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he66yuan88金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】一個最最初級的問題：晶格中的原子坐標（篇幅有點長，請見諒，請耐心） 已有2人參與
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一個最最初級的問題：晶格中的原子坐標 數(shù)據(jù)取自于LAMMPS中的例子：GayBerne ellipsoids in LJ background fluid 路徑是：lammps-17Feb11/examples/ellipse/log.ellipse.gayberne.10Sep10.linux.1 此例是一個GayBerne ellipsoids勢，橢圓體原子，npt系綜問題。 計算之后，log文件的前幾行為： units lj atom_style ellipsoid dimension 2 lattice sq 0.02 ###### Lattice spacing in x,y,z = 7.07107 7.07107 7.07107 ##### region box block 0 20 0 20 -0.5 0.5 ##### create_box 2 box Created orthogonal box = (0 0 -3.53553) to (141.421 141.421 3.53553) 1 by 1 by 1 processor grid create_atoms 1 box Created 400 atoms 其中用#####標識的三行描述了晶格的構(gòu)造 lattice sq 0.02 ###### 給出了2d的正方形晶格，basis atom在正方形的左下角，約化的數(shù)密度rho*=0.02 region box block 0 20 0 20 -0.5 0.5 ##### 給出了晶格（box）的原點(0,0,0),及box的尺寸：20，20，1 Lattice spacing in x,y,z = 7.07107 7.07107 7.07107 #####是計算之后的晶格 那么，我的問題是：定義的和計算后得到的晶格似乎不合？我的理由是： 首先，對原子總數(shù)：假如一個20*20的正方形每0.02的約化距離一個原子的話，應(yīng)該是100*100=10000個原子，這樣與400不合 或者按照約畫數(shù)密度的定義：rho*=N/L^3=0.02，又因為z方向厚度為1，所以求出的原子總數(shù)為8，也與400不合 如果，按照一個單位sigma一個原子的話，對于20*20的正方形的話，那就剛好是400個原子，但問題是這樣就與約化數(shù)密度rho*=0.02不合 其次，計算之后x,y,z = 7.07107 7.07107 7.07107，怎么看，我都看不出來，這個晶格矢量與b0x的尺寸20,20,1有什么關(guān)系 以上便是關(guān)于原子坐標最最初級的問題。 還有一個問題也是關(guān)于原子坐標的： 根據(jù)自己所學(xué)力學(xué)的觀點，只要構(gòu)型確定（即運動學(xué)描述），加上力場確定（即動力學(xué)描述），一切相關(guān)的量即確定。 那么原子偏離原始晶格的尺寸以和外部邊界平衡，假如這種偏離造成晶胞變化，比如從正交晶系變?yōu)樾本�，那么這種偏離在npt/nph系綜 下為多大才是被允許的，怎樣描述這樣變化呢？這是否就是產(chǎn)生了相變？ 以上都是一些很基本的問題，由于自己非物理專業(yè)的，請高手們解答。謝謝 |
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你大概沒有理解 lattice和region 這兩個命令的意思。 或者也可能沒有很好地理解約化密度的概念，或者沒有仔細閱讀說明書。 我們看看說明書，Lattice的解釋，有這么一段： Lattices of style sq and sq2 are 2d lattices that define a square unit cell with edge length = 1.0. This means a1 = 1 0 0 and a2 = 0 1 0. A sq lattice has 1 basis atom at the lower-left corner of the square. A sq2 lattice has 2 basis atoms, one at the corner and one at the center of the square. 。。。。 上一段是說， Lattice sq這個命令，生成二維的方形晶格元胞，其元胞邊長為1.0。對于sq 晶格，它的元胞里有一個原子，位于方形晶胞的左下角。 再往下看，有這一段，解釋后邊的scale這個數(shù)字： For unit style lj, the scale argument is the Lennard-Jones reduced density, typically written as rho*. LAMMPS converts this value into the multiplicative factor via the formula "factor^dim = rho/rho*", where rho = N/V with V = the volume of the lattice unit cell and N = the number of basis atoms in the unit cell (described below), and dim = 2 or 3 for the dimensionality of the simulation. Effectively, this means that if LJ particles of size sigma = 1.0 are used in the simulation, the lattice of particles will be at the desired reduced density. 看清紅字表示的公式。你現(xiàn)在是二維的晶格，dim=2，rho*=0.02是你輸入的。rho=N/V, N是元胞中的basis原子數(shù)，上面說了，是一個，N=1，V是元胞體積，上面也說了，生成的是邊長為1.0的方形元胞，所以有V=1.0，一算就知道 了，標定因子factor=sqrt(50)=7.07107。 region box block 0 20 0 20 -0.5 0.5 這個意思是生成20*20的格子，你現(xiàn)在一個元胞里有一個原子，20*20的晶格里面多少原子？400個。 至于后邊關(guān)于相變的疑問，我還沒有能夠理解清楚你的問題。不大好回答。 [ Last edited by 老虎大王 on 2011-3-7 at 14:10 ] |
2樓2011-03-07 14:08:11
he66yuan88
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