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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 材料區(qū) » 晶體 » 晶體解析 » 【求助】游離水分子理論加氫的命令
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[交流]
【求助】游離水分子理論加氫的命令
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本人剛剛學習單晶解析，對游離水加氫無從下手，尤其是理論加氫這一塊！ 希望能把詳細一點的步驟說一下！比如都要寫什么命令（越詳細越好）！謝謝！ |
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 如何創(chuàng)建氫鍵 | 淘帖 |
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2樓2011-03-28 08:52:18
lyl163com(金幣+18): 2011-03-29 09:23:10
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配位、孤立水分子加氫處理方法: 以O1W為例. 1) 在XP中，用hadd o1w 9命令給O1W加兩個氫，得到INS文件中有下面內(nèi)容 AFIX 93 H1WA 2 -0.57883 -0.15524 -0.09214 11.00000 -1.20000 H1WB 2 -0.78158 -0.04092 -0.08415 11.00000 -1.20000 AFIX 0 2) 刪除AFIX 93 和 AFIX 0 3) 把氫溫度因子限制條件 -1.2 改為 -1.5 4) 增加下面限制條件 DFIX 0.85 0.01 O1W H1WA DFIX 0.85 0.01 O1W H1WB DFIX 1.34 0.02 H1WA H1WB 5) 為了防止XL出現(xiàn)不穩(wěn)定，可加DAMP 2000命令，XL穩(wěn)定后即可去掉再修正。 以上這些主要適合配位水，不適合結晶水。結晶水處理要先手動加氫后，再進行上面的第3）步之后的動作。 另外，1）羥基連一個金屬用HADD 8；2）連3個金屬用hadd 1，而且連3個金屬用hadd 1時，要把溫度因子手動改為－1.5。 |
3樓2011-03-28 08:59:15
4樓2011-03-28 09:09:40
5樓2011-03-28 09:15:01
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