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[交流] 【討論】minimizer出現(xiàn)問題

我用gromacs能量最小化一個(gè)格子中含有聚合物鏈的體系時(shí)出現(xiàn) 下面的提示：The  optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5 and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33, for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing
不懂這是是什么意思，想問一下各位高手誰碰到過，能幫著解決一下嗎？
我的minimizer.mdp是：
title                      = coo
cpp                      = /usr/bin/cpp
define                   = -DFLEXIBLE
constraints                = none
integrator                = steep
dt                         = 0.01
nsteps                   = 50000
nstlist                   = 10
ns_type                   = grid
rlist                      = 0.9
coulombtype                = PME
rcoulomb                   = 0.9
vdwtype                   = cut-off
rvdw                      = 0.9
fourierspacing             = 0.12
fourier_nx                = 0
fourier_ny                = 0
fourier_nz                = 0
pme_order                = 4
ewald_rtol                = 1e-5
optimize_fft             = yes
emtol                      = 1000.0
emstep                   = 0.01

謝謝各位大俠！！

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1樓 2011-03-28 15:00:58

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匿名

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memgr(金幣+2): 2011-04-25 20:41:30
memgr(金幣+1): 2011-07-13 15:04:05

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2樓2011-03-29 09:22:15

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come4c

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ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-03-29 12:38:34
memgr(金幣+2): 2011-04-25 20:41:39
memgr(金幣+2): 2011-04-25 20:41:41

這個(gè)只是個(gè)建議性質(zhì)的，不是錯(cuò)誤，cut-off越大結(jié)果越精確，但計(jì)算量也越大，而且不能超過盒子最小線度的一半，如果是并行計(jì)算為了效率高都設(shè)的較小。

我覺得一般設(shè)在0.9-1.2之間比較好吧，看具體對象了

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3樓2011-03-29 11:04:29

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shengxiang

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ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-03-29 12:38:45

我也覺得cut-off不是致命錯(cuò)誤，因?yàn)樗闹皇菭砍兜揭粋€(gè)計(jì)算的精確度的問題，不過你可以試試，看提示似乎是庫侖力cut-off的問題~~~

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4樓2011-03-29 11:21:26

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ptf1242

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御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-04-10 14:36:16

這個(gè)我知道修改傅立葉格子大一點(diǎn)就行

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5樓2011-04-10 12:02:30

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memgr

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引用回帖:

Originally posted by ptf1242 at 2011-04-10 12:02:30:
這個(gè)我知道修改傅立葉格子大一點(diǎn)就行

奧能弱弱的問一句在哪里修改傅立業(yè)格子的大小，還有傅立葉格子是干什么用的，若是不改對結(jié)果又影響嗎謝謝

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6樓2011-04-12 16:57:52

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bridgeqbf

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御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-04-13 09:20:29

This is just energy minimization. No high precision is needed.

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7樓2011-04-12 20:52:30

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ruthxu

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引用回帖:

Originally posted by bridgeqbf at 2011-04-12 20:52:30:
This is just energy minimization. No high precision is needed.

什么意思？

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8樓2011-04-12 22:13:11

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小_書_蟲_

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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

6樓: Originally posted by memgr at 2011-04-12 16:57:52
奧能弱弱的問一句在哪里修改傅立業(yè)格子的大小，還有傅立葉格子是干什么用的，若是不改對結(jié)果又影響嗎謝謝...

; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
fourierspacing = 0.16 ；使用PME或PPPM時(shí)， FFT網(wǎng)格的最大網(wǎng)格間距。默認(rèn)為 (0.12)，單位為 [nm] 。

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9樓2015-10-20 15:05:18

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