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souledge

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[交流] 【分享】PWscf 4.3正式版發(fā)布已有8人參與

在一周以前發(fā)布了4.3b后，昨天就發(fā)布了4.3正式版了。沒想到4.3版居然挑在昨天（4.1）發(fā)布……
先上圖，偶居然搶了個(gè)全球前十名的下載……

查看了一下源碼包內(nèi)容，跟4.3a和4.3b相比，QHA還是最終又加在里面了，一直都怕QHA會消失～因?yàn)樽约翰粫䦟慒ortran來實(shí)現(xiàn)QHA的功能……不過，QHA包并沒有任何的升級，還是只能算少有的幾個(gè)布喇菲格子：

引用回帖:

case $ibrav  in

0) echo "You should know about the symmetry of a system you study"
   exit ;;
1) cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_sc ./ttrinp  ;;
2) cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_fcc ./ttrinp ;;
3) cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_bcc ./ttrinp ;;
4) c2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 36-44`
   c2a=`echo "scale=8;$c2a1/2" | bc -l`
   sed 's/X/'$c2a'/g' $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_hcp > ./ttrinp ;;
5) echo "Trigonal R: not implemented yet"
   exit ;;
6) c2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 36-44`
   c2a=`echo "scale=8;$c2a1/2" | bc -l`
   echo $c2a
   sed 's/X/'$c2a'/g' $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_stetra > ./ttrinp ;;
7) echo "Running script instruction:"
   echo "See instructions in $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_bct file to setup tetrahedra vertecies for c/a<1"
   echo "Then comment exit line by #"
   echo "And uncomment the next line"
   exit;;
# cp $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_bct ./ttrinp ;;
8) b2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 25-33`
   c2a1=`head -1 $FC_file | cut -c 36-44`
   b2a=`echo "scale=8;$b2a1/2" |bc -l`
   c2a=`echo "scale=8;$c2a1/2" |bc -l`
   sed 's/YY/'$b2a'/g' $QHA_DIR/tetrahedra/ttrinp_ortho_simple > ttrinp1
   sed 's/ZZ/'$c2a'/g' ttrinp1 > ./ttrinp
   rm -f ttrinp1;;
9) echo "Orthorhombic base centered: not implemented yet"
   exit ;;
10)  echo "Orthorhombic face centered: not implemented yet"
   exit ;;
11)  echo "Orthorhombic body centered: not implemented yet"
   exit ;;
12)  echo "Monoclinic P: not implemented yet"
   exit ;;
13)  echo "Monoclinic base centered: not implemented yet"
   exit ;;
14)  echo "Triclinic: not implemented yet"
   exit ;;
esac

而TD-DFPT最終如愿以償?shù)募尤朐诹?.3正式版的軟件包中，如4.3a和4.3b一樣，還是Beta 1版，不支持多K點(diǎn)的計(jì)算（也就是只能選擇K_POINTS {gamma}才可以計(jì)算激發(fā)態(tài)）。

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1樓 2011-04-02 00:40:38

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jiaoxianbing

2樓2011-04-02 00:41:43

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souledge

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順便，有人用過PLUMED么？看了一下說明，是基于分子動(dòng)力學(xué)的自由能計(jì)算插件，一般是依附于分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件，比如LAMMPS的，但是同時(shí)PLUMED也支持從pw.x中進(jìn)行從頭算的分子動(dòng)力學(xué)模擬求自由能。
如果是用分子動(dòng)力學(xué)來求自由能，那理論上應(yīng)該不像QHA那樣有結(jié)構(gòu)限制吧……

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3樓2011-04-02 00:51:52

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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
sunyang1988(金幣+3): 感謝分享 2011-04-02 21:10:09

今天受到了Paolo在mailist里面的信，給大家看看，了解一下新功能。Paolo私下告訴我下一步Pwscf發(fā)展的重點(diǎn)就是分子動(dòng)力學(xué)，到時(shí)候會把最近的分子動(dòng)力學(xué)進(jìn)展比如langevin molecular dynamics加進(jìn)去。
Version 4.3 of the Quantum ESPRESSO distribution is available for
download from the website http://www.quantum-espresso.org . This
release contains the following improvements over previous versions:

* vdW-DF - Dispersion interactions (van der Waals) with nonlocal
functional
  in PWscf (Brian Kolb, Timo Thonhauser, Riccardo Sabatini, SdG)
* New package TDDFPT for calculations of spectra using Time-Dependent
  Density-Functional Perturbation Theory (SB, Ralph Gebauer, Baris
Malcioglu,
  Dario Rocca, Brent Walker)
* Additions to projwfc: k-resolved DOS, LDOS integrated in selected
  real-space regions
* Constant-volume variable-cell optimization
* Non-colinear and spin-orbit PAW
* CP only, experimental: parallelization over Kohn-Sham states
* CP only, experimental: penalty functional technique in DFT+U
calculations

Note the following major change:

* code pw.x no longer performs NEB calculations. NEB is now computed
  by a separate code, NEB/neb.x . NEB-specific variables are no longer
  read by pw.x; they are read by neb.x after all pw.x variables
* NEB for cp.x no longer available

For other minor improvements, changes, bug fixes, see file
Doc/release-notes

Everybody who is using the Quantum-ESPRESSO distribution is encouraged
to upgrade and to report problems to the mailing list.

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4樓2011-04-02 21:09:21

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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zzy870720z(金幣+1): 謝謝指教 2011-04-02 23:42:32

引用回帖:

Originally posted by souledge at 2011-04-02 00:51:52:
順便，有人用過PLUMED么？看了一下說明，是基于分子動(dòng)力學(xué)的自由能計(jì)算插件，一般是依附于分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件，比如LAMMPS的，但是同時(shí)PLUMED也支持從pw.x中進(jìn)行從頭算的分子動(dòng)力學(xué)模擬求自由能。
如果是用分子動(dòng) ...

PLUMED主要還是做metadynamics的，這是一種從自由能角度出發(fā)找最優(yōu)結(jié)構(gòu)的方法，還是不錯(cuò)。

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5樓2011-04-02 21:23:05

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引用回帖:

Originally posted by goldenfisher at 2011-04-02 21:09:21:
今天受到了Paolo在mailist里面的信，給大家看看，了解一下新功能。Paolo私下告訴我下一步Pwscf發(fā)展的重點(diǎn)就是分子動(dòng)力學(xué)，到時(shí)候會把最近的分子動(dòng)力學(xué)進(jìn)展比如langevin molecular dynamics加進(jìn)去。
Version 4.3 ...

哦？重點(diǎn)轉(zhuǎn)到Ab-initio MD么？MD就是另一套理論體系了，好處是可以算更多的宏觀量，缺點(diǎn)是看起來很玄乎的數(shù)據(jù)少了……哈哈~
看來QE有像MS、MedeA那樣搞成綜合軟件的趨勢比較重了~

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6樓2011-04-02 22:39:20

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zzy870720z(金幣+1): 鼓勵(lì)交流 2011-04-04 08:50:14

引用回帖:

Originally posted by souledge at 2011-04-02 22:39:20:
哦？重點(diǎn)轉(zhuǎn)到Ab-initio MD么？MD就是另一套理論體系了，好處是可以算更多的宏觀量，缺點(diǎn)是看起來很玄乎的數(shù)據(jù)少了……哈哈~
看來QE有像MS、MedeA那樣搞成綜合軟件的趨勢比較重了~

那倒不是，既然動(dòng)力學(xué)都是基于DFT做的，其實(shí)不需要額外多做什么工作。不像MS，那都是很多軟件合在一起的。
MD現(xiàn)在需求也很緊迫啊，隨著研究的深入，MD肯定會成為關(guān)注的重點(diǎn)。

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7樓2011-04-03 21:33:21

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zzy870720z(金幣+2): 鼓勵(lì)交流討論 2011-04-04 08:50:27

引用回帖:

Originally posted by goldenfisher at 2011-04-03 21:33:21:
那倒不是，既然動(dòng)力學(xué)都是基于DFT做的，其實(shí)不需要額外多做什么工作。不像MS，那都是很多軟件合在一起的。
MD現(xiàn)在需求也很緊迫啊，隨著研究的深入，MD肯定會成為關(guān)注的重點(diǎn)。

不過似乎MD更耗時(shí)間吧，動(dòng)不動(dòng)的幾百步一折騰……
這幾天看到實(shí)驗(yàn)室一個(gè)快畢業(yè)的師兄，用MedeA（D版，只能在XP下支持單核運(yùn)行……）計(jì)算熱力學(xué)數(shù)據(jù)，居然只擬合了EOS，然后計(jì)算了總能，再加兩個(gè)不知道從哪兒來的參數(shù)，居然就計(jì)算出了Gibbs自由能~
其中用到的幾個(gè)公式?jīng)]有見過，但是至少知道有一個(gè)公式用的不對~估計(jì)是翻別人熱力學(xué)、統(tǒng)計(jì)熱力學(xué)相關(guān)的論文拼出來的一個(gè)個(gè)的公式吧……總感覺怪怪的，似乎從頭算的人都是在用聲子對熱力學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行計(jì)算吧，或者就干脆MD……

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8樓2011-04-03 23:45:06

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太專業(yè)了�？床欢�

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9樓2011-04-04 00:32:56

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zzy870720z(金幣+1): 鼓勵(lì)討論 2011-04-04 13:47:19

引用回帖:

Originally posted by souledge at 2011-04-03 23:45:06:
不過似乎MD更耗時(shí)間吧，動(dòng)不動(dòng)的幾百步一折騰……
這幾天看到實(shí)驗(yàn)室一個(gè)快畢業(yè)的師兄，用MedeA（D版，只能在XP下支持單核運(yùn)行……）計(jì)算熱力學(xué)數(shù)據(jù)，居然只擬合了EOS，然后計(jì)算了總能，再加兩個(gè)不知道從哪兒來 ...

從聲子出發(fā)只是其中一條路，而且涉及到準(zhǔn)簡諧近似的限制。從分子動(dòng)力學(xué)出發(fā)不一樣，可以得到很多很多熱力學(xué)性質(zhì)。MD卻是耗時(shí)，要不然也不會發(fā)展更加優(yōu)化高效的方法了。這些都是相對的，涉及到熱力學(xué)平衡的問題，就必然涉及到動(dòng)力學(xué)問題。

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10樓2011-04-04 12:50:59

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