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[交流] 【求助】CIF中怎么樣產(chǎn)生氫鍵

我解結(jié)構(gòu)時(shí)在lst文件中有氫鍵，但是我的CIF中沒(méi)有氫鍵的列表，發(fā)文章應(yīng)該要這個(gè)數(shù)據(jù)吧。我想問(wèn)問(wèn)怎么樣在CIF文件中產(chǎn)生氫鍵列表。謝謝各位蟲(chóng)友。

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1樓 2010-12-17 17:45:47

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cluster8676

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2樓2010-12-18 00:46:50

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倚門(mén)回首(金幣+3): 2010-12-18 20:23:51

引用回帖:

Originally posted by 倚門(mén)回首 at 2010-12-17 17:45:47:
我解結(jié)構(gòu)時(shí)在lst文件中有氫鍵，但是我的CIF中沒(méi)有氫鍵的列表，發(fā)文章應(yīng)該要這個(gè)數(shù)據(jù)吧。我想問(wèn)問(wèn)怎么樣在CIF文件中產(chǎn)生氫鍵列表。謝謝各位蟲(chóng)友。

你確定做氫鍵了嗎？
INS中加htab 精修，到lst文件中找到氫鍵表抄到INS中，格式是：
htab  A1  A2
（A1是給體，A2是受體，若有對(duì)稱(chēng)操作，則為：
eqiv  $1 .......
htab A1  A2_$1)
還有就是你做xcif的時(shí)候是否選上氫鍵表？

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3樓2010-12-18 08:29:49

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我在lst文件中

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A)
O4-H4B       0.840 1.975 150.13 2.736 O2 [ x, -y+1/2, z-1/2 ]
O4-H4B       0.840 3.118 132.66 3.739 Br1 [ x, -y+1/2, z-1/2 ]

O4-H4B2       0.885 2.510 166.70 3.378 Br1 [ -x+1, y+1/2, -z+1/2 ]

我在ins中加上了
htab O4 Br1
htab O4 O2_$1
eqiv $1 x -1/2-Y -1/2+Z
精修以后，在lst中有了
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H       H...A       D...A       <(DHA)

** No suitable H-bond found for O4...Br1 = 3.190(4) A **
** No suitable H-bond found for O4...O2_$1 = 12.189(6) A **
這是怎么回事，

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4樓2010-12-18 20:22:06

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倚門(mén)回首(金幣+2): 2010-12-19 08:55:51

引用回帖:

Originally posted by 倚門(mén)回首 at 2010-12-18 20:22:06:
我在lst文件中

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A)
O4-H4B       0.840 1.975 1 ...

寫(xiě)的格式對(duì)了嗎？寫(xiě)操作碼時(shí)候別寫(xiě)錯(cuò)了，而且不帶中括號(hào)！你那個(gè)Br1怎么沒(méi)帶_$..呢！
感覺(jué)這些距離應(yīng)該都還可以的！

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5樓2010-12-18 21:57:28

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fanghua3062

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倚門(mén)回首(金幣+2): 2010-12-19 08:56:04

到ins文件中加入
eqiv $2 x, -y+1/2, z-1/2
eqiv $3 -x+1, y+1/2, -z+1/2
htab O4 Br1_$2
htab O4 Br1_$3
試一下。

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6樓2010-12-18 22:36:58

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