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peng.029捐助貴賓 (小有名氣)
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[交流]
【求助】lmp_doc答疑1 已有3人參與
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大家好，新手lmp，在看doc，希望和版友們討論加強(qiáng)理解學(xué)習(xí)。 在介紹lmp的screenout輸出基本信息里（2.7），例子部分如下，想討論一下： Pair time (%) = 35.0495 (71.5267) Bond time (%) = 0.092046 (0.187841) Kspce time (%) = 6.42073 (13.103) Neigh time (%) = 2.73485 (5.5811) Comm time (%) = 1.50291 (3.06703) Outpt time (%) = 0.013799 (0.0281601) Other time (%) = 2.13669 (4.36041) 這里的時(shí)間大部分花在pari time上，算是正常對(duì)嗎？ 希望大家能說(shuō)說(shuō)特別是Pair, Bond, Kspce, Neigh的時(shí)間具體指做的什么工作，如何表示體系的正常或是特殊呢？ Nlocal: 1002 ave, 1015 max, 989 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 Nghost: 8720 ave, 8724 max, 8716 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 Neighs: 354141 ave, 361422 max, 346860 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 這里doc里提到Nlocal表示owned atom數(shù)目，Nghost表示ghost atom數(shù)目，Neigh表示存在單個(gè)處理器里的pair-wise neighbor數(shù)目， 這幾種原子該怎么去理解呢？特別是ghost，還要這個(gè)neighbor，是最近鄰嗎？這些max和min是怎么得的，又該如何理解？這里histogram里是對(duì)cpu分配最大最小值的分布嗎？怎么理解？我只知道histogram對(duì)應(yīng)所有數(shù)字加和是任務(wù)所用cpu總數(shù)。 Total # of neighbors = 708282 Ave neighs/atom = 353.434 Ave special neighs/atom = 2.34032 Number of reneighborings = 42 Dangerous reneighborings = 2 特別關(guān)心近鄰原子，據(jù)說(shuō)是結(jié)構(gòu)分析的關(guān)鍵信息，怎么定義pair-wise neighbor和special neighor的？在運(yùn)行中，近鄰列表發(fā)生變化的次數(shù)多少意味著什么？什么時(shí)候近鄰列表就rebuild呢？doc講危險(xiǎn)是發(fā)生在第一個(gè)時(shí)間步就觸發(fā)近鄰改變，我理解的對(duì)嗎？還說(shuō)最好在危險(xiǎn)的次數(shù)非零時(shí)，降低延遲因子來(lái)保證沒(méi)有遺漏在列表rebuild之前可能跑到neighor skin distance的原子間力的相互作用，是什么意思？skin distance是怎么理解呢？ Minimization stats: E initial, next-to-last, final = -0.895962 -2.94193 -2.94342 Gradient 2-norm init/final= 1920.78 20.9992 Gradient inf-norm init/final= 304.283 9.61216 這里的next-to-last是表示倒數(shù)第二步嗎？2范數(shù)表示力的總大小，是誰(shuí)受的力��？還是系統(tǒng)統(tǒng)計(jì)平均后的？一般力達(dá)到多少表示最小化成功，或者收斂了？（估計(jì)和采用的單位制有關(guān)，但是不是這里的信息還是很重要的）；無(wú)窮范數(shù)表示力的最大分量，這個(gè)信息有沒(méi)有很重要的提示？ 謝謝大家，doc里有些不好理解，剛開(kāi)始起步，希望把信息吃得稍微透一些。感謝大家討論指正。 |
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2樓2011-03-10 20:38:34
peng.029
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3樓2011-03-10 21:34:50
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ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-06-28 16:40:40
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-06-28 16:40:40
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pair主要用來(lái)計(jì)算原子之間的相互作用力的。neigh主要用來(lái)更新鄰近表的。 next-to-last相鄰兩步之間的能量差。 2范數(shù)表示力的總大小，是誰(shuí)受的力��？——所有原子受到的力的總和。 一般力達(dá)到多少表示最小化成功，或者收斂了？——這的根據(jù)你的需要。比如1.0e-8和1.0e-10.其實(shí)均也很小了。再小也沒(méi)什么意義。是否收斂，得看你設(shè)定的能量和力的標(biāo)準(zhǔn)，在最大循環(huán)次數(shù)內(nèi)是否達(dá)到要求。 在運(yùn)行中，近鄰列表發(fā)生變化的次數(shù)多少意味著什么？——意味著鄰近表更新的快慢。如果neighbor bin小，則快，反之則慢。 什么時(shí)候近鄰列表就rebuild呢？——neighbo bin 內(nèi)，任意兩個(gè)原子的是否超過(guò)了bin，如果沒(méi)有。則不用更新。 skin distance是怎么理解呢？——截?cái)喟霃街猓砑拥囊欢尉嚯x。與neighbor相關(guān)。 以上是一己之見(jiàn)，不對(duì)之處還請(qǐng)指正。 |
4樓2011-06-28 10:03:04
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