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[交流]
【求助/交流】基因序列的分析 已有5人參與
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我克隆了一個(gè)基因的cDNA 全長(zhǎng)怎樣才能知道以下這些信息？ 以下是某個(gè)基因的信息，是個(gè)例子： 推測(cè)該基因包括1 638 bp的開(kāi)放讀碼框( Open read ing frame, ORF) , 42 個(gè)堿基的5非翻譯區(qū)( 5un translated reg ion, 5UTR) , 365個(gè)堿基的3非翻譯區(qū) ( 3untranslated reg ion, 3UTR) , 編碼1個(gè)545個(gè)氨 基酸的多肽, 推測(cè)的分子量為60 400 |
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csdyg
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dhd997(金幣+8): 熱心鼓勵(lì) 2011-03-30 08:15:01
dhd997(金幣+8): 熱心鼓勵(lì) 2011-03-30 08:15:01
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樓主一帖兩發(fā)，我也跟你一帖兩回。 樓主說(shuō)的問(wèn)題其實(shí)應(yīng)該就是ORF Find和氨基酸序列分析。首先如果你拿到的是cDNA序列，你可以直接用NCBI的ORF Finder對(duì)你的序列進(jìn)行分析，找到正確的讀碼框。 ORF Finder： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html 當(dāng)然另外還有很多離線軟件可以做這個(gè)工作，不過(guò)你要的序列分析也不是很復(fù)雜，ORF Finder完全可以了。 找到正確讀碼框后，一般說(shuō)來(lái)cDNA的正確讀碼框上第一個(gè)ATG也就是編碼第一個(gè)Methionine的這個(gè)三聯(lián)密碼子就是你的起始密碼子，在這之前的序列就是5’非翻譯區(qū)，英文叫5' untranslate region (5' UTR, 相信你聽(tīng)過(guò)這個(gè)概念) ，然后你找到你的正確讀碼框的第一個(gè)終止密碼子（UAA, UGA or UAG，在你的cDNA序列上應(yīng)該顯示TAA, TGA 或者TAG），這之后的序列是3‘非翻譯區(qū)。 至于蛋白序列的分析，你找到正確讀碼框之后，把這個(gè)正確讀碼框編碼的氨基酸序列在網(wǎng)上隨便找一個(gè)氨基酸序列分析在線軟件，輸入進(jìn)去就可以得到預(yù)測(cè)的分子量了。 給你推薦一個(gè)：http://www.bioinformatics.org/sms/ 上面這個(gè)網(wǎng)址進(jìn)去，左面是工具列表，基礎(chǔ)的生物信息學(xué)分析都能做了，包括ORF Finding和5'UTR, 3'UTR分析，包括蛋白質(zhì)分子量預(yù)測(cè)，還有其他功能相信你也能用到。只是這個(gè)在線工具比較不人性化，沒(méi)有那么多復(fù)雜的顯示功能，如果你有生物信息學(xué)基礎(chǔ)那用起來(lái)就方便的多。 需要注意的是，所有預(yù)測(cè)得到的ORF，3'UTR, 5'UTR等等都是軟件預(yù)測(cè)結(jié)果，如果你要精確，還需要實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，最好就是3‘RACE 和 5’RACE。 希望能幫上你。 |
4樓2011-03-30 04:38:41
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用NCBI上的ORF finder就行：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html 蛋白分子量，等電點(diǎn)之類的就用ProtParam：http://au.expasy.org/tools/protparam.html |
5樓2011-03-30 13:12:08
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