yangjie86

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[交流] 【求助/交流】請(qǐng)做過(guò)RAPD的蟲(chóng)子支招

我現(xiàn)在要做RAPD篩選一組特異性的序列，但是不知道RAPD引物篩選要注意什么。很多人都說(shuō)RAPD是不大可靠的，但是如果幸運(yùn)，也能找到想要的特異性片段。前段時(shí)間根據(jù)別人用RAPD篩選的序列做了組TaqMan引物和探針，結(jié)果悲劇的特異性不好，還不是引物的特異性不好，是序列本身就不是特異性片段。唉，也怪自己當(dāng)時(shí)只在NCBI上進(jìn)行了比對(duì)，沒(méi)有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證一下引物�，F(xiàn)在迷茫中，準(zhǔn)備自己做RAPD，篩選特異性序列。請(qǐng)做過(guò)RAPD的蟲(chóng)蟲(chóng)們，給介紹一下引物篩選的注意事項(xiàng)。

[ Last edited by 1949stone on 2011-9-29 at 11:42 ]

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1樓 2011-03-29 13:16:21

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terry130

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dhd997(金幣+3): good 2011-03-29 16:43:05
yangjie86(金幣+2): 2011-03-29 21:55:16

碩士的時(shí)候做過(guò)，很遙遠(yuǎn)了。。。RAPD不是用的10bp的隨機(jī)引物嗎？我記得當(dāng)初做的時(shí)候是訂購(gòu)了一大批隨機(jī)引物，然后一個(gè)一個(gè)試，最后選幾個(gè)在個(gè)體間存在較大差異且背景很干凈的引物。進(jìn)一步進(jìn)行種內(nèi)遺傳多樣性的比對(duì)。感覺(jué)怎么跟你說(shuō)的這個(gè)不是一個(gè)東西呢。。。。。

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2樓2011-03-29 15:23:10

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yangjie86

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引用回帖:

Originally posted by terry130 at 2011-03-29 15:23:10:
碩士的時(shí)候做過(guò)，很遙遠(yuǎn)了。。。RAPD不是用的10bp的隨機(jī)引物嗎？我記得當(dāng)初做的時(shí)候是訂購(gòu)了一大批隨機(jī)引物，然后一個(gè)一個(gè)試，最后選幾個(gè)在個(gè)體間存在較大差異且背景很干凈的引物。進(jìn)一步進(jìn)行種內(nèi)遺傳多樣性的比對(duì) ...

是的，RAPD一般是這樣做的。但很多文獻(xiàn)中說(shuō)如果知道是什么物種，而且別人已經(jīng)篩選過(guò)相似的序列的話，可以從其中篩選幾個(gè)條帶比較好的序列來(lái)做，這樣篩選出現(xiàn)條帶到的幾率比較大。

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3樓2011-03-29 21:58:50

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terry130

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dhd997(金幣+2): 歡迎交流 2011-03-30 08:11:15
yangjie86(金幣+2): 2011-03-30 08:53:55

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Originally posted by yangjie86 at 2011-03-29 21:58:50:
是的，RAPD一般是這樣做的。但很多文獻(xiàn)中說(shuō)如果知道是什么物種，而且別人已經(jīng)篩選過(guò)相似的序列的話，可以從其中篩選幾個(gè)條帶比較好的序列來(lái)做，這樣篩選出現(xiàn)條帶到的幾率比較大。

原來(lái)是這個(gè)意思啊。。。10bp引物很便宜的，買它幾十個(gè)也無(wú)所謂啊。RAPD敏感性很高，同一個(gè)物種在不同的區(qū)域都會(huì)有很大差異的。這種東西最好還是自己篩選，另外你的引文是不是中文的？？中文的話最好無(wú)視。。。。大家都懂的。。。不解釋。

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4樓2011-03-30 07:25:25

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Originally posted by terry130 at 2011-03-30 07:25:25:
原來(lái)是這個(gè)意思啊。。。10bp引物很便宜的，買它幾十個(gè)也無(wú)所謂啊。RAPD敏感性很高，同一個(gè)物種在不同的區(qū)域都會(huì)有很大差異的。這種東西最好還是自己篩選，另外你的引文是不是中文的？？中文的話最好無(wú)視。。。。 ...

多謝指導(dǎo)！原來(lái)引用的序列是中國(guó)人發(fā)的英文，現(xiàn)在篩選的引物都是外國(guó)人發(fā)的英文文獻(xiàn)中的。

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5樓2011-03-30 08:56:01

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張小逸

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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
wanhscn(金幣+2): 鼓勵(lì)新蟲(chóng)發(fā)帖！引物是通用的！ 2011-09-29 11:16:49

引用回帖:

2樓: Originally posted by terry130 at 2011-03-29 15:23:10:
碩士的時(shí)候做過(guò)，很遙遠(yuǎn)了。。。RAPD不是用的10bp的隨機(jī)引物嗎？我記得當(dāng)初做的時(shí)候是訂購(gòu)了一大批隨機(jī)引物，然后一個(gè)一個(gè)試，最后選幾個(gè)在個(gè)體間存在較大差異且背景很干凈的引物。進(jìn)一步進(jìn)行種內(nèi)遺傳多樣性的比對(duì) ...

我是新手，最近也要做RAPD，請(qǐng)問(wèn)引物如何讓設(shè)計(jì)？一般設(shè)計(jì)多少呢？謝謝

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7樓2011-09-29 10:21:11

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dongyansd

金蟲(chóng) (初入文壇)

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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖

你做的是植物還是動(dòng)物的啊？我做魚(yú)類的RAPD分析，希望指導(dǎo)一下

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8樓2011-11-29 20:08:44

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莫小邪6樓

2011-03-30 09:17 回復(fù)

yangjie86(金幣+1): 2011-03-30 11:07:48
dhd997: 求助交流帖子，最好不要只是為了一個(gè)金幣而來(lái)。 2011-03-30 13:07:36

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