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新書預告：《化學信息系統(tǒng)開發(fā)技術(shù)》 已有1人參與
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作為21世紀計算機化學叢書之一，將由化學化工出版社出版。 關于本書的進展，請訪問新浪博客：http://blog.sina.com.cn/cisdqiao/ 前言（草稿） 化學作為中心科學，研究內(nèi)涵越來越豐富，應用也越來越深入。同時，信息技術(shù)的快速發(fā)展，更促使化學信息系統(tǒng)的開發(fā)技術(shù)不斷更新。伴隨這個進程，化學信息也被賦予了太多的含義，使得化學信息系統(tǒng)不得不覆蓋眾多的領域，數(shù)據(jù)類型、表現(xiàn)方式也多種多樣，粗略看來，就有以下特征：（1）類型廣泛：既有文獻、數(shù)據(jù)，又有圖形、圖像（如圖譜、分子結(jié)構(gòu)、電子云、反應式等）。（2）處理多樣：既有計量學處理（投影、降維、富立葉變換），又有信息學處理（分子結(jié)構(gòu)的匹配、結(jié)構(gòu)描述參數(shù)及相似性計算），還有能量計算、結(jié)構(gòu)優(yōu)化等。（3）界面特殊：除了一般的文本、超文本，還需處理圖譜、分子結(jié)構(gòu)式、化學反應式的輸入輸出等。（4）功能復雜：文獻檢索、數(shù)據(jù)查詢、圖譜或結(jié)構(gòu)匹配、在線計算等。（5）應用廣泛：搜索引擎、信息管理、檢索服務。 化學信息系統(tǒng)可以概括為“以化學數(shù)據(jù)庫和化學在線計算為核心的網(wǎng)絡服務系統(tǒng)”，因此，相應的設計、開發(fā)工作需要綜合運用多方面的知識和技術(shù)。一個化工廠的信息管理系統(tǒng)，通常只需按常規(guī)的網(wǎng)站來設置，即使需要處理若干種分子結(jié)構(gòu)或者圖譜，也完全可以用圖片來處理。再比如，谷歌或百度這樣的搜索引擎，并不能接受用戶輸入的二維或三維分子結(jié)構(gòu)來進行檢索。因此，化學信息系統(tǒng)所需要的很多功能，是傳統(tǒng)的信息系統(tǒng)無法實現(xiàn)的，而必須開發(fā)底層的、有針對性的算法或模塊。 書名含有“化學信息”的著作，大致有兩類：一類是化學文獻、情報檢索，而近年來則轉(zhuǎn)向介紹化學相關網(wǎng)站、數(shù)據(jù)庫的服務內(nèi)容、使用方法等，如李曉霞的《Internet上的化學化工資源》（科學出版社，2000年）；另一類是化學信息學，內(nèi)容主要是研究如何通過分子的圖譜數(shù)據(jù)、拓撲特征和量化參數(shù)等研究其物理化學性質(zhì)或者生物活性，如德國J Gasteiger主編的《Chemoinformatics: A Textbook》（梁逸曾等譯，化學工業(yè)出版社，2005年）。本書或許可以算是第三類，即以化學信息的共享為目標，介紹化學信息系統(tǒng)的開發(fā)技術(shù)。 本書概要介紹了信息的基本知識，闡述了信息開放共享的重要性。針對化學信息的特點，選擇不同類型的化學信息系統(tǒng)實例，講述其系統(tǒng)設計思路和開發(fā)方法。對實際研發(fā)有重要的指導作用，適合計算機與化學領域的科研、教學參考。不過，書中既沒有什么秘訣能讓讀者快速掌握某種信息開發(fā)技術(shù)，也不可能面面俱到地評述所有的信息共享模式；所能做的，是盡量幫助讀者追溯化學對象的設計思想，分析信息系統(tǒng)的構(gòu)成框架，從而避開花樣繁多的開發(fā)語言、設計模式的困擾，練習從比較底層的角度來觀察和理解一個個看似紛繁、實則有序的化學信息系統(tǒng)。希望讀者今后面對自己的實際需求時，在設計理念和開發(fā)技術(shù)方面，能做出與時俱進的合理選擇，創(chuàng)造出更多的專門適應化學研究需要的模式和技巧。 本書所講解的化學信息的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、算法和開發(fā)實例，大都源自本實驗室的研究工作，部分參考了國內(nèi)外的報道。 【......】 目錄：（臨時頁碼） 第一章 化學信息系統(tǒng)概述. 1 第1節(jié) 信息系統(tǒng)概述. 1 第2節(jié) 化學信息系統(tǒng)概況. 2 一、化學信息系統(tǒng)的主要類型. 2 1、化學文獻. 2 2、化學物性標準數(shù)據(jù). 4 3、化學圖譜. 5 4、化學結(jié)構(gòu)式、反應式. 7 5、化學在線計算. 8 6、化學綜合信息系統(tǒng). 10 二、用戶界面. 11 1、網(wǎng)絡瀏覽器插件. 11 2、嵌入Java程序. 13 3、專用程序. 14 第二章 化學信息的開放. 15 第1節(jié) 信息系統(tǒng)的開放. 15 一、信息的保護與開放. 15 二、期刊文獻數(shù)據(jù)庫的開放機制. 17 三、開源軟件的開放機制. 18 1、開源軟件的發(fā)展. 18 2、開源軟件的版權(quán). 20 四、生物信息學的開放機制. 21 第2節(jié) 化學信息的開放發(fā)展. 22 一、數(shù)據(jù)文件格式. 23 二、軟件與編程語言. 25 三、新的環(huán)境與平臺. 27 第三章 信息系統(tǒng)設計基礎. 29 第1節(jié) 網(wǎng)絡應用發(fā)展歷程. 29 一、從遠程網(wǎng)到因特網(wǎng). 29 二、從桌面應用程序到網(wǎng)絡應用程序. 30 三、從遠程登錄到C/S和B/S模式. 31 四、從文件服務器到數(shù)據(jù)庫服務器. 32 五、從分布式到網(wǎng)格和云. 32 第2節(jié) 網(wǎng)絡運行環(huán)境. 34 一、網(wǎng)絡通信協(xié)議. 34 1、基本的HTTP協(xié)議. 35 2、傳遞表單的HTTP協(xié)議. 36 3、上傳文件的HTTP協(xié)議. 37 二、服務器的軟件環(huán)境. 38 1、萬維網(wǎng)服務進程. 38 2、數(shù)據(jù)對象類型. 39 3、網(wǎng)絡應用程序. 40 4、數(shù)據(jù)庫和臨時文件. 43 三、客戶端的軟件環(huán)境. 45 1、B/S模式. 45 2、C/S模式. 47 3、兼容與擴展. 48 第3節(jié) 軟件開發(fā)技術(shù). 48 一、開源軟件開發(fā)技術(shù). 49 二、開源軟件標準化. 49 1、數(shù)據(jù)通信標準. 50 2、界面標準. 50 3、模塊標準. 51 三、網(wǎng)絡應用程序的開發(fā). 52 1、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu). 52 2、文件管理. 56 3、資源共享. 62 4、用戶界面. 67 第4節(jié) 內(nèi)容管理系統(tǒng). 71 一、角色劃分. 72 二、功能類型. 73 三、設計模式. 73 四、開源選擇. 74 五、應用需求與發(fā)展. 75 第四章 化學信息數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)與算法. 77 第1節(jié) 化學圖譜. 77 一、圖譜文件與數(shù)據(jù)庫. 77 1、JCAMP-DX 77 2、CMLSpect 81 3、圖譜數(shù)據(jù)庫. 82 二、圖譜檢索算法. 82 1、圖譜特征提取. 83 2、圖譜匹配算法. 84 第2節(jié) 分子結(jié)構(gòu). 89 一、分子拓撲結(jié)構(gòu)的表達. 90 1、基本方法. 90 2、通式結(jié)構(gòu). 95 3、片段結(jié)構(gòu). 98 二、分子結(jié)構(gòu)的檢索與匹配. 104 1、唯一性算法. 104 2、特征編碼算法. 106 3、拓撲匹配算法. 107 4、拓撲匹配的語法和語義. 115 第3節(jié) 化學反應. 119 一、化學反應的表達. 119 1、聯(lián)接表法. 119 2、線性編碼. 121 3、BE矩陣. 123 4、反應通式. 124 二、反應物與產(chǎn)物的關系. 125 1、結(jié)構(gòu)推導. 125 2、自動對應. 127 第4節(jié) 南開軟件開發(fā)包. 130 一、譜圖通用數(shù)據(jù)處理開發(fā)包. 130 二、有機分子拓撲結(jié)構(gòu)開發(fā)包. 132 第五章 化學信息系統(tǒng)的開發(fā)實例. 133 第1節(jié) 化學信息導航系統(tǒng). 133 一、設計與開發(fā)路線. 133 二、系統(tǒng)構(gòu)成與功能. 134 三、Mashup開發(fā)模式. 137 第2節(jié) 核磁共振譜儀管理系統(tǒng). 141 一、功能設計. 141 二、開發(fā)技術(shù). 144 1、服務器端. 144 2、客戶端. 146 3、數(shù)據(jù)下載. 147 三、其他配套措施. 147 1、儀器維護. 147 2、人員管理與培訓. 147 第3節(jié) 有機結(jié)構(gòu)與反應查詢系統(tǒng). 148 一、功能分析. 149 二、開發(fā)技術(shù). 150 1、應用程序. 150 2、數(shù)據(jù)庫. 153 3、客戶端. 155 4、系統(tǒng)框架. 157 三、計算機輔助有機合成. 158 1、合成樹. 158 2、反應中心與反應通式. 160 第4節(jié) 虛擬組合分子庫系統(tǒng). 162 一、衍生策略. 163 二、機制與流程. 166 三、開發(fā)技術(shù). 166 1、架構(gòu)設計. 167 2、任務分工. 168 3、運行流程. 169 四、商業(yè)軟件. 171 第5節(jié) 其他化學信息系統(tǒng). 173 第六章 新技術(shù)與應用的展望. 175 第1節(jié) 復雜信息協(xié)議. 175 第2節(jié) 富應用程序. 178 第3節(jié) 從軟件到服務. 179 部分參考文獻（略） [ Last edited by yyqiao on 2011-2-27 at 00:19 ] |
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 【計算機應用化學】 |
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xiaowu759
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