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【求助】產(chǎn)生psf文件時(shí)出現(xiàn)的Missing atoms for conformation definition 已有2人參與
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在產(chǎn)生psf文件時(shí)，結(jié)束后。shell出現(xiàn)了這樣的信息： 這是什么原因？？是原始pdb文件的原因嗎？？ 這是我產(chǎn)生psf的腳本： 進(jìn)行psf生成前的文件準(zhǔn)備(prepfiles.tcl)： mol load pdb 1J4N-ALL.pdb foreach S {A B C D} { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S {A B C D} { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and within 100 of chain A"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } exit 產(chǎn)生psf文件（build.psf）: package require psfgen topology ../top_all27_prot_lipid.rtf pdbalias residues HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD pdbalias atom HOH O OH2 pdbalias resid HOH TIP3 foreach S {A B C D} { segment $S { pdb seg$S.pdb } coordpdb seg$S.pdb $S regenerate angles dihedrals segment WC$S { auto none pdb crystwat$S.pdb } coordpdb crystwat$S.pdb WC$S } guesscoord writepdb aqp0.pdb writepdb aqp0.psf exit |
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2樓2011-04-16 16:32:00
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-04-18 10:12:08
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-04-18 10:12:08
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找到原因了，也就是我在運(yùn)行prepfiles.tcl這一步后，產(chǎn)生的segA.pdb segB.pdb segC.pdb segD.pdb，在這些文件的通道里還是含有水分子（這一步按照教程的理解,應(yīng)該是蛋白和水分子要分別在不同的pdb文件里），而產(chǎn)生的crystwatA.pdb crystwatB.pdb crystwatC.pdb crystwatD.pdb是正常的，也就是只含有通道里的水分子 。 這是到prefiles.tcl這一步的操作流程，大家看看我哪一步需要修改： 1. 通過(guò)vmd先找到通道中的水分子，獲取它們的編號(hào) 2. 然后生成這些水分子的pdb文件（例子）： mol load pdb 1J4N.pdb set model [atomselect top "water and (resid 301 or resid 302 or resid 303 or resid 304)"] $model writepdb wat.pdb exit 3. 生成蛋白的pdb文件： mol load pdb 1J4N.pdb set model [atomselect top protein] $model writepdb 1j4n.pdb exit 4. 合并wat.pdb 與1j4n.pdb 這一步不用寫腳本，直接把wat.pdb的內(nèi)容（即去頭去尾）拷貝到1j4n.pdb的END前即可。 5. over。 構(gòu)建四聚體(buildtetra.tcl): mol load pdb 1j4n.pdb set all [atomselect top all] $all set segname A $all writepdb 1J4N-A.pdb $all delete set sel [atomselect top all] $sel set segname B $sel move {{-1.0 0.0 0.0 93.331} {0.0 -1.0 0.0 93.331} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb 1J4N-B.pdb $sel delete mol delete top mol load pdb 1j4n.pdb set sel [atomselect top all] $sel set segname C $sel move {{0.0 -1.0 0.0 93.331} {1.0 0.0 0.0 0.0} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb 1J4N-C.pdb $sel delete mol delete top mol load pdb 1j4n.pdb set sel [atomselect top all] $sel set segname D $sel move {{0.0 1.0 0.0 0.0} {-1.0 0.0 0.0 93.331} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb 1J4N-D.pdb $sel delete cat 1J4N-A.pdb 1J4N-B.pdb 1J4N-C.pdb 1J4N-D.pdb > 1J4N-ALL.pdb 然后打開1J4N-ALL.pdb,搜索END,把中間的三個(gè)END及相應(yīng)的雜項(xiàng)去掉，保存為1J4N-ALL.pdb。此時(shí)就生成了四聚體pdb文件。 進(jìn)行psf生成前的文件準(zhǔn)備(prepfiles.tcl)： mol load pdb 1J4N-ALL.pdb foreach S {A B C D} { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S {A B C D} { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and within 100 of chain A"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } exit |
3樓2011-04-18 09:58:21
4樓2011-04-18 10:01:51
5樓2011-04-18 10:19:14
6樓2011-04-18 10:19:25
★ ★
zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-04-18 18:33:22
zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-04-18 18:33:22
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在產(chǎn)生psf文件時(shí)使用的腳本是： 產(chǎn)生psf文件（build.psf）: package require psfgen topology ../top_all27_prot_lipid.rtf pdbalias residues HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD pdbalias atom HOH O OH2 pdbalias resid HOH TIP3 foreach S {A B C D} { segment $S { pdb seg$S.pdb } coordpdb seg$S.pdb $S regenerate angles dihedrals segment WC$S { auto none pdb crystwat$S.pdb } coordpdb crystwat$S.pdb WC$S } guesscoord writepdb aqp0.pdb writepdb aqp0.psf exit 不過(guò)在產(chǎn)生psf時(shí)會(huì)出現(xiàn)下面的問(wèn)題： 這個(gè)問(wèn)題是不是正常的，如果不正常，怎樣避免？？ |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
7樓2011-04-18 10:20:00
8樓2011-04-18 10:30:50
宋夢(mèng)華
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2.9
- 帖子: 4
- 在線: 4.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 5048020
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- 專業(yè): 生物物理、生物化學(xué)與分子
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
送紅花一朵
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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你好，我看到你的原子數(shù)最后是15120，和你原來(lái)原子數(shù)相同嗎？我做psf原子數(shù)會(huì)減少，是什么原因呢？ 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
9樓2017-03-27 09:36:41
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