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mh266666木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】如何計(jì)算小分子或離子與一個(gè)二維結(jié)構(gòu)材料之間的化學(xué)作用力如氫鍵、離子吸引？ 已有7人參與
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| 我在研究一個(gè)二維材料，想知道在小分子或離子作用下該材料受到什么樣的影響，所以請(qǐng)教各位專家，能否采用計(jì)算模擬的方法能不能給出一些啟示？謝謝！ |
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如果這個(gè)課題要我作，我會(huì)如此考慮： 1、取包含若干個(gè)蒙脫石類分子片，參照實(shí)驗(yàn)結(jié)構(gòu)，建立二維材料模型，優(yōu)化其結(jié)構(gòu)。只是你說“材料本身具有負(fù)電荷”，這是經(jīng)驗(yàn)概念吧？是指分子極性較強(qiáng)，某些原子聚集了較多的電子吧？從量化計(jì)算的角度看，材料本身還是中性的吧？ 2、將這個(gè)二維材料模型固定分子坐標(biāo)不變，而加上小分子或離子，只對(duì)小分子或離子相對(duì)于二維材料進(jìn)行部分優(yōu)化。對(duì)這小分子或離子的初始位置要細(xì)心安排，以減少優(yōu)化的過程。可能優(yōu)化步驟會(huì)很長，在命令行加上關(guān)鍵詞iop(5/13=1)，此時(shí)計(jì)算到一個(gè)默認(rèn)64次循環(huán)、收斂還達(dá)不到要求時(shí)，計(jì)算會(huì)在這個(gè)優(yōu)化的基礎(chǔ)上自動(dòng)進(jìn)行下一輪優(yōu)化，直至優(yōu)化達(dá)到要求。只是你說的“陽離子”實(shí)際上是個(gè)什么形態(tài)？量化計(jì)算如何表達(dá)它要細(xì)心考慮。 3、對(duì)優(yōu)化好了的小分子或離子與二維材料的總體系做較精確的計(jì)算，基組要有極化、彌撒。并求得它的電子密度ρ（記為1.cube）。再分別求小分子或離子的ρ（記為2.cube）和二維材料的ρ（記為3.cube）。最后用1.cube減去2.cube再減去3.cube，求得電子密度差Δρ（記為4.cube），將4.cube在GV中打開，就可直觀地讓我們看到電荷在空間的凈變化了，從而可以評(píng)估這些小分子或陽離子與化合物之間的作用的性質(zhì)、引起的電荷變化。 |
13樓2011-02-22 10:25:28
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