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lchunmei001木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
【求助】gulp中改變溫度，晶格常數(shù)沒(méi)變？
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1.請(qǐng)教一下大家：我在gulp輸入文件中改變溫度，為什么相應(yīng)的晶格常數(shù)沒(méi)有變化？ 輸入文件如下： conp opti prop comp cell 4.000000 4.000000 4.000000 90.000000 90.000000 90.000000 fractional 4 Ni core 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.0000000 0.5000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.5000000 0.0000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.5000000 0.5000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000 species Ni core 0.000 pressure 0.0 temperature 300.0 manybody Ni core Ni core 0.0 12.0 eam_functional square_root Ni core 1.000 eam_density power 6 Ni core 729.6928296 lennard 9 6 Ni core Ni core 1303.09841 0.0 0.0 12.0 dump example17.grs 發(fā)現(xiàn)temperature隨便改為多少，得到的晶格常數(shù)都沒(méi)變？望高手指點(diǎn)指點(diǎn)。我是新手，所以很多不明白！謝謝大家！ 2.跑MD是出現(xiàn)以下錯(cuò)誤，不知調(diào)哪些參數(shù)可以解決，試調(diào)整了MD相關(guān)參數(shù)，還是有此錯(cuò)誤！ !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !! ERROR : temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! |
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 天地靈氣，日月精華 | gulp |
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+10, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-02-24 13:33:37
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ghcacj(金幣+10, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-02-24 13:33:37
你好。昨晚我用你的輸入文件作了測(cè)試，好像確實(shí)有問(wèn)題。我另?yè)Q了Johnson勢(shì)函數(shù)，也改過(guò)幾次控溫參數(shù)，均發(fā)現(xiàn)有問(wèn)題，有時(shí)候是溫度，有時(shí)候是壓力。但這樣的問(wèn)題對(duì)于晶體的模擬是不該出現(xiàn)的，我一時(shí)也看不出是程序有Bug還是輸入有問(wèn)題。 你用的Sutton-Chen勢(shì)太長(zhǎng)了，運(yùn)行很慢，我沒(méi)有時(shí)間繼續(xù)測(cè)試下去，我建議在找到問(wèn)題癥結(jié)之前，你先把Gulp程序中的mxmdtemp參數(shù)增大，在initial.f90中找到 rmdmaxtemp = 100.0_dp， 把100改為1000，這樣容錯(cuò)性就好一些。注意改后要重新編譯生成新的可執(zhí)行文件。 但如果這樣還是有問(wèn)題，那就真的是不好辦了。另外，請(qǐng)你打開(kāi)mdprop.f90這個(gè)文件，找到大約127行處，有如下代碼： if (tempratio.gt.rmdmaxtemp) then call outerror('temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp',0_i4) call gulpfinish endif 你還可以在call gulpfinish 這一句之前（即call outerror這一句之后），添加如下代碼： write(ioout,'('' ** Time : '',f18.5,'' ps :'')') nsteps*tstep(ncf) write(ioout,*) 'temperature, targettemperature, tempratio:' write(ioout,*) temperature, targettemperature, tempratio 改后要重新編譯。這個(gè)是在出錯(cuò)的時(shí)候輸出錯(cuò)在什么地方。這一句對(duì)改錯(cuò)是沒(méi)什么用的，只是弄明白錯(cuò)的程度有多大，如果輸出的tempratio不是特別大（比如你前面設(shè)的rmdmaxtemp是1000，這里 輸出的tempratio是1020）你就可以再加大rmdmaxtemp，比如設(shè)成1200之類(lèi)，如果tempratio大得很，比如2000，3000之類(lèi)，你就沒(méi)有必要再搞了，肯定問(wèn)題很大。 再一個(gè)你的輸入文件太麻煩了。對(duì)FCC金屬，可以這樣寫(xiě)： nosy cart md conp cell 4.09 4.09 4.09 90.000000 90.000000 90.000000 frac Ag 0.0 0.0 0.0 Ag 0.5 0.0 0.5 Ag 0.5 0.5 0.0 Ag 0.0 0.5 0.5 supercell 7 7 7 libr suttonchen 下面就是pressure=0這些，是你的MD控制參數(shù)。 這樣你換其它FCC體系也容易，只要改晶格參數(shù)、元素名就可以了。suttonchen勢(shì)是在Gulp的勢(shì)函數(shù)庫(kù)當(dāng)中的。用的時(shí)候把Libraries中的suttonchen.lib拷到當(dāng)前運(yùn)行目錄下。用7*7*7的晶格也太大了，大概256或500個(gè)，對(duì)于晶格優(yōu)化也就差不多了，864也可以。時(shí)間步數(shù)大概0.001ps就夠了。你對(duì)金屬Ag，應(yīng)該在熔點(diǎn)以下運(yùn)行，溫度不要太高。 當(dāng)然輸入文件的寫(xiě)入是小事，關(guān)鍵還是溫度控不住的情況比較煩人。而且一般是突然發(fā)生的錯(cuò)誤。實(shí)在不行你可以給程序作者發(fā)Email，說(shuō)說(shuō)這個(gè)問(wèn)題，這個(gè)作者Julian Gale是個(gè)很好、很有耐心的人。要不就換DLPOLY做MD吧，DLPOLY計(jì)算MD專(zhuān)業(yè)一點(diǎn)。呵呵呵。 |
18樓2011-02-23 09:18:46
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6樓2011-01-07 19:11:23
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我試了用MD，改變溫度有影響，但出現(xiàn)上面第二個(gè)錯(cuò)誤，即： !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !! ERROR : temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 要不就是： !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !! ERROR : volume has exceeded maximum allowed set by mdmaxvolume !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 動(dòng)力學(xué)跑不完，還請(qǐng)指教！ [ Last edited by lchunmei001 on 2011-1-7 at 20:32 ] |
7樓2011-01-07 19:18:19
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8樓2011-01-08 11:00:32
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再請(qǐng)教老虎大王：我也按你上面說(shuō)的，增加體系的原子數(shù)（1300多個(gè)）或減小時(shí)間步長(zhǎng)，在低溫下確實(shí)可以解決上面出現(xiàn)的兩個(gè)錯(cuò)誤，但溫度稍微高些（如1500K以上），又出現(xiàn)以下錯(cuò)誤。 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !! ERROR : temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 動(dòng)力學(xué)跑不完。還請(qǐng)?jiān)僦更c(diǎn)指點(diǎn)，謝謝！ |
9樓2011-02-17 10:49:47
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省那些坐標(biāo)干什么？保密么？16樓2011-02-22 17:06:09
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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-25 11:26:27
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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-02-25 11:26:27
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用準(zhǔn)簡(jiǎn)諧近似（QHA）的方法考慮溫度效應(yīng)，注意溫度不要達(dá)到1/2熔點(diǎn)，不然非諧效應(yīng)主導(dǎo)，用準(zhǔn)簡(jiǎn)諧近似無(wú)法算準(zhǔn)： conp free prop comp cell 4.000000 4.000000 4.000000 90.000000 90.000000 90.000000 fractional 4 Ni core 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.0000000 0.5000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.5000000 0.0000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.5000000 0.5000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000 species Ni core 0.000 pressure 0.0 temperature 300.0 shrink 10 10 10 manybody Ni core Ni core 0.0 12.0 eam_functional square_root Ni core 1.000 eam_density power 6 Ni core 729.6928296 lennard 9 6 Ni core Ni core 1303.09841 0.0 0.0 12.0 dump example17.grs |
21樓2014-02-25 06:02:40
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25樓2014-03-05 19:47:58
jiafeimao236
銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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26樓2014-03-05 22:51:33
老虎大王
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27樓2014-03-11 09:28:03
★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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你好，請(qǐng)問(wèn)問(wèn)題解決了嗎，我最近也遇到了這個(gè)問(wèn)題 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
28樓2018-12-12 17:56:04
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