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minmin_0082003

金蟲 (正式寫手)

[交流] 【求助】呼叫zhangguangping...關于態(tài)密度的計算

相比較，吸附前與吸附后被吸附分子的態(tài)密度
到底應該怎么做才是正確的，我試過兩種
1 把吸附后的整個體系，以及被吸附的分子，比如將吸附H2后的Pt，H2分子，Pt 三者放在一個巨大的盒子里，距離達到這三者沒有相互的關系。然后將費米能級平移到零點。畫出態(tài)密度。結果跟將H2單獨放在一個盒子里不一樣。我認為將費米能級平移到零點后，這兩個圖形會重合，但是沒有。雖然圖形是一樣，但是還要移動一段距離才能重合。
2 將H2， Pt， Pt-H2，各自放到自己盒子里算，不知道如何判斷其正確性
3 想知道siesta 如何計算的費米能級，是不是 E_f = 1/2 （E_homo - E_lumo）
4 這個態(tài)密度到底該如何比較才好呢
求解答，如果哪里有描述的不清楚，請大家指出，馬上改正

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1樓 2011-02-21 17:28:21

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

★ ★ ★ ★ ★
sunyang1988(金幣+5): 張兄辛苦了 2011-02-22 21:14:50
minmin_0082003(金幣+10): 我電荷已經(jīng)糾結完了，第一二三四條都在糾結態(tài)密度如何將費米能級平移到零點...555 2011-02-23 08:55:34

引用回帖:

Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-21 09:28:21:
相比較，吸附前與吸附后被吸附分子的態(tài)密度
到底應該怎么做才是正確的，我試過兩種
1 把吸附后的整個體系，以及被吸附的分子，比如將吸附H2后的Pt，H2分子，Pt 三者放在一個巨大的盒子里，距離達到這三者沒有相 ...

我又不是水區(qū)的神獸——“于嫣然”。你呼叫我沒有用。我一直上著小木蟲還真沒注意你這個帖子。因為我不像于嫣然那樣對自己的名字很敏感。
關于問題：首先聲明，我之前沒做過，也不是內(nèi)行，只是自己的一個猜想。不對的大家一起來拍磚，最終把這個問題給minmin解決了。

相比較，吸附前與吸附后被吸附分子的態(tài)密度
到底應該怎么做才是正確的，我試過兩種
>1 把吸附后的整個體系，以及被吸附的分子，比如將吸附H2后的Pt，H2分子，>Pt 三者放在一個巨大的盒子里，距離達到這三者沒有相互的關系。然后將費
>米能級平移到零點。畫出態(tài)密度。結果跟將H2單獨放在一個盒子里不一樣。我>認為將費米能級平移到零點后，這兩個圖形會重合，但是沒有。雖然圖形是一>樣，但是還要移動一段距離才能重合。
首先，你的計算結果沒有錯。兩次計算的能量的零點是不一樣的。所以會出現(xiàn)你的這個問題。但是圖形一樣，再次說明計算結果是沒有問題的。
這個問題參看這個帖子：http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2506450&fpage=1
>2 將H2， Pt， Pt-H2，各自放到自己盒子里算，不知道如何判斷其正確性
我的建議是你去算的時候選擇的supercell足夠大，直接按照pt-H2的盒子，對三個體系做計算。當然前后的坐標沒有變化最好了。然后后面的電荷空間分布分析的時候，采用的個點一模一樣。這樣就能得到三套cube文件。對這三個cube文件，根據(jù)你的分析的要求，進行對應的格點做差或者做和。這就是你的事了。
>3 想知道siesta 如何計算的費米能級，是不是 E_f = 1/2 （E_homo - E_lumo）
代碼里面確實是這樣計算的。只不過是一個逐漸逼近的過程。最后E_f定在占據(jù)率為1/2的地方。
>4 這個態(tài)密度到底該如何比較才好呢
求解答，如果哪里有描述的不清楚，請大家指出，馬上改正
怎么又蹦出一個態(tài)密度來了呢？你的目的不是分析空間電荷的前后分布變化嗎？
態(tài)密度的分析方法，你可以根據(jù)你的要求做相應的分析啊。

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2樓2011-02-22 20:53:21

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minmin_0082003

金蟲 (正式寫手)

zzy870720z: 如果問題解決，請幫忙把標題求助修改為求助成功。謝謝合作 2011-02-23 10:08:20

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2011-02-22 12:53:21:
我又不是水區(qū)的神獸——“于嫣然”。你呼叫我沒有用。我一直上著小木蟲還真沒注意你這個帖子。因為我不像于嫣然那樣對自己的名字很敏感。
關于問題：首先聲明，我之前沒做過，也不是內(nèi)行，只是自己的一個猜想 ...

灰常感謝
其實我糾結的不過是如何將費米能級平移到零點
因為我將PDOS的橫坐標減去 E_Fermi 之后發(fā)現(xiàn)好像是不準確的。

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3樓2011-02-23 09:10:14

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+1): 謝謝解釋 2011-02-23 10:08:33

引用回帖:

Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-23 01:10:14:
灰常感謝
其實我糾結的不過是如何將費米能級平移到零點
因為我將PDOS的橫坐標減去 E_Fermi 之后發(fā)現(xiàn)好像是不準確的。

你的電荷密度的計算，是不是按照咱們的討論，能得到你滿意的結果？
費米能級的平移問題原因就是兩個計算中能量零點的選取不一樣！

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4樓2011-02-23 10:05:16

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minmin_0082003

金蟲 (正式寫手)

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2011-02-23 02:05:16:
你的電荷密度的計算，是不是按照咱們的討論，能得到你滿意的結果？
費米能級的平移問題原因就是兩個計算中能量零點的選取不一樣！

電荷密度，我要再試試，我是將RHO文件相加減，cube還在算，看看兩者作圖結果是不是一樣

能量零點不一樣？他們費米能級不一樣，能量零點不一樣，但是我都分別將費米能級平移到零點了，這樣相比較的如果不對的話，到底該怎么平移呢

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5樓2011-02-23 12:47:24

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-02-24 09:19:45

引用回帖:

Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-23 05:47:24:
電荷密度，我要再試試，我是將RHO文件相加減，cube還在算，看看兩者作圖結果是不是一樣

能量零點不一樣？他們費米能級不一樣，能量零點不一樣，但是我都分別將費米能級平移到零點了，這樣相比較的如果不對的 ...

這一個你不是說，只要對準了，那個就是說明對齊了嗎？
按照圖來。

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6樓2011-02-23 18:29:24

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minmin_0082003

金蟲 (正式寫手)

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2011-02-23 18:29:24:
這一個你不是說，只要對準了，那個就是說明對齊了嗎？
按照圖來。

但是，按照我那點淺薄的化學知識來說，感覺不對，
我分別把兩個體系的的PDOS 減去各自的E_Ff, （也就是平移到零點）
然后把這兩個圖放到同一個坐標系中去比較，還是不對，感覺不對
不知道我說的請不清楚

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7樓2011-02-23 19:30:07

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流

引用回帖:

Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-23 12:30:07:
但是，按照我那點淺薄的化學知識來說，感覺不對，
我分別把兩個體系的的PDOS 減去各自的E_Ff, （也就是平移到零點）
然后把這兩個圖放到同一個坐標系中去比較，還是不對，感覺不對
不知道我說的請不清楚

你不是說再平移一下就能對上嗎？

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8樓2011-02-23 19:49:07

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minmin_0082003

金蟲 (正式寫手)

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2011-02-23 19:49:07:
你不是說再平移一下就能對上嗎？

對啊，還需要再平移一下，那是都是軌道沒有變化的情況下，很容易知道怎么平移，但是一般吸附后軌道都會變化，根本不知道該往哪里移動，5555555

贊一下

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9樓2011-02-23 20:13:57

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-02-24 09:20:12

引用回帖:

Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-23 13:13:57:
對啊，還需要再平移一下，那是都是軌道沒有變化的情況下，很容易知道怎么平移，但是一般吸附后軌道都會變化，根本不知道該往哪里移動，5555555

呵呵呵，我看到macro給你的回復和你現(xiàn)在的解決辦法是一樣的。所以還是沒有解決你的問題。其實你現(xiàn)在就想硬性的對不同的體系規(guī)定一個相同的能量零參考點。這個好像ATK里可以實現(xiàn)，不過這個是收費的。呵呵。這個問題你最好再在siesta的mail-list里面詢問一下，在Siesta里面怎么規(guī)定能量零點的問題。

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10樓2011-02-23 21:16:35

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minmin_0082003

金蟲 (正式寫手)

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2011-02-23 21:16:35:
呵呵呵，我看到macro給你的回復和你現(xiàn)在的解決辦法是一樣的。所以還是沒有解決你的問題。其實你現(xiàn)在就想硬性的對不同的體系規(guī)定一個相同的能量零參考點。這個好像ATK里可以實現(xiàn)，不過這個是收費的。呵呵。這個問 ...

郁悶的想死，
我覺得這個點對于不同的體系是不一樣的。
對于導體，費米能級是有意義的。
對于半導體與絕緣體，沒有什么特殊意義，只不過是定義在了homo與lumo的中間。
所以如果要比較在吸附前后的半導體或者絕緣體的表面變化的話，零點應該始終選擇在homo與lumo之間，而不要去考慮他的費米能級。但是對于被吸附的分子如何變化，不知道以哪里為標準，做夢都做該怎么平移......

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11樓2011-02-24 10:00:01

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zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流

引用回帖:

Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-24 03:00:01:
郁悶的想死，
我覺得這個點對于不同的體系是不一樣的。
對于導體，費米能級是有意義的。
對于半導體與絕緣體，沒有什么特殊意義，只不過是定義在了homo與lumo的中間。
所以如果要比較在吸附前后的半導體或者 ...

加油，這個問題弄明白了，或者有了什么新的idea，通知我一聲，相互分享一下！

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12樓2011-02-24 10:06:54

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