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ghcacj

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[交流] 【求助】用Orca計(jì)算一個(gè)片簇的單點(diǎn)能，不收斂。

用Orca計(jì)算一個(gè)片簇的單點(diǎn)能，怎么算都不收斂，之前也算過其他的片簇，一般20次迭代就可以收斂了，這次計(jì)算的這個(gè)算了125次都不收斂，dE發(fā)生振蕩。
用的是ubuntu 10.04+orca 2.8
計(jì)算輸入文件如下：

! ECP{LANLDZ=Zn}
! UKS B3LYP/G 6-31G TightSCF Grid4 SP DFT
! PAL4
* xyz 0 1
C    14.7569    6.7818    3.1858
H    14.913    6.0981    3.7958
N    15.4572    7.9572    3.1056
C    14.7569    10.2092    13.8052
H    14.913    10.8929    13.1952
N    15.4572    9.0338    13.8854
C    13.8052    2.2341    6.7818
H    13.1952    2.0780    6.0981
N    13.8854    1.5338    7.9572
C    13.8052    14.7569    10.2092
H    13.1952    14.913    10.8929
N    13.8854    15.4572    9.0338
C    15.2773    11.6813    6.2614
H    14.5936    12.2913    6.4175
N    16.4527    11.6011    6.9617
C    15.2773    5.3097    10.7296
H    14.5936    4.6997    10.5735
N    16.4527    5.3899    10.0293
C    15.2773    6.2614    11.6813
H    14.5936    6.4175    12.2913
N    16.4527    6.9617    11.6011
H    15.6351    9.1972    9.7579
H    14.9045    10.0961    10.8131
H    15.2256    10.6636    9.3875
C    15.2773    10.7296    5.3097
H    14.5936    10.5735    4.6997
N    16.4527    10.0293    5.3899
H    15.6351    7.7938    7.2331
H    14.9045    6.8949    6.1779
H    15.2256    6.3274    7.6035
C    14.7569    3.1858    6.7818
H    14.913    3.7958    6.0981
H    16.2893    1.2624    9.8514
H    15.3904    2.3176    10.582
H    14.8229    0.8920    10.2609
N    15.4572    3.1056    7.9572
C    14.7569    13.8052    10.2092
H    14.913    13.1952    10.8929
H    16.2893    15.7286    7.1396
H    15.3904    14.6734    6.4090
H    14.8229    16.099    6.7301
N    15.4572    13.8854    9.0338
C    13.8052    6.7818    2.2341
H    13.1952    6.0981    2.0780
H    15.7286    9.8514    0.7017
H    14.6734    10.582    1.6006
H    16.099    10.2609    2.1681
N    13.8854    7.9572    1.5338
C    13.8052    10.2092    14.7569
H    13.1952    10.8929    14.913
H    15.7286    7.1396    16.2893
H    14.6734    6.4090    15.3904
H    16.099    6.7301    14.8229
N    13.8854    9.0338    15.4572
C    14.902    8.6297    2.0890
C    15.3955    9.9482    1.5955
C    14.902    8.3613    14.902
C    15.3955    7.0428    15.3955
C    14.902    2.0890    8.6297
C    15.3955    1.5955    9.9482
C    14.902    14.902    8.3613
C    15.3955    15.3955    7.0428
C    16.8568    10.5845    10.5845
C    15.5383    10.091    10.091
C    16.8568    6.4065    6.4065
C    15.5383    6.9000    6.9000
C    19.2251    10.2092    3.1858
H    19.069    10.8929    3.7958
N    18.5248    9.0338    3.1056
C    19.2251    6.7818    13.8052
H    19.069    6.0981    13.1952
N    18.5248    7.9572    13.8854
C    20.1768    14.7569    6.7818
H    20.7868    14.913    6.0981
N    20.0966    15.4572    7.9572
C    20.1768    2.2341    10.2092
H    20.7868    2.0780    10.8929
N    20.0966    1.5338    9.0338
C    18.7047    11.6813    10.7296
H    19.3884    12.2913    10.5735
N    17.5293    11.6011    10.0293
C    18.7047    5.3097    6.2614
H    19.3884    4.6997    6.4175
N    17.5293    5.3899    6.9617
H    18.3469    7.7938    9.7579
H    19.0775    6.8949    10.8131
H    18.7564    6.3274    9.3875
C    18.7047    10.7296    11.6813
H    19.3884    10.5735    12.2913
N    17.5293    10.0293    11.6011
H    18.3469    9.1972    7.2331
H    19.0775    10.0961    6.1779
H    18.7564    10.6636    7.6035
C    18.7047    6.2614    5.3097
H    19.3884    6.4175    4.6997
N    17.5293    6.9617    5.3899
C    19.2251    3.1858    10.2092
H    19.069    3.7958    10.8929
H    17.6927    1.2624    7.1396
H    18.5916    2.3176    6.4090
H    19.1591    0.8920    6.7301
N    18.5248    3.1056    9.0338
C    19.2251    13.8052    6.7818
H    19.069    13.1952    6.0981
H    17.6927    15.7286    9.8514
H    18.5916    14.6734    10.582
H    19.1591    16.099    10.2609
N    18.5248    13.8854    7.9572
C    20.1768    6.7818    14.7569
H    20.7868    6.0981    14.913
H    18.2534    9.8514    16.2893
H    19.3086    10.582    15.3904
H    17.883    10.2609    14.8229
N    20.0966    7.9572    15.4572
C    20.1768    10.2092    2.2341
H    20.7868    10.8929    2.0780
H    18.2534    7.1396    0.7017
H    19.3086    6.4090    1.6006
H    17.883    6.7301    2.1681
N    20.0966    9.0338    1.5338
C    19.08       8.3613    2.0890
C    18.5865    7.0428    1.5955
C    19.08       8.6297    14.902
C    18.5865    9.9482    15.3955
C    19.08    14.902    8.6297
C    18.5865    15.3955    9.9482
C    19.08       2.0890    8.3613
C    18.5865    1.5955    7.0428
C    17.1252    10.5845    6.4065
C    18.4437    10.091    6.9000
C    17.1252    6.4065    10.5845
C    18.4437    6.9000    10.091
Zn    16.991    12.7432    8.4955
Zn    16.991    4.2477    8.4955
Zn    16.991    8.4955    12.7432
Zn    16.991    8.4955    4.2477
H    13.3084    16.2196    8.7409
H    20.6736    16.2196    8.2501
H    13.3084    8.7409    16.2196
H    20.6736    8.7409    0.7714
H    13.3084    8.2501    0.7714
H    20.6736    0.7714    8.7409
H    20.6736    8.2501    16.2196
H    13.3084    0.7714    8.2501
*
片簇結(jié)構(gòu)如下：

[ Last edited by ghcacj on 2011-3-2 at 16:05 ]

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1樓 2011-03-02 16:01:08

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ghcacj

榮譽(yù)版主 (著名寫手)

我想請(qǐng)教下各位，單點(diǎn)能計(jì)算不能收斂，有哪些常用的解決辦法？比如Opt？還是調(diào)整片簇的切割方法？還是增大基組？

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2樓2011-03-02 16:39:11

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recoli

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ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-03-03 13:59:08

據(jù)我所知orca默認(rèn)是開啟RI近似的。但是6-31G這種基組沒有輔助基組，所以應(yīng)該關(guān)閉RI近似
%method
RI off
end

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3樓2011-03-02 17:29:36

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ghcacj

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Originally posted by recoli at 2011-03-02 17:29:36:
據(jù)我所知orca默認(rèn)是開啟RI近似的。但是6-31G這種基組沒有輔助基組，所以應(yīng)該關(guān)閉RI近似
%method
RI off
end

按照你的設(shè)置，基組也改為6-31G*，但是還是不行，有沒有更好的建議？

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4樓2011-03-03 13:59:41

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recoli

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ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-03-03 20:14:38

我看了一下你的結(jié)構(gòu)，Zn應(yīng)該都是Zn2+離子吧？中間作為橋的四個(gè)配體每個(gè)少一個(gè)H是-1價(jià)，那么總體電荷應(yīng)該是+4？樓主認(rèn)為呢？

電荷和多重度是很重要的，一定要設(shè)置正確，不然即使收斂了得到的也不是正確結(jié)果。

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5樓2011-03-03 17:50:42

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ghcacj

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引用回帖:

Originally posted by recoli at 2011-03-03 17:50:42:
我看了一下你的結(jié)構(gòu)，Zn應(yīng)該都是Zn2+離子吧？中間作為橋的四個(gè)配體每個(gè)少一個(gè)H是-1價(jià)，那么總體電荷應(yīng)該是+4？樓主認(rèn)為呢？

電荷和多重度是很重要的，一定要設(shè)置正確，不然即使收斂了得到的也不是正確結(jié)果。

麻煩幫我看看呢，量子化學(xué)方面我是入門選手。
我的結(jié)構(gòu)是一個(gè)Zn作為節(jié)點(diǎn)，連接四個(gè)甲基咪唑，形成一種類似于沸石中Si-O西面體的結(jié)果，為了計(jì)算電荷，按照文獻(xiàn)的方法，截取出這樣的一個(gè)片段進(jìn)行量化計(jì)算，因?yàn)槭墙厝〉钠�，因此終端需要掛載一定的原子來補(bǔ)充，之前碰到的結(jié)果都是末端原本連接一個(gè)C原子，所以填上一個(gè)甲基，現(xiàn)在末端應(yīng)該連接Zn，末端采用H作為補(bǔ)充不知道是否合適，但是看到文獻(xiàn)里有這么做，沒想到怎么計(jì)算都不收斂，按理說總體電荷應(yīng)該為0，多重度為1，可是就是不行，正在嘗試是否是開殼層導(dǎo)致的，有的人建議將同樣的結(jié)構(gòu)先用閉殼層計(jì)算，然后拿這個(gè)結(jié)果作為intial guess進(jìn)行開殼層計(jì)算，但是結(jié)果還沒出來。祈禱了。
謝謝你的關(guān)注。

[ Last edited by ghcacj on 2011-3-3 at 20:21 ]

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6樓2011-03-03 20:14:25

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recoli

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ghcacj(金幣+12): 謝謝 2011-03-04 10:13:27

就你的結(jié)構(gòu)來說，我認(rèn)為電荷是4，閉殼層，所以輸入文件寫*xyz 4 1。

把C換成甲基是可以的，但是在N上添加H會(huì)影響整體的電荷。

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7樓2011-03-04 00:33:15

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ghcacj

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Originally posted by recoli at 2011-03-04 00:33:15:
就你的結(jié)構(gòu)來說，我認(rèn)為電荷是4，閉殼層，所以輸入文件寫*xyz 4 1。

把C換成甲基是可以的，但是在N上添加H會(huì)影響整體的電荷。

不得不說，你的判斷非常正確，認(rèn)真分析了我要計(jì)算的結(jié)構(gòu)之后，修改計(jì)算文件，真的很快就收斂了，13次循環(huán)，非常感謝。

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8樓2011-03-04 10:13:17

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