

3樓2010-12-18 09:39:43

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ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-12-18 20:34:52

限制O-O 鍵的目的是為了固定O-C-O鍵

把
CONSTRAINTS  3
1    2    1.163
1    3    1.163
2    3    2.326
換成
rigid 1
3 1 2 3
試試
不解釋，含義自己看說(shuō)明書(shū)

[ Last edited by 043114076 on 2010-12-18 at 15:18 ]

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4樓2010-12-18 15:16:33

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謝謝！
我現(xiàn)在用angle固定O-O180度。CONSTRAINT C-O鍵，已經(jīng)算了一半了...
我先看看結(jié)果吧~

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我是胖人，不是粗人

5樓2010-12-19 10:35:37

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ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-02-05 20:46:34

據(jù)developer說(shuō)，CO2沒(méi)法做rigid的constraint 因?yàn)槭莑inear。。。設(shè)置constraint的時(shí)候總會(huì)出問(wèn)題。。。我明天再去確認(rèn)一下。。。。

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由于詭異的原因msn偶爾上不去，由于眾所周知的原因qq基本不登陸，私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是個(gè)很好很和諧的論壇*/

6樓2011-02-04 06:01:26

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這確實(shí)是個(gè)問(wèn)題，我用angle算的誤差太大，rigid算的時(shí)間長(zhǎng)的令人無(wú)法接受。

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7樓2011-02-04 07:38:31

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御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-04-19 22:31:44

如果使用CONSTRAINTS的話，最好先跑一個(gè)僅含本體CO2的MD模擬來(lái)優(yōu)化一下CO2的結(jié)構(gòu)
將優(yōu)化后的CO2分子插入到材料跑MD時(shí)，就不會(huì)再出shake的錯(cuò)誤

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8樓2011-04-19 21:03:45

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