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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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木蟲 (著名寫手)

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[交流] 【求助】用qst3算過渡態(tài)前需要對(duì)應(yīng)三方面的原子序數(shù)，大家有什么好的經(jīng)驗(yàn)沒有

初次尋找過渡態(tài)，用qst3時(shí)，感覺對(duì)應(yīng)甲基上的氫原子十分困難。我是用gv打開三個(gè)分子后后一個(gè)個(gè)對(duì)應(yīng)。不知大家是怎樣做的，萬(wàn)望賜教。

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過渡態(tài)搜索前原子配對(duì)問題已經(jīng)有5人回復(fù)

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1樓 2011-04-01 21:41:25

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aimonkey

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書萬(wàn)里(金幣+1):謝謝參與
書萬(wàn)里(金幣+4): 金幣雖少，謹(jǐn)表我心。首次問的三個(gè)問題都是兄弟你回答的。 2011-04-03 19:37:50

你的三個(gè)分子的順序是怎樣的

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2樓2011-04-03 16:58:05

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pfabc0826

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1.用GV繪出過渡態(tài)的構(gòu)型（gjf文件），保存一下。
2.打開剛剛的過渡態(tài)文件，調(diào)整到初始構(gòu)型和產(chǎn)物構(gòu)型分別保存為gjf，這樣就得到3個(gè)gjf文件。
3.以初始構(gòu)型的gjf文件為基礎(chǔ)依次將過渡態(tài)和產(chǎn)物構(gòu)型復(fù)制粘貼過來（粘貼時(shí)選第一項(xiàng)），這樣三個(gè)構(gòu)型應(yīng)該有一致的編號(hào)了。然后在執(zhí)行calcualte---------gaussian calculation setup...進(jìn)行設(shè)置保存即可。

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3樓2011-04-25 22:26:51

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jjww0001

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Originally posted by aimonkey at 2011-04-03 16:58:05:
你的三個(gè)分子的順序是怎樣的

是否輸入分子的次序?qū)︖^渡態(tài)優(yōu)化有很大的影響？我輸入構(gòu)型的次序一般是反應(yīng)物、產(chǎn)物、過渡態(tài)。

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4樓2011-04-26 07:01:13

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yemiaoqiang

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引用回帖:

Originally posted by pfabc0826 at 2011-04-25 22:26:51:
1.用GV繪出過渡態(tài)的構(gòu)型（gjf文件），保存一下。
2.打開剛剛的過渡態(tài)文件，調(diào)整到初始構(gòu)型和產(chǎn)物構(gòu)型分別保存為gjf，這樣就得到3個(gè)gjf文件。
3.以初始構(gòu)型的gjf文件為基礎(chǔ)依次將過渡態(tài)和產(chǎn)物構(gòu)型復(fù)制粘貼過來（ ...

但是，反應(yīng)物和產(chǎn)物不是要經(jīng)過優(yōu)化嗎？您這樣，會(huì)不會(huì)有影響啊？我不是很懂，謝謝！

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5樓2011-04-27 21:37:52

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recoli

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三個(gè)態(tài)的結(jié)構(gòu)不都是你自己畫出來的嗎，從最開始的時(shí)候注意保持一致就行了。

如果開始嫌麻煩，反應(yīng)物畫一下，產(chǎn)物另外畫一下，那后面要對(duì)應(yīng)起來就要花更多精力了。

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6樓2011-04-28 04:50:03

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引用回帖:

Originally posted by recoli at 2011-04-28 04:50:03:
三個(gè)態(tài)的結(jié)構(gòu)不都是你自己畫出來的嗎，從最開始的時(shí)候注意保持一致就行了。

如果開始嫌麻煩，反應(yīng)物畫一下，產(chǎn)物另外畫一下，那后面要對(duì)應(yīng)起來就要花更多精力了。

好明白。真是這樣

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7樓2011-04-28 09:24:26

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wangyan10

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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

用UltraEdit分別打開三個(gè)文件（產(chǎn)物，過渡態(tài)，產(chǎn)物），然后把分子坐標(biāo)部分復(fù)制粘貼到EXCEL中，對(duì)原子名稱做按字母名稱排列，然后再把排序好的分子坐標(biāo)粘貼回輸入文件中。至少我是這么做的。

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8樓2012-10-19 10:45:43

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