songxiao60

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[交流] 【求助】晶體結(jié)構(gòu)解析求助

求助
晶體解完后,有三個(gè)H2O無(wú)法確定是否存在,在不命名者三個(gè)Q峰位O前檢測(cè)的錯(cuò)誤為:
Alert level A
PLAT043_ALERT_1_A Check Reported Molecular Weight ................    608.93
PLAT078_ALERT_1_A No H-atoms, but _solution_hydrogens reported as       geom
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......       O3
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .       530 A**3

加上這三個(gè)O后檢測(cè)的錯(cuò)誤為:
Alert level A
SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
         Absolute value of the parameter shift to su ratio given 1.581
         Additional refinement cycles may be required.
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................    1.58
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......       O3
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......       O4
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......       O5
PLAT306_ALERT_2_A Isolated Oxygen Atom (H-atoms Missing ?) .......       O6
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O1    ..  O4    ..    2.43 Ang.

現(xiàn)在不知道如何確定這3個(gè)Q峰是不是O,且加上后做完各項(xiàng)異性,橢球比其他的要怪異,(更大更扁.特向各位大牛求助!

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1樓 2011-03-26 22:12:23

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yytsnake

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songxiao60(金幣+1): 2011-03-27 09:42:27
songxiao60(金幣+2): 2011-03-27 09:46:57

菜鳥(niǎo)之見(jiàn)，殘留Q峰是否為O，一是看晶體生成過(guò)程中是否有水生成或有水存在。二是看Q峰的值有多大（2+），三是看指定為O后，周?chē)袩o(wú)生成H鍵的環(huán)境。
你的A類(lèi)好象是說(shuō)，精修沒(méi)收斂，需加大循環(huán)次數(shù)。O沒(méi)加H，應(yīng)該加上H試試。

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2樓2011-03-27 09:09:35

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songxiao60

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謝謝您的回答，我的Q峰在+2左右，加上這3個(gè)o后精修就不收斂了。晶體實(shí)在水溶液中生成的，其中的一個(gè)游離水是可以確定但是其他的3個(gè)O加上之后，橢球有點(diǎn)怪異，且不收斂了。

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3樓2011-03-27 09:45:47

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yytsnake

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nash603(金幣+1): 謝謝回貼交流！ 2011-03-27 16:44:55
songxiao60(金幣+3): 2011-03-28 14:09:13

橢球類(lèi)似橄欖球倒是正常，因?yàn)樗芷渌淖饔昧︔^小，最大的只有H鍵了。只要給游離水加上H，再加大精修循環(huán)次數(shù)，應(yīng)該是可以收斂的，在發(fā)帖之時(shí)，正學(xué)著給水加H呢，兩個(gè)配位水和六個(gè)游離水，實(shí)在是很費(fèi)功夫，還好，CHECKCIF的結(jié)果是A、B類(lèi)消失了，只剩下C和G還有一堆。

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4樓2011-03-27 14:06:39

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Originally posted by yytsnake at 2011-03-27 14:06:39:
橢球類(lèi)似橄欖球倒是正常，因?yàn)樗芷渌淖饔昧︔^小，最大的只有H鍵了。只要給游離水加上H，再加大精修循環(huán)次數(shù)，應(yīng)該是可以收斂的，在發(fā)帖之時(shí)，正學(xué)著給水加H呢，兩個(gè)配位水和六個(gè)游離水，實(shí)在是很費(fèi)功夫，還好 ...

剛看到你的帖子，我也在學(xué)著給水分子加氫，可惜我一頭霧水無(wú)從下手，大俠有沒(méi)有給水分子加氫的相關(guān)資料(如用wingx計(jì)算水分子的氫之類(lèi)的)給小弟分享一下，不甚感激！我的郵箱11me@163.com

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5樓2011-03-27 16:53:29

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游離水的h加的方向很難確定，加完后出項(xiàng)A類(lèi)錯(cuò)誤說(shuō)加的H的方向不對(duì)，郁悶，請(qǐng)問(wèn)您是怎么確定H的方向的。

[ Last edited by songxiao60 on 2011-3-28 at 14:13 ]

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6樓2011-03-28 14:11:35

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游離水的h加的方向很難確定，加完后出項(xiàng)A類(lèi)錯(cuò)誤說(shuō)加的H的方向不對(duì)，郁悶，請(qǐng)問(wèn)您是怎么確定H的方向的。

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7樓2011-03-28 14:12:10

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songxiao60(金幣+5): 2011-03-31 09:12:14

在INS文件中加入HTAB命令，精修后在LIS文件中有氫鍵列表和建議的H位置，可解決大部分問(wèn)題。

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8樓2011-03-28 15:04:27

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8樓: Originally posted by yytsnake at 2011-03-28 15:04:27
在INS文件中加入HTAB命令，精修后在LIS文件中有氫鍵列表和建議的H位置，可解決大部分問(wèn)題。

您好，能否麻煩您幫我解個(gè)晶體��？
萬(wàn)分感謝

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9樓2014-11-06 09:56:25

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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

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9樓: Originally posted by 冰雪香香茄 at 2014-11-06 09:56:25
您好，能否麻煩您幫我解個(gè)晶體��？
萬(wàn)分感謝...

水平有限，不過(guò)可發(fā)數(shù)據(jù)上來(lái)試一試。

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10樓2014-11-06 12:07:26

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