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astringent銅蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助】均方位移 已有4人參與
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最近準(zhǔn)備寫均方位移（MSD）的程序，但是有一點(diǎn)不太明白。均方位移指的是分子質(zhì)心的均方位移，還是采用動(dòng)力學(xué)模擬后得到的軌跡直接算就可以？如果是指質(zhì)心的均方位移，，那么在計(jì)算時(shí)是不是首先要考慮質(zhì)心的移動(dòng)��？另外我看文獻(xiàn)上說 unfold each molecule,這個(gè)unfold又是什么意思呢？ 請(qǐng)大家不吝賜教，先謝謝了。 |
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astringent
銅蟲 (著名寫手)
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不好意思，我是新手，dcd文件是二進(jìn)制，無法讀。你能把如何看軌跡文件里任何時(shí)刻的每一個(gè)粒子坐標(biāo)是不是都沒有超過盒子邊界具體如何操作說的再具體些嗎？另外，如果方便的話，我想看看你的msd程序，我的郵箱是yanbochen123@gmail.com 多謝了。 |
雪頂咖啡冰9樓2011-01-16 04:02:08
2樓2011-01-15 14:43:19
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+8): 謝謝 2011-01-16 20:58:18
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+8): 謝謝 2011-01-16 20:58:18
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首先，看你用的程序輸出的是真實(shí)坐標(biāo)還是應(yīng)用周期化邊界以后的坐標(biāo)，如果是前者那很好辦，直接求分子質(zhì)心的均方位移就行。如果是后者，就沒轍，你只能取分析的這段時(shí)間區(qū)間內(nèi)體系中運(yùn)動(dòng)沒有超過盒子邊界的分子來做msd。我自己寫的程序就是為了算msd就把輸出坐標(biāo)改成真實(shí)坐標(biāo)了。 至于unfold each molecule，沒有上下文，我猜是將那些由于應(yīng)用了周期性邊界的而發(fā)生了坐標(biāo)分裂分子（比如說一個(gè)分子的一部分坐標(biāo)在盒子左邊界，一部分在盒子右邊界）去除周期性邊界條件將他們還原到盒子的一側(cè)來。 |
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3樓2011-01-15 14:55:43
astringent
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4樓2011-01-15 19:31:34
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