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yanruoke銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
【求助】關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合點(diǎn)的PWM
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看到文獻(xiàn)中轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合啟動(dòng)子的motif以PWM形式給出，有圖給出PWM的形式：數(shù)個(gè)堿基（A T C G）排成一列，我的問(wèn)題是為什么有的位置的堿基，如 T ，畫(huà)的很大，并且單獨(dú)占個(gè)位置，而有的位置的 堿基畫(huà)的很小，并且是兩個(gè)堿基上下疊起來(lái)，占一個(gè)位置？此地的物理意義是？ 先行謝過(guò) |
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2樓2011-04-09 16:53:45
yanruoke
銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1381
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- 在線: 146.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 761150
3樓2011-04-10 16:51:35
yanruoke(金幣+5): thanks 2011-04-13 16:28:47
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the height of symbols within the stack indicates the relative frequency (relative proportion and conserved property) of each amino or nucleic acid at that position. Check the Detail formula with paper ' Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences'--the original seq logos publication. |
4樓2011-04-12 20:05:39
yanruoke
銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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- 在線: 146.1小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 761150
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genomelin， thanks a lot 順便問(wèn)下，轉(zhuǎn)錄因子和對(duì)應(yīng)的binding site 結(jié)合時(shí)，我估計(jì)了兩種方式：第一種是先結(jié)合一個(gè)base,然后向前滑動(dòng)，漸次結(jié)合到這個(gè)motif的其他base上，結(jié)合的所有base構(gòu)成上圖中的motif。 這個(gè)猜測(cè)是因?yàn)榭吹轿墨I(xiàn)上有些示意圖是：轉(zhuǎn)錄因子畫(huà)的較小，和一個(gè)base 占的空位差不多，不可能同時(shí)和數(shù)個(gè)nucleic acid 結(jié)合。 第二種結(jié)合方式是轉(zhuǎn)錄因子直接和組成motif的所有base結(jié)合。一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的體積足以覆蓋數(shù)個(gè)nucleic acid。 請(qǐng)問(wèn)哪個(gè)猜測(cè)符合實(shí)際？ |
5樓2011-04-13 16:38:40
★ ★ ★
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
reasonspare(金幣+2): 謝謝分享 2011-04-14 11:40:16
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
reasonspare(金幣+2): 謝謝分享 2011-04-14 11:40:16
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呵呵，既然是示意圖就不能太當(dāng)真 我沒(méi)做過(guò)這個(gè)DNA-pr結(jié)合方面的東西，所以以下說(shuō)的都是看文章或者是我腦子里有點(diǎn)印象的，不一定完全正確：可能是轉(zhuǎn)錄因子先與DNA接觸，半結(jié)合后觸發(fā)構(gòu)象改變，使得結(jié)構(gòu)更加穩(wěn)定，因此應(yīng)該是與區(qū)域DNA的結(jié)合，結(jié)合后吸引其他蛋白或者改變局域的DNA構(gòu)象（例如核小體解離） 所以我傾向于第二種 關(guān)于DNA與蛋白結(jié)合，前年看過(guò)一個(gè)science上的文章，說(shuō)的是核小體與蛋白結(jié)合的時(shí)候，可以依靠DNA雙鏈小溝上的負(fù)電性，吸引核小體上的精氨酸殘基，當(dāng)序列中AT多時(shí)，小溝更加狹窄，因此負(fù)電性更強(qiáng)；這可能也是一個(gè)因素吧 |
6樓2011-04-13 22:19:09
yanruoke
銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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7樓2011-04-14 21:28:04
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