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【求助】基于藥效團(tuán)的分子疊合
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大家好： 求助個(gè)問題，最近在學(xué)習(xí)用sybyl 做藥效團(tuán)模型。 做法：在pharmacophore Alignment --GASP打開對(duì)話框，Run Name處輸入名字，在input區(qū)域，選擇SLN文件作為分子結(jié)構(gòu)的來源，在【。。�！刻幰斎�*.hts，請(qǐng)問這的hts文件時(shí)怎么得到的？ 另外，我看有人做基于藥效團(tuán)的分子疊合，然后再做CoMFA研究，請(qǐng)問怎樣利用藥效團(tuán)的結(jié)果進(jìn)行分子疊合？ |
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2樓2010-12-19 10:54:27
3樓2010-12-19 12:50:38
4樓2010-12-19 12:50:57
5樓2010-12-19 18:12:48
6樓2010-12-19 18:13:39
7樓2010-12-19 18:15:11
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您說的用做出來的藥效團(tuán)疊合是什么意思��？我知道如果有共同骨架，就可以基于骨架疊合，或者有對(duì)接結(jié)果，也可以讀入對(duì)接構(gòu)象疊合，然后再做CoMFA/CoMSIA分析，這方面的也做過一些。但就是您說的基于藥效團(tuán)疊合有點(diǎn)模糊。這個(gè)疊合方法怎么操作？給個(gè)具體的建議吧。 還有基于藥效團(tuán)分析還要區(qū)分training set 和test set 么？我知道CoMFA方法時(shí)候可以利用統(tǒng)計(jì)的方法來劃分的，這里我不知道怎么做。 最后一個(gè)問題，做藥效團(tuán)分子怎么選?用整個(gè)的training set分子還是取其中的一部分��？ |
8樓2010-12-20 08:41:44
11樓2010-12-20 09:07:31
★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-12-20 14:56:03
ghcacj(金幣+4):謝謝 2010-12-20 14:56:03
|
個(gè)人看法，如果有不對(duì)的地方請(qǐng)大家指正。藥效團(tuán)做的不多，檢驗(yàn)藥效團(tuán)是可以用富集率，就是把數(shù)個(gè)已知有活性的compound比如說10個(gè)，和許多，比如說990個(gè)隨機(jī)挑選的化合物（可用用ZINC庫(kù)）放在一起，用藥效團(tuán)預(yù)測(cè)。具體的基于藥效團(tuán)的疊合沒有做過，但應(yīng)該是，先將其他化合物導(dǎo)入藥效團(tuán)模型進(jìn)行預(yù)測(cè)，軟件會(huì)自動(dòng)搜索最佳構(gòu)象，把這些最佳構(gòu)象導(dǎo)入一個(gè)database中應(yīng)該就可以。不過基于藥效團(tuán)或?qū)拥腃oMFA結(jié)果經(jīng)常不好，需要很多人工調(diào)整。。。。 |
12樓2010-12-20 09:45:39
caixin5120 
木蟲 (正式寫手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 46 (小學(xué)生)
- 金幣: 5.9
- 帖子: 483
- 在線: 158.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 576460
13樓2010-12-24 15:28:32
★
sijifengsd(金幣+5):謝謝參與
sijifengsd(金幣+5):謝謝參與
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
15樓2010-12-24 15:32:40
16樓2011-09-05 19:57:01
18樓2013-02-27 12:48:36
簡(jiǎn)單回復(fù)
lhx005559樓
2010-12-20 09:02
回復(fù)
sijifengsd(金幣+5):謝謝參與
祝福祝福
lhx0055510樓
2010-12-20 09:03
回復(fù)
sijifengsd(金幣+5):謝謝參與
祝福祝福
zoujin12914樓
2010-12-24 15:32
回復(fù)
sijifengsd(金幣+5):謝謝參與
祝福祝福。。。
joy1117樓
2013-02-24 08:56
回復(fù)
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