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一下關(guān)于CIF的檢測(cè)說(shuō)明摘自lijunjie84提供的http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2768638&fpage=1
關(guān)于CIF 檢測(cè)中出現(xiàn)的A,B 等類錯(cuò)誤的說(shuō)明
一般分為8 類,分別為:
# _0xx - general
# _1xx - cell/symmetry
# _2xx - adp-related
# _3xx - intra geometry
# _4xx - inter geometry
# _5xx - coordination geometry
# _6xx - void tests
# _7xx – various test
下面我們分幾次把問(wèn)題的簡(jiǎn)要說(shuō)明翻譯成獻(xiàn)給大家,希望能對(duì)您有所幫助!
_201 檢測(cè)分子結(jié)構(gòu)主體中各向同性的非氫原子,各向同性在通常的精修中并不
常用,只是在處理無(wú)序是才用到。
_202 檢測(cè)溶劑分子或陰離子中各向同性的非氫原子
_211 檢測(cè)主體分子的NPD ADP's 。檢測(cè)主體分子中各相異性參數(shù)中負(fù)值部分
(NPD is non-positive displacement )
_212 檢測(cè)溶劑或陰離子分子的NPD ADP's 。檢測(cè)溶劑或陰離子分子中各相異性
參數(shù)中負(fù)值部
_213 主體分子中ADP maximum/minimum 比例檢測(cè),較大的值意味著無(wú)序沒(méi)有
處理。
_214 溶劑或陰離子中ADP maximum/minimum 比例檢測(cè),較大的值意味著無(wú)序
沒(méi)有處理。
_220 檢測(cè)主體結(jié)構(gòu)非氫原子Ueq(max)/Ueq(Min)范圍。對(duì)比平常之大的比值發(fā)出
警報(bào)。太高或太低的值表明原子可能定錯(cuò)(i.e. Br versus Ag)
_221 檢測(cè)非主體結(jié)構(gòu)非氫原子Ueq(max)/Ueq(Min)范圍。對(duì)比平常之大的比值發(fā)
出警報(bào)
_222 檢測(cè)主體結(jié)構(gòu)氫原子Ueq(max)/Ueq(Min)范圍。對(duì)比平常之大的比值發(fā)出警
報(bào)
_223 檢測(cè)非主體結(jié)構(gòu)氫原子Ueq(max)/Ueq(Min)范圍。對(duì)比平常之大的比值發(fā)出
警報(bào)
_230, _233 : Hirschfield 剛性鍵檢查。相近化學(xué)特征的原子應(yīng)具有相同程度的各
相異性參數(shù),無(wú)序或過(guò)度精修可能會(huì)導(dǎo)致大小不一。原子的錯(cuò)誤判定也會(huì)有這樣
的結(jié)果。DELREF 技術(shù) (e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的數(shù)據(jù)通常對(duì)含重
原子的鍵有較大的 DELU 值
_241, _242 檢測(cè)相對(duì)于相鄰原子過(guò)高或過(guò)低的U(eq)值。原子的U(eq) 值會(huì)被拿
去與所有非氫原子的平均U(eq)去比較,如果值太大,可能是原子定錯(cuò)了。
_013 : 檢測(cè)報(bào)告與衍射范圍和數(shù)據(jù)的完整度
_020 : 檢測(cè) R(int)。R(int)最好小于0.1。但是基于非常有限數(shù)量的平均數(shù)據(jù)的
R(int) 沒(méi)什么意義
_021 : 檢查 觀測(cè)衍射數(shù)目/期望數(shù)目的比值 期待數(shù)目對(duì)應(yīng)于勞埃群的不對(duì)稱單
元中的數(shù)目。對(duì)于中心對(duì)稱的結(jié)構(gòu),期望幣值為小于或等于1.0;對(duì)于非中心對(duì)稱
結(jié)構(gòu)則小于2。超過(guò)這些數(shù)據(jù)可能是:對(duì)稱性消光沒(méi)有從觀測(cè)數(shù)據(jù)中消除或采用
過(guò)多的數(shù)據(jù)進(jìn)行精修
_022 :檢測(cè)完整度,檢測(cè)報(bào)道的獨(dú)立衍射點(diǎn)與期望的給定的分辨率
_023 : Check θmax。檢測(cè)分辨率。當(dāng)sin (θ)/λ <0.6 時(shí),發(fā)布警告。
_024 : 檢測(cè)優(yōu)化的平均Friedel 對(duì)。對(duì)于含有比硅輕的原子的MoKa 數(shù)據(jù),平均
Friedel 對(duì)是優(yōu)先的。SHELXL97 精修中采用MERG 4。
_025 : 檢查 h,k,l 范圍
_026 : 檢查弱點(diǎn),檢查2σ 以上的獨(dú)立數(shù)據(jù)的衍射是否充分
_030 檢測(cè)精修的消光參數(shù)是否有意義,檢測(cè)它的值是否明顯大于相應(yīng)的s.u。如
果不是,這個(gè)參數(shù)應(yīng)從結(jié)構(gòu)模型精修中刪除。目前默認(rèn)值為3.33 s.u
_032 檢測(cè)Flack 參數(shù)的S.U.
_033 檢測(cè)Flack 參數(shù)偏離零的程度,即檢查絕對(duì)構(gòu)型的正確性。
_040 檢查化合物中碳原子上是否有氫原子
_041 比較報(bào)道的與計(jì)算的總分子式Compare the Reported and Calculated Sum
Formula
_042 比較報(bào)道的與計(jì)算的殘基分子式Compare the reported and Calculated
Moiety Formula
_043 比較報(bào)道的和計(jì)算的分子量Compare Reported and Calculated Molecular
Weight
_044 比較報(bào)道的和計(jì)算的分子量密度
_045 比較報(bào)道的和計(jì)算的Z 值
_046 檢測(cè)報(bào)道的Z, MW, D(calc) 是否一致
_050 檢測(cè)給出的mu 值
_051 測(cè)試報(bào)道的和計(jì)算的mu 的差別。
_052 測(cè)試吸收校正方法的條件
_053 測(cè)試晶體尺寸最小值xtal_dimension_min 的條件
_054 測(cè)試晶體尺寸中間值
_055 測(cè)試晶體尺寸最大值
_056 檢測(cè)晶體半徑Test for specification xtal_radius
_057 檢測(cè)必需的吸收校正Test for absorption correction needed
_058 檢測(cè)規(guī)定的最大透過(guò)率Tmax
_059 檢測(cè)規(guī)定的最小透過(guò)率Tmin
_060 RR Test
_061 RR' Test
_062 Rescale Tmin & Tmax
_063 測(cè)試晶體尺寸最小的一個(gè)尺寸應(yīng)遠(yuǎn)大于采用的Xray 束。例外的情況是使用
β 濾波器和足夠大的準(zhǔn)直儀。
_064 Test for T(max) .GE. T(min)
_065 檢測(cè)(半)經(jīng)驗(yàn)吸收校正的應(yīng)用情況est for applicability of (semi-)empirical
abs.corr.
_070 檢測(cè)原子標(biāo)簽的重復(fù)情況Test for duplicate atom labels
_071 檢測(cè)是否有無(wú)法解釋的標(biāo)簽
_080 檢測(cè)最大的漂移/誤差 比值 maximum shift/error
_081 檢測(cè)給出的漂移/誤差 比值Test for maximum shift/error given
_082 檢測(cè)合理的R1 值
_084 檢測(cè)合理的 R2 值
R2 一般是基于F2 精修出的R1 的兩倍
_086, _087 檢測(cè)合理的 S 值
_088 檢測(cè)合理的Data / parameter 比值 (中心對(duì)稱)
_089 檢測(cè)合理的Data / parameter 比值(非中心對(duì)稱)
_095 檢測(cè)給出的最大殘余密度
_096 檢測(cè)給出的最大殘余密度
_097 檢測(cè)給出的最大殘余密度
_098 檢測(cè)給出的最小殘余密度
_099 檢測(cè)給出的小于0 的最小殘余密度
_410, _413 : 檢測(cè)分子鍵或分子內(nèi)短程的H----H相互作用。當(dāng)對(duì)稱性錯(cuò)誤的時(shí)候,
空間群錯(cuò)誤時(shí)(偏低或偏高)按照錯(cuò)誤的對(duì)稱操作衍生出來(lái)的原子上的氫原子本
應(yīng)不存在,這是就可能會(huì)產(chǎn)生果斷的相互作用。短程分子內(nèi)作用可能源于H 原
子被放錯(cuò)誤計(jì)算出來(lái)的原子上。也有可能是標(biāo)志著分子位于不合適的點(diǎn)操作上而
造成錯(cuò)的錯(cuò)誤(比如 2 代替了“-1”),當(dāng)忽略晶胞轉(zhuǎn)換時(shí)常發(fā)生。短相互作用用
1.2A 的范德華半徑來(lái)表示,對(duì)分子間弱相互作用警報(bào)發(fā)生于距離短于2.4A。對(duì)
分子內(nèi)來(lái)說(shuō),警報(bào)值發(fā)生在小于2.0A。這種警報(bào)對(duì)團(tuán)簇構(gòu)型很有意義,尤其是
當(dāng)氫原子按照理想位置參與計(jì)算時(shí)
_412 & _413 報(bào)告CH3 H-atoms 的相互作用,這些氫最好采用理論計(jì)算方法獲取。
_416 : 檢測(cè) 分子內(nèi)D-H .. H-D 作用。主要與放錯(cuò)位置的無(wú)序有關(guān)
_417 : 檢測(cè) 分子間D-H .. H-D 作用。主要與放錯(cuò)位置的無(wú)序有關(guān)
_420 : 檢測(cè) D-H 沒(méi)有受體用通常的氫鍵標(biāo)準(zhǔn)判斷,氫鍵受體必須潛在。對(duì)OH
和常見(jiàn)的 -NH and -NH2 很少有例外。通常出現(xiàn)的錯(cuò)誤是:A common -OH 上氫
鍵指向有誤。.
_430 : 檢測(cè) D..A 距離。通常在D..A 距離小于范德華半徑之和減去0.2 時(shí),會(huì)
警報(bào)。
_431 : 檢測(cè) Hl...D 距離,檢測(cè)與鹵素有關(guān)的分子間的距離
_432 : 檢測(cè)分子間距離
[ Last edited by 帝夫 on 2011-1-19 at 17:25 ] |
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