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voleyes

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[交流] 【求助】關(guān)于恒壓周期性邊界條件

這是不是NPT系綜

看Amber手冊(cè)上說(shuō)用恒壓周期性邊界條件來(lái)平衡密度，這一步是必須的嗎？
但是我看別人的文章都沒(méi)有這一步，都什么情況下需要這樣做？

做這一步時(shí)，盒子的大小會(huì)變化嗎？

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1樓 2011-01-12 18:08:18

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petersen

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ghcacj(金幣+4):謝謝 2011-01-13 11:46:25

引用回帖:

Originally posted by voleyes at 2011-01-12 18:08:18:
這是不是NPT系綜

看Amber手冊(cè)上說(shuō)用恒壓周期性邊界條件來(lái)平衡密度，這一步是必須的嗎？
但是我看別人的文章都沒(méi)有這一步，都什么情況下需要這樣做？

做這一步時(shí)，盒子的大小會(huì)變化嗎？

你看amber的tuorial，里面都是先NTV系綜下（ntb=1）升溫然后NTP下（ntb=2）模擬動(dòng)力學(xué)的啊，而且我們測(cè)量的性質(zhì)都應(yīng)該是等溫等壓下的，因?yàn)檫@更接近生理的環(huán)境。盒子在等壓的條件下肯定是會(huì)發(fā)生變化的，要不怎么控制密度？

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3樓2011-01-12 20:35:38

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amynihao

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恩我也想知道，期待高手來(lái)回答。幫頂了。

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2樓2011-01-12 19:28:05

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cyyn2008cn

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ghcacj(金幣+3):謝謝 2011-01-13 11:46:36

引用回帖:

我不清楚這些開(kāi)源軟件，但NPT下，如果初始的樣本內(nèi)應(yīng)力高的話會(huì)導(dǎo)致盒子體積改變，改變量要看應(yīng)力的大小。另外，NPT本身就是通過(guò)調(diào)整h矩陣，也就是體積來(lái)保證P的。當(dāng)然主要還是看你具體的算例了。

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4樓2011-01-13 00:12:54

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